木ノ葉隠れの里では、下忍へと成長した木ノ葉丸軍団がDランク任務にいそしんでいた。「こんなショボイ任務じゃやる気が出ない」と駄々をこねる木ノ葉丸に、昔のナルトを重ね合わせ苦笑するイルカ達。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影があった。その人物こそ自来也との長き旅を終え、大きく成長したナルト本人だった!!

再びカカシの元につく事になったナルトだが、修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行ったサバイバル演習でカカシに挑む事になる。一方、砂隠れの里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きがおこる。遂に"暁"のメンバーが砂に降り立ったのだ。

白熱するナルト達のサバイバル演習。術の連係にキレを増したナルトに、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の技を駆使してカカシを追い込んでいく。その頃、砂隠れの里では我愛羅を狙う"暁"のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき……。

いち早くデイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。一方、木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、焦るナルトとサクラ。膠着する戦況に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。

カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラはカカシ班に配属される。一方、砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の強い決意を知っていたのだ。

デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。遂に我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった。

力尽きた我愛羅を連れ去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべく小隊にて追跡を開始する。しかし追っ手がかかる事は"暁"の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。しかしカンクロウは執念の追跡で、ただ一人"暁"の元に辿り着くのだった。

砂隠れの里から風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速カカシ班を砂に向かわせる。一方、"暁"との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。敵の正体はカンクロウの傀儡の製作者であり、かつて砂の天才造形師と謳われた「赤砂のサソリ」だったのだ!

砂隠れの里へ先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは「人柱力」という同じ苦しみを分かち合う仲間として我愛羅の身を案じ、"暁"に対する激しい怒りを爆発させる。一方、瀕死の状態で回収されるカンクロウ。早速治療が施されるが、その身に受けた未知の毒でこのままでは二、三日の命と判明する。

一刻を争うカンクロウの病状。それは毒の専門であるチヨバアの手にすら余る代物だった。一縷の望みは綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。同じ頃、我愛羅をアジトに運んだ"暁"達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく封印術を開始するのだった。

危篤状態のカンクロウに完璧な処置を施していくサクラ。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨバアだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣いとサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは"暁"の手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

"暁"のアジトを突き止め、直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班。里の警備を命じられてしまったテマリに代わって同行の名乗りをあげたのはチヨバアだった。一方、パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。パックンの案内のもと直接アジトを目指すガイ班だが、その動きは既に敵の知る所だった……。