平和な日常に、突如、暗雲が立ち込める。美しい宝石の国「クリスタリア」を侵略した闇の帝国「ヨドンヘイム」が、次のターゲットとして地球にやってきたのだ。ヨドン軍に立ち向かうため、不思議なパワーを秘めた美しい宝石「キラメイストーン」に選ばれた戦士、射水為朝（木原瑠生）、速見瀬奈（新條由芽）、押切時雨（水石亜飛夢）、大治小夜（工藤美桜）、４人のキラメイジャーが出動する。その戦いの様子を見ていた高校生・熱田充瑠（小宮璃央）に、赤いキラメイストーンが反応。キラメイジャーの最後の一人かと思われたが、充瑠は人違いだと拒否し・・・。

熱田充瑠（小宮璃央）が加わり、５人そろったキラメイジャー。充瑠は、キラメイジャーをサポートする博多南無鈴（古坂大魔王）からキラメイジャーの“リーダー”を任されるが・・・。そんな中、遊園地に邪面師ラグビー邪面が出現し、ボール爆弾で周囲を破壊し始める。キラメイジャーが応戦するが、大会に出場中の速見瀬奈（新條由芽）は参戦せず、ラグビー邪面を逃がしてしまう。キラメイジャーは５人がひとつにならなければいけない。充瑠はリーダーとしての資質を問われ・・・。

イケメンアクション俳優の時雨（水石亜飛夢）の美学は、男のやせ我慢。クールにさらりとすごいことをやりたいのだ。そんな中、万力で人々の頭を締め付けるマンリキ邪面が出現。キラメイジャーが応援するが、戦いの中、時雨は頭に万力をはめられてしまう。小夜（工藤美桜）の診察によると、万力の締め付けで頭蓋骨が歪み、かなり食い込んでいる。相当痛いはずだが、時雨はクールな表情を崩さない。充瑠（小宮璃央）たちは、なんとか万力を外そうとするが・・・。

街に黒いキラメイストーンが出現。心当たりのあるマブシーナは、キラメイジャーとともに現場に駆けつける。すると、黒いキラメイストーンが変形し、クリスタリアの王室専用列車に。これはオラディン王以外は生み出せないはずだが・・・。街に突っ込む前になんとか止まった王室専用列車の中から、マブシーナの叔父ガルザが現れる。ガルザは、オラディン王を手にかけ、クリスタリアをヨドン軍に差し出した反逆者。マブシーナは憎しみを露わにするが、ガルザは誤解だといい・・・。

ｅスポーツチームのリーダーとして、メンバーを引っ張る為朝（木原瑠生）。ショベローは、キラメイジャーのリーダーが為朝ではなく充瑠（小宮璃央）なのが納得いかないようだ。そんな中、スティック操作で何でも操るジョイスティック邪面が出現。キラメイジャーが駆けつけるが、時雨（水石亜飛夢）が操られ、４人に斬りかかってくる。キラメイジャーはキラメイベースに戻り、ジョイスティック邪面に対抗するため作戦を練る。完璧に分析し的確な指示を出す為朝こそがリーダーにふさわしいと考えたショベローは、地球で見つかったキラメイストーンをこっそり掘り出すことに。

天才外科医の小夜（工藤美桜）は、神のような手さばきで博多南（古坂大魔王）の親戚の手術を成功させる。そんな中、写真に撮った人々をモニターの中に取り込むデジタルカメラ邪面が出現。戦いの中、瀬奈（新條由芽）と時雨（水石亜飛夢）が写真に撮られモニターの中へ。さらに、魔進ジョーキーに吹っ飛ばされた小夜は、記憶喪失により５才から今までの記憶をなくしてしまう。５才になってしまった小夜は、今の姿からは想像ができないくらい泣き虫で・・・。

新時代のリーダーを育成するというドキュメンタリーに影響されたキラメイジャー。瀬奈（新條由芽）は体力作り、時雨（水石亜飛夢）は剣、小夜（工藤美桜）は合気道、為朝（木原瑠生）は射撃の特訓で充瑠（小宮璃央）を鍛えようとする。そんな中、２人の邪面師、オーブン邪面とフリーザー邪面が出現。キラメイジャーが応戦するが、充瑠はハードな特訓の疲れから目がかすみ・・・。

頭を２つ持つ邪面獣レーネツダガメスとガルザの操縦するスモッグジョーキーとの闘いで窮地に追い込まれたキラメイジャー。意識が朦朧とする中、充瑠（小宮璃央）は光の巨神を見るが、意識を失うとともに巨神も消えてしまう。為朝（木原瑠生）たちはダウンしてしまった充瑠をもっと鍛えようとするが、マブシーナは充瑠の姿を亡き父オラディン王と重ね・・・。一方、気絶した充瑠は、夢の中でオラディン王とともに絵を描く。

ジョギング中の瀬奈（新條由芽）は、取り巻きを連れた美女・真木埜に声をかけられる。真木埜は瀬奈とは“幼なじみ”だというが、何か因縁があるようで・・・。そんな中、ヒャクニンイッシュ邪面が出現し、キラメイジャーは百人一首で勝負をすることに。瀬奈は小学生の頃、かるた会に入っていたが、後にかるたクイーンとなった真木埜にはかなわず競技かるたを辞めたのだ。ヒャクニンイッシュ邪面との百人一首対決、時雨（水石亜飛夢）たちは瀬奈にばかり負担をかけられないと、真木埜に特訓してもらうとするが・・・。

すでに亡くなっているのに、毎朝目覚めて歌うというネットアイドル”ヨドミヒメ”が、今、都市伝説になっている。しかし、見られる確率は２万分の１だという。ヨドミヒメの写真を見た時雨（水石亜飛夢）は、驚きと怯えで動揺。なにか心当たりがあるようだ。興味を持った充瑠（小宮璃央）、瀬奈（新條由芽）、為朝（木原瑠生）は、ついにヨドミヒメを見ることに成功するが、画面から発射された何かが体に飛び込み、意識を失ってしまう。

ｅスポーツ大会で、為朝（木原瑠生）は洋二郎率いるチームと対戦し、今回も為朝が圧勝。すると洋二郎は為朝の髪の毛を抜き、「この怒り、我が呪いで晴らしてやる」という不気味な言葉を残して去っていった。そんな中、リセットボタン邪面が出現し、キラメイジャーが応戦。戦いの中、リセットボタン邪面のボタンを押してしまった為朝は、洋二郎に呪いをかけられたところまで戻ってしまう。その後も、同じ時間を繰り返すことになり・・・。

山岳救助隊からの応援要請により山に向かった小夜（工藤美桜）は、任務を終え下山する途中で遭難。メンテナンス中のキラメイチェンジャーを置いてきたため、ヘリコを呼ぶこともできない。山の中で途方に暮れていた小夜は、お宝を求めて冒険中だというクリスタリア宝路（庄司浩平）と出会う。そんな中、ＣＡＲＡＴが秘密裏に整備した天文台を襲うインセキ邪面が出現。キラメイジャーは小夜がいないまま４人で応戦するが、上空からの謎の攻撃に苦戦。何者かにどこかから狙撃されているのか！？