ファンガイアが、オルフェノクが、魔化魍が-。全ての怪物が現れる。襲われた光夏海(森カンナ)を救ったのは、ディケイドに変身した門矢士(井上正大)だった。そこに紅渡(瀬戸康史)が現れ、世界を救うためには9人の仮面ライダーがいる9つの世界を旅する必要があると告げる。

クウガの世界。ここではクウガ=小野寺ユウスケ(村井良大)が八代藍刑事(佐藤寛子)のサポートを受けながらグロンギと戦っていた。士は巡査として活動することがこの世界の役割だと判断し、グロンギに戦いを挑む。その姿を見たユウスケはクウガに変身すると、「悪魔」といいながらディケイドに襲い掛かった。

クウガの世界。グロンギによるゲゲルを阻止したはずのディケイドだったが、目覚めるはずのない「究極の闇」―ン・ガミオ・ゼダが復活してしまう。どうやらクウガの世界も滅びの現象が起き始めているらしい。次々と現れるグロンギに一人立ち向かうディケイドだったが、なす術もなく追い込まれていく。

キバの世界。ここではファンガイアと人間が仲良く暮らしていた。士はバイオリンを弾く一人の少年、ワタル(深澤嵐)に出会う。ワタルは士がディケイドだと知るとキバに変身。ディケイドに襲い掛かる。互いにフォームチェンジしながら激しく戦うディケイドとキバ。その2人の間に割って入ったのは、なんとユウスケだった。

キバの世界。ビートルファンガイアはワタルからキバの鎧を奪い、新たな王となった。ビートルはファンガイアの掟を捨て、人間をむさぼり尽くすと宣言する。ユウスケはワタルに王になるよう説得するが、ワタルはユウスケのライフエナジーを吸い取ろうとしてしまう。一方、カイザを退けたディケイドに謎の男が語りかけてきた。

龍騎の世界。この世界のライダーを調べるために、「Atashiジャーナル」を訪ねた夏海だが、編集長・玲子(高橋佐衣)を殺害の容疑で逮捕されてしまう。夏海はミラーワールドで仮面ライダーたちが戦い、最後に残った一人が判決を決める仮面ライダー裁判制度で裁かれることになった。

龍騎の世界。真犯人はレン(北村栄基)ではないかと疑うシンジ(水谷百輔)。だがユウスケはレンを信じたいという。そのころレンはミラーワールドにオーディンの姿を見つけ、単身でライダーバトルを挑んでいた。かろうじて勝利したレンの手に握られていたものは、過去に戻ることができるというタイムベントのカードだった。

剣の世界。この世界では仮面ライダーは「BOARD」(ボード)という企業に所属し、給料を貰ってアンデッドと戦っていた。仮面ライダー剣=カズマ(鈴木拡樹)は最高ランクのエース社員だったが、会社の規則を破り人命を救ったために降格させられてしまう。社長にブレイバックルの返還を迫られるカズマだったが…。

剣の世界。突然現れた伝説の仮面ライダー、カリスにカズマはブレイバックルを奪われてしまった。カズマの上司になった士は社員食堂の改革に乗り出し、夏海とユウスケの協力もあって黒字化に成功。カズマも仲間の大切さに気付く。そこにサクヤ(成松慶彦)とムツキ(川原一馬)が突然退職したという知らせが入った。

ファイズの世界。この世界の士はスマートブレイン高校の生徒。同じ写真部の由里(緑友利恵)をオルフェノクから守るためファイズに変身するタクミ(制野峻右)だったが、攻撃を受け変身を解かれてしまう。そこに司の過去を知る海東大樹(戸谷公人)が現れ、仮面ライダーディエンドに変身した。

ファイズの世界。百瀬(三浦涼介)らラッキークローバーがオルフェノクの本性を現し、由里や学校の生徒たちを襲いだした。ファイズギアを失ったタクミは彼女達を守るため、生徒たちに恐怖の目で見られながらもウルフオルフェノクの姿となってラッキークローバーに戦いを挑んでいく。

アギトの世界。この世界でも未確認生命体と警察が戦っていた。クウガの世界で亡くなった八代刑事(佐藤寛子)と同じ姿と名前の女性を見つけたユウスケは、彼女を助けるためG3-Xの装着員に立候補する。一方の士は郵便局員として手紙を届けに芦河ショウイチ(山中聡)を訪ねるが、アンノウンに襲われる。