ある団地で銃を持った２人の男が、主婦と小学生の男児を人質にとり、立て籠もっている。隣の部屋にはアサルトスーツを着込んだ警視庁特殊急襲捜査班＝通称NPS隊員・神御蔵一號（向井理）が、壁に拳を当てて立っている。一方、外からは警視庁特殊急襲部隊＝通称SATの狙撃手・蘇我伊織（綾野剛）がライフルで犯人を捉え、狙撃の指示を待っている。NPS隊長・香椎秀樹（大森南朋）は、NPSの目的である「人質はもちろん犯人も、誰１人絶対に死なせるな」と無線で隊員たちに指示を出し…。ーこの事件の半年前、２０１３年・夏ー、元ボクサーの一號は、都内の交番に勤務するいわゆる「街のお巡りさん」として地域住人のために、日々の仕事を懸命にこなしていた。そんなある日、新宿の雑居ビルで１人の刑事が脚を撃たれる。そこには大量の銃器類・手榴弾が置かれていた。ビルの外に警察が集まってきた様子を見て、傷害やクスリ絡みの犯罪を派手にやっている不良集団のリーダー格・興津力也（渋谷謙人）が、今から戦争だと仲間たちに声をかける。そこに一號も駆けつけ…。

一號（向井理）の母・花（朝加真由美）の店にやってきた科学警察研究所主任・横川秋（土屋アンナ）と警視庁特殊急襲捜査班＝通称NPS隊長・香椎（大森南朋）。一號らと話をしていると、NPS副官・速田仁（平山浩行）から都内のデパートで爆発が発生したという連絡が入る。報告によると、人為的な爆発、つまりテロの可能性があり、爆破の規模からしてプラスチック爆弾の可能性が高いという。香椎は嫌な予感がし…。翌日、警察庁長官官房審議官・天城光（菅原大吉）から警視庁特殊急襲部隊＝通称SAT隊長・中丸文夫（髙嶋政宏）に、銀行強盗が発生したため、SATはNPSの指揮の元で動くようにという出動要請の連絡が入る。蘇我（綾野剛）などSATの隊員たちは、新設部隊NPSの指揮で動くことに納得できず…。そんな中、香椎は犯人の状況を把握するため一號に偵察命令を下す。一號らが潜入するための共同溝に向かうと、そこには中丸と蘇我の姿が。中丸は潜入作戦にSATから蘇我を出すといい、一號と蘇我は初めてバディを組むことになるが…。

全国にNPSの存在を周知させるため、NPSを代表してTVのインタビュー取材を受けることになった一號（向井理）。特殊部隊に所属する人間がカメラの前に顔を晒すことは、本来あり得ないことである。蘇我（綾野剛）らSATの隊員たちは、一號が映ったニュースを複雑な思いで見ていた。そんな中、NPSとSATが合同訓練を行うことに。合同訓練に不満を漏らす一號に、蘇我は冷たい視線を向け挑発する。その頃、エントリー訓練の人質役に自ら志願していた秋（土屋アンナ）の元に、国際テロリストとささやかれるＭこと、正木圭吾（オダギリジョー）の影が忍び寄っていた…。

SATとNPSの合同訓練２日目の直前に、前代未聞の事件が発生する。訓練会場に向かっていた秋（土屋アンナ）が正木（オダギリジョー）に襲撃され拉致されたのだ。警察幹部たちは、日本警察最後の砦たる「S」が出し抜かれたという失態を公にすることを良しとせず、警察内部にも極秘に現場警備本部を設置する。息詰まる時間が流れる中、警察幹部の対応に憤りを感じる一號（向井理）の携帯に、秋からのメールが届く。添付された動画には、傷だらけでグッタリしている秋が拘束されている姿と、銃を秋に突きつけている正木の姿が映っている。そして、正木が一號に対して「お前が１人でここに来い。さもなければ、この女の命はない」とメッセージを告げるのだった。

NPSのメンバーが蘇我（綾野剛）の歓迎会を開いていると、女子高生の加藤由真（飯豊まりえ）が、睡眠薬で自殺を図ったという連絡が入る。ここしばらく、自殺者の傍から「M」が使用するのと同じ、コップキラー（警官殺し）と呼ばれるナイクラッド弾が残されている事件が続発しており、「M」との関連性が疑われていた。そんな中、一號（向井理）の幼なじみで看護師の棟方ゆづる（吹石一恵）が勤める病院に運ばれた由真。ストレッチャーで運ばれる由真の手からこぼれ落ちた拳銃の弾を拾ったゆづるは、入院していた秋（土屋アンナ）に相談する。一命を取り留めた由真から一號らは話を聞くと、その背景に「神父」というハンドルネームの人物が浮かび上がる。NPSは「神父」こと板橋満生（滝藤賢一）の居場所をつきとめ部屋に突入するが、そこに板橋の姿はなかった。その頃、板橋はナイクラッド弾の箱を持って交番に自首をしていたのだった。板橋から話を聞く一號たちだが、その真意は…。

古橋誠二朗（池内博之）の別れた妻・西原由紀子（白羽ゆり）と一緒に山梨で暮らす息子・史郎（山田日向）が、突然１人で古橋を訪ねてきた。理由を聞いても黙っている史郎に困った古橋は、休暇を取っていた一號（向井理）の家に史郎を連れて行く。その後、一號は古橋と史郎、そしてゆづる（吹石一恵）と近くの公園に遊びに行くことに。夕方になって、史郎を迎えに来た由紀子の再婚話を聞いた古橋は、ショックを受け動揺する…。家路へと向かう高速バスまで見送りに来た古橋は、別れ際、史郎に大嫌いと言われてしまう。何も言えずに見送る古橋。そして由紀子と史郎が乗ったバスが高速道路に入った頃、乗客の１人がリュックから鋭い鎌を取り出し、運転手に行き先の変更を求める。香椎（大森南朋）からバスジャックの知らせを受けた一號と古橋は、古橋の車でそのままバスを追いかけ…。

タイヤがバーストし、トンネル内で止まったバスの中で、犯人の廣田秋人（若葉竜也）は身体に巻いた爆弾をあらわにする。本部からの指示で人質解放の交渉を行う古橋（池内博之）に、秋人は燃料を満タンにした代わりのバスと食料、水を要求してきた。古橋の交渉が続く中、秋人の父・春貴（大河内浩）を乗せたNPS基地局車輌と専用RV車が到着する。秋人は古橋に、世界で一番憎んでいる父親の話をし、父親の人生を粉々にしてやると言い放つ。自分に言われているみたいだと切り返す古橋の言葉に、秋人は次第に耳を傾けるようになる。その頃、乗り換え用のバスが現場に到着。NPSは、人質が運転手の制服に着替えた梶尾竜一（高橋努）１人になる作戦を立てるが…。

NPSの本部で、珍しく心ここにあらずの速田仁（平山浩行）の様子を伺う古橋（池内博之）と梶尾（高橋努）。驚いたことに、プロポーズの返事を待っていると言う。速田は保育士の恋人・藤波優子（平岩紙）と２年前から付き合っており、一號（向井理）たちNPSのメンバーは驚愕するが、香椎（大森南朋）は彼女の素性を知っているようだ。そんな中、身代金目的の誘拐事件が発生する。誘拐事件は通常SITが指揮を執り、その指揮下でNPSも捜査に参加することになるが、元SITの速田は複雑な表情を浮かべる。被害者は優子が勤めている保育園を卒園した小学１年生女子。事務的に捜査資料を読み上げる速田の元上司・SIT係長の当真一郎（小木茂光）は、速田に優子が最重要参考人になっていることを伝える。

本人の強い希望で、蘇我（綾野剛）のSATへの復帰が突然決まり、一號（向井理）らNPSのメンバーは驚く。そこに、元陸上自衛隊所属の林イルマ（新垣結衣）が新たな狙撃手として配属される。そんな中、刃物を持った男が元交際相手を脅して、地下トンネルに逃げ込んだとして、香椎（大森南朋）から出動の指令が出る。現場に向かったNPSのメンバーは、速田（平山浩行）・蘇我チーム、一號・イルマ・梶尾（高橋努）・ポインターの二手に分かれて捜索を開始する。早速、ポインターが女性のハイヒールを見つけ、マル被を追い込むかに思えたのだが…。その後、イルマは一號に、自分は１８年前、ゆづる（吹石一恵）の両親を殺害した通り魔を射殺した警察官の娘だと告げる。

各界の有力者１０名を拉致したテロ事件が発生。犯行声明により首謀者は正木（オダギリジョー）で、人質解放のタイムリミットは明日１日だと分かる。一方、実家の店「まんぷく」で正木と対峙した一號（向井理）は正木に殴りかかるが、カウンターをくらい倒れてしまう。翌日、テロリストの潜伏先をSITの捜査員が特定した。人質殺害まで残り約７時間。特定された潜伏先近くに、蘇我（綾野剛）、嵐悟（平山祐介）らを乗せたSAT基地局車両が到着する。中丸隊長（髙嶋政宏）の号令を受けアタックを開始するSAT隊員だが、蘇我はある違和感を覚える…。時を同じくして、正木らテロリストたちが都内の演奏会会場を乗っ取り、取引に応じなかった日本警察への報復を宣言する。SATがテロリストの潜伏先への作戦中のため、天城（菅原大吉）は香椎（大森南朋）らNPSのメンバーに制圧を命じる。香椎は、「制圧法」制定に向け尽力を尽くす元警察庁次長であり霧山塾の塾頭・霧山六郎（近藤正臣）の罠ではないかと疑い、直接霧山を問い詰めるのだが…。