CTUとレンジャーの精鋭部隊によって、イスラム過激派のリーダー、ビンハリード殺害作戦が成功した。しかし帰還したレンジャーのメンバーは何者かに惨殺されていく。生き残ったエリックは、事件のカギを握る仲間の行方を追い始めるが…。同じ頃、高校生のドリューは同級生のアミラにある疑いを抱いていた。

レンジャー殺害の理由を突き止めたエリックだったが、テロ攻撃の情報が入ったチップを仲間に持ち逃げされ、大金を要求されたために危険な作戦に打って出る。彼を支援するレベッカは、レンジャーの情報を漏らした内通者を探り当てるが…。一方、アミラと仲直りしたドリューは意外な光景を目にすることになる。

エリックは潜伏工作員のリストを買い取るための200万ドルを手にしたが、警察に閉じ込められ、やむなく人質に取った警官を盾に強行突破を図る。レンジャーの情報を流したのが夫の選対本部長ニラーだと知ったレベッカは、自ら彼女を問い詰めるが自供を引き出せない。そこには想像を絶する陰謀が潜んでいた。

潜伏工作員のリストを奪われて憤るエリックに、リストを取り戻す方法があるとベンが言い出す。無謀な計画はマリンズに却下されるが、エリックを影で支援する人物が現れる。そのころ、CTUで尋問を受けるニラーを独自に調べていたドノヴァンは、レンジャーの身元をリークした真犯人を突き止めるが…。

テロリストの居所を探るため、エリックたちは武器密輸業者のガブリエルに取引を持ちかけるが、彼はベンを殺すことが条件だとエリックに迫る。その頃、ジャダラのアジトでは潜伏工作員リストの修復が難航していたが、ようやく修復できた1チームの情報をめぐって、彼らの中で深刻な仲間割れが起きるのだった。

ベンの死と引き換えにジャダラのアジトを突き止めたエリックはCTUのチームとともに現場に急行する。そのころハッサンとアミラは爆発物の準備を終えようとしていたが、アミラの教師ハリスの思いがけない行動でテロ計画は変更を余儀なくされ、父親のミハイルを巻き込んで衝撃の結末を迎えることになる。

妻と兄をジャダラの人質に取られたエリックは、潜伏工作員のリストを修復できる者を連れてこいと命じられてアンディに目をつけ、生還が不可能な難しい作戦を持ちかける。そのころレベッカは、口を割らないヘンリーにしびれを切らし、ジャダラの居所を聞き出すための厳しい尋問を意外な人物に託す。

ニコールたちと引き換えにジャダラのアジトに監禁されたエリックとアンディは、ウイルスを使って潜伏工作員のデータを消そうと試みる。しかし決死の計画は思わぬ結果を生むことになってしまう。そのころ、CTUへと向かうアイザックの車がジャダラの追っ手に襲われ、ニコールたちは命からがら逃げ出すが…。

ミサイルでアジトを破壊されたジャダラは拘束されたが、その直後、CTUの警備主任のもとに謎の脅迫電話がかかってきた。彼の愛人の命と引き換えにジャダラを解放しろと言うのだ。エリックはCTUと共に彼女の救出を試みるが、ビンハリードの部下であるナセリの巧妙な作戦の前にCTUは大混乱に陥ってしまう。

ジョン・ドノヴァンを連れ去ったナセリたちの捜索が続く中、レベッカのもとに「投降すれば夫を帰す」とジャダラが電話してきた。夫を救いたいレベッカは、要求に応じるとエリックに告げる。一方、ナセリが“イースト・ジュライ”という言葉を何度も口にしたとジェニファーに聞いたアンディは、暗号の意味を調べ始めるが…。

レベッカが連れ去られ、落胆するエリックとドノヴァンのもとにCTUから新情報がもたらされた。ナセリを脅すために、シムズ国家情報長官がとんでもない極秘作戦を行っていたというのだ。真相を探るべく2人は国防総省へ向かう。一方、ビンハリードに捕らえられたレベッカは公開処刑を避けるために命を絶とうとしていた。

監禁されていたナセリの娘を保護したエリックだったが、ナイフを突きつけられ公開処刑を待つレベッカの姿がネット上に流れる。エリックはナセリに娘が生きていることを伝え、レベッカとの交換に応じるよう説得するが…。ナセリの決断が事件に関わる人々の運命を大きく変え、ドラマは衝撃のクライマックスを迎える。