刑事の氷川誠は、人間業とは思えない不可解な連続殺人事件を追っていた。一方、一連の事件に呼応するかのように、二人の青年の身体に異変が起きる。水泳選手の葦原涼。記憶喪失の津上翔一。そして、捜査をすすめる誠は異形の生物に出会った。

息子に続き、その両親も奇怪な手口で殺された事件の手がかりは一枚の写真。誠たちは、そこに不思議な現象が写っているのを発見する。G3が戦った相手はアンノウン(正体不明)としかいいようがない存在だった。また、それを倒した「アギト」と呼ばれる存在の正体も謎のまま。そして、またしても同じ手口の事件が起きる。

縄文時代の地層から死体が発見された。掘り起こして埋めた形跡はなく、警察は正体不明の相手(アンノウン)の仕業と推察する。一方、翔一は自分の内なる未知の力におびえていた。理由はわからない。戦わなくてはいけない相手がいる。だが、自分の力を制御できなかった。人々を襲い続けるアンノウンを前に、悩める翔一。

変身を真魚に見られた翔一は置き手紙を残し、美杉家を出る。心配する真魚に美杉が語る翔一の過去。一方、誠は「超自然的現象」が事件の鍵ではないかと注目し、その道の権威である美杉教授を訪ねた。そこで誠は翔一と出会う。彼がアギトとも知らずに……。

涼の身体に起きる異変は、ますます悪化の一途をたどっていた。信頼していたコーチにも裏切られ、孤独な涼は、かつて自分の身勝手で別れた恋人・真由美のことを想う。そのころ、真魚の家庭教師として美杉家に呼ばれた真由美は、翔一とめぐり逢い……。

アンノウンの最初の犠牲者は真由美の父親だった。「おれがついてる、おれが守る」と誓う涼だが、真由美を執拗に狙うアンノウンから彼女をかばったとき、その目の前で異形の化け物に変貌を遂げてしまう。一方、氷川誠がG3の装着員に選ばれたことを激しく妬む北條透は、誠の過去を突き止め……。

変身後の後遺症に苦しむ涼の元に、あの謎の少年が現われる。一方、翔一は真魚の部屋で、新聞記事を見つける。真魚の父は、2年前何者かに殺害されていたのだ。その記事を見て、フラッシュバックに襲われ、気を失ってしまう翔一。助け起こそうと真魚が触れた瞬間、真魚の意識に翔一の記憶が流れ込んでくる!

空飛ぶアンノウンに敗れ、かろうじて美杉家に戻った翔一に、真魚の憎しみの視線が突き刺さる。また、不思議な少年に介護されていた涼は驚くべき現象を目にし、恐怖のあまりギルスに変貌を遂げる。一方、氷川誠は同僚にまで見放され、焦りを隠せない。そして、G3システムの装着員には改めて北條透が任命された。

翔一の過去を知るらしい女性・三浦智子。気が気ではない真魚。なぜか浮かない顔の翔一。しかし、智子は惨殺死体となって公園で発見される。殺人事件として捜査を開始した氷川誠は、彼女が「津上翔一」と会う約束をしていたことを知る。一方、水のないところで人を溺死させるアンノウンが現れ、北條透にG3出動命令が下る!

三浦智子殺害容疑で逮捕されてしまった翔一。翔一の無実を信じる真魚は警察に氷川誠を訪ねるが、「釈放はできない」と冷たい答え。彼の無実を証明するしかないと思い知った真魚は、誠の前で力を使おうとする。一方、圧倒的強さでアンノウンを撃破した北條透だが、倒したはずのアンノウンが人知れずひそかに再生を始め……。

翔一の過去を知る三浦智子は殺されてしまった。真魚は彼女の交友関係をたぐり、翔一の過去につながる手がかりを得ようとする。一方、北條透が罷免され、G3装着員の座は宙に浮いた。新たなるアンノウン事件が勃発する中、氷川誠と北條透は、それぞれのやり方で事件解決をめざしながら、対抗意識をむき出しにしていく。

誠はアンノウン出現を予測した功績が認められ、再びG3の装着員に任命される。一方、ようやく篠原佐恵子と対面する翔一。そして、父の死の真相を追求する涼もまた、佐恵子のもとへ。互いの正体を知らぬまま出会った、二人の青年。そんな二人に佐恵子が語る、太古の昔、人々を守るため闘った聖なる戦士とは……。