マッキンリー高校の新米教師ウィルは、かつて同校のグリークラブに在籍し優勝した経験を持っていた。今やすっかり落ちぶれたグリークラブの顧問がクビになったことを知った彼は、校長にかけ合い自腹で部を存続させることになる。しかし、部員募集に集まってきたのはクセのある生徒ばかりでウィルは頭を抱えてしまう。さらに、妻テリの妊娠がわかり、もっと給料の良い仕事につくようプレッシャーを掛けられ、教師を辞めるか悩むウィル。そんな時、ひたむきに練習する歌声が響いてくる…。

州大会出場には最低12人のメンバーが必要だった。部員募集のため全校生徒の前で新曲を披露することにするが、ウィルの選曲に不満だった部員たちは勝手に曲を変更してしまう。グリークラブと妻テリのプレッシャーにより、ウィルは苛立ちを募らせる。そのテリは病院で想像妊娠だったと知らされる…。一方チア部のクインは、フィンをレイチェルに奪われるのではないかと危機感を募らせ、スーのスパイとしてグリークラブに入部し、内部崩壊を画策する。

レイチェルに振付師を雇うよう提案されたウィルは自信を失くしてしまう。ある日、偶然教師仲間たちの歌声を聞いたウィルは、自信を取り戻すため、仲間たちと「アカフェラス」というボーカル・グループを結成する。ステージは大好評で活動に夢中になるが、その活動を通して、教師こそが自分の生き甲斐だと再確認する。その頃、メルセデスはカートに恋をしてしまう。彼女の気持ちを知ったカートは、他に好きな人がいると言い、彼女に初めてカミングアウトする。

父親にアメフト部に入部したと嘘をついてしまったカートは、入部テストを受ける。そして、思いがけない威力を発揮し入部することに。一方、ソロの座をティナに奪われたレイチェルは、ミュージカルのオーディションを受ける。部員を奪われ悩むウィルの元に、今度はフィンがクインが妊娠したと相談にやってくる。その話を聞いたテリは、こっそりクインに接近する。フットボールの試合はカートの活躍で大勝利し連敗を脱出する。喜ぶ父親にカートは勇気を出してゲイだと告白するのだが…。

グリークラブの公演が決まるが、レイチェルは部を辞めてミュージカル部へ。彼女なしでは大会に勝てないと部員たちは訴える。そこでウィルは、かつてのグリークラブのスター、エイプリルを高校に戻し入部させる。フィンの説得で一時はグリークラブに戻ったレイチェルだったが、クインがフィンの子を妊娠していると知ってまた退部してしまう。公演当日、エイプリルは酔って現れ1曲だけで会場を去ってしまい公演中止の危機!そこへレイチェルが現れる。

地区大会が2週間後に迫る中、レッスンに身が入らない部員らを奮起させようと、ウィルは男女2チームに分け対決させる。一方、なかなかグリークラブを潰せないことにいらだちを募らせていたチア部の顧問スーは、ウィルの妻テリをそそのかし、その策略にはまったテリは資格もないまま養護教諭の職につくことに。テリからもらった薬でハイになった男子チームはパワフルなパフォーマンスを見せるが、それが後に問題となる。

スーが強引に副顧問に就任し2チームに分けられることになる。スーの策略に対しウィルは仕返しをするのだが…。その頃フィンはクインの妊娠について頭を抱える。彼の態度に腹を立てたクインは仲間をそそのかしスーのチームに移す。スーとウィルのバトルはさらに激化し、生徒たちは愛想をつかして二人の元を去る。ウィルはスーと和解し、安心した矢先、クインの妊娠が遂にスーにバレてしまう。落ち込む彼女を慰めたのはグリーの仲間たちだった。

妊娠が広まり人気者の座から転落してしまったフィンとクインはなんとか地位を回復しようとする。ウィルはエマとケンから結婚式のダンス曲のミックスとダンスレッスンを頼まれる。しかし放課後、楽しそうに練習するエマとウィルの姿を見たケンは嫉妬し、生徒たちにグリーかアメフトか選択を迫る。その頃、密かにレイチェルとパックのロマンスが進行していた。結局、フィンだけがアメフトを選ぶが、本当の気持ちに気付きケンに相談をするのだった。

ウィルは大会への移動手段である障害者用バスの資金集めを提案するが、生徒たちは乗り気でない。そこで生徒たちに車椅子で生活させ、その大変さを理解させようとする。一方、カートはソロのオーディションでレイチェルと対決することになる。だが自分が原因で父親が嫌がらせを受けていると知った彼は…。その頃、スーもクインの抜けた穴をオーディションで決めることに。しかし、彼女が選んだのは意外な人物だった。

地区大会の課題曲にバラードが加わり、ウィルはペアでバラードを歌う課題を出す。そこでウィルはレイチェルと組むことになる。その気になりやすいレイチェルは歌っているうちにウィルに恋してしまう。レイチェルに戸惑うウィルはエマに相談して対策を投じる。一方、フィンとペアになったカートは悩む彼をサポートする。カートに勇気付けられたフィンは、クインの両親との食事会で歌に乗せて子供が出来たことを告白してしまう…。

スーが地区大会のセットリストをライバル校に渡そうとしていると気付いたウィルは、相手高校に事実を確認する。その際にライバル校の歌を聞いたウィルは、想像以上の実力に不安を覚える。ウィルは対抗するために、より派手な"ヘアー作戦"を思いつく。一方、クインは将来に不安を感じ始め、フィンだけでなくパックにもチャンスを与えることにする。その間フィンの気をそらすため、レイチェルを彼好みに変身させようとカートをそそのかす。

学校アルバムの撮影日が近づき、ウィルはかろうじて2人分のスペースを確保する。そこで代表としてレイチェルとフィンが撮影をすることになるのだが、アメフト部の仲間にバカにされたフィンは撮影に現れなかった。レイチェルはグリークラブの地位向上のため、ローカルCMの話を決めてくる。一方、ウィルはテリの妊娠が嘘だと知ってしまう。さらに追い討ちをかけるように、CMを見たスーが校則違反だと糾弾。グリークラブは廃部の危機に陥る…。