アーケードゲーム「メガレンジャー」で遊んでいた高校生・伊達健太は世界科学連邦I.N.E.T.にスカウトされ、研究所に連れて行かれた。一方、健太と同級生の男女4人もその研究所を訪れていた。そんな時、異次元からの侵略者・ネジレジアが研究所を襲い、瀕死の久保田博士は高校生5人にデジタイザーを渡す。

メガレンジャーの活躍によってシャトルは宇宙へと飛び立ったが、地上にはまたネジレ現象が現れようとしていた。たまり場にしていたゲーセンが破壊された健太は一人、ネジレ獣・ エイネジレに立ち向かっていく。いいように翻弄されてしまう健太だったが、仲間たちが駆けつけ、5人は再びメガレンジャーに変身して戦う。

俺は抜けると言って、瞬が耕一郎にデジタイザーを渡した。瞬を追った健太は、彼がコンピューターグラフィックスに夢をかけていることを知る。そんなとき、サイネジレの攻撃がCGセンターにも及び、瞬のCGプログラムは破壊されてしまう。/瞬の夢はどうなるのか?　メガレンジャーはまた5人で戦うことができるのか?

張り切る耕一郎に、残る4人はちょっと呆れ気味だった。/一方、ネジレジアはインターネットを使い、人間のネジレ教育を進めようとしていた。そんな中、健太を助けようとして耕一郎は負傷してしまう。健太たちは自分たちで敵のアジトを突き止め乗り込むのだが、それはシボレナの罠だったのだ!

I.N.E.T.常任理事会からメガレンジャーを高校生で続けることに疑問が出され、ギャラクシーメガには自動操縦プログラムが組み込まれた。一方、デスネジロではメガサーベルの破片を元に、強固な体を持つエビネジレを作り出していた。/プログラムでしか動けないギャラクシーメガはメガサーベルを封じられて苦戦する。

みくは、同級生のシンタロウから「おまえのもうひとつの姿を知っているぞ」と脅される。/一日デートにつきあえば、秘密の写真を返すというのだが、デート中にネジレ獣・ゾウネジレが現れてしまう。/閉じ込められたみくは、シンタロウと一緒なので変身できない。そんな時、久保田博士がデジタンクを使うよう指示を出す。

星空を撮影していた千里はあやしい光を発見し、耕一郎と宇宙観測センターに調査に出かけた。だが、その行く先々で、三島由里花という女の子が邪魔をしてくる。高校の後輩で、耕一郎を「耕ちゃん」と呼び、自称彼女のようだ。/何とか敵の陰謀がわかったが、 大騒ぎする彼女がいて大ピンチに……。

地上界侵略が遅々として進まないことに苛立つジャビウスI世は、Dr.ヒネラーを叱責。/ヒネラーの忠実な部下のユガンデは、メガレンジャーのチームワークを崩せば勝機が見えると、自ら戦いに出る。/ユガンデの罠からメガレッドを救おうとしたメガブラックが重傷を負い、健太はみんなに責められてしまう……。

街をカメラで撮影していた千里は、同じ高校の女の子が子供からCDを奪い取るのを見つける。その彼女は健太の中学からの友だち・冴子らしかった。冴子を捜し、理由を聞く健太。冴子の行動の裏には、ネジレジアの卑劣な作戦があった。そして、秘密を知った彼女に、コウモリネジレの魔の手が迫る!

瞬は母の命日に不思議な少女と出会う。彼女は瞬の思い出のフルートで美しいメロディを吹いてみせる。一方、世界各地で人々が狂暴化していた。事件の特徴は、直前に不思議な笛を吹く少女の姿が目撃されていること。しかもその少女は、瞬と出会った不思議な少女にそっくりだった。少女と出会った場所へと急ぐ瞬だが……。

千里が恋をした?　バースデーケーキを作り、お洒落をして出かける千里のあとを健太たち4人はこっそりつける。しかし、千里を待っていた相手は幼い少女、ルリだった。一方、シボレナは教会のシスターに変装し、子供たちをコントロールする赤いバラを配っていた。ルリもその犠牲となり、バラネジレの洗礼を受けてしまう。

耕一郎はテストで52点という、これまでとったことのない悪い点数を取ってしまい、落ち込んでいた。一方、奇妙な隕石が近くに落ち、メガレンジャーは出動するが、ネジレジアとの戦いでもメガブラックはミスばかりしてしまう。/実はその隕石、 ひょんなことから大岩先生が拾って持ち帰っていたのだが……。