紀元前245年中国。時は春秋戦国時代。西方の国・秦で天下の大将軍になることを目指し剣の修行に明け暮れる二人の少年がいた。名は信(しん)と漂(ひょう)。戦災孤児で、下僕として働いていた。二人の元に、ある日昌文君(しょうぶんくん)が現れ漂を王宮で仕官させると告げる。離れ離れになる二人だが「行き着く場所は同じだ」と誓い合う。その後、王弟の反乱がぼっ発。漂の身を案じる信の元に深手を負った漂が戻ってきた。

漂の死の直前に託された地図を元に黒卑村へと向かった信は、そこで漂と瓜二つの少年・政と出会う。混乱する信の前に姿を現したのは政の命を狙う刺客・朱凶。実はこの少年こそ秦王ｴｲ政－後の始皇帝であったのだ。「漂を殺したのは自分だ」と嘲笑する朱凶に怒り、我を忘れるように剣を向ける信だったが、手も足も出ず倒れ伏してしまう。薄れゆく意識の中、しかし漂の無念を誰よりも感じている信はボロボロの体で再び立ち上がった。

驚異的な気力と剣技で徐完を倒した信。だが今度は王弟が差し向けた大軍により一帯を囲まれてしまう。逃げ場を失い強行突破を図ろうとする信と政。そんな二人の前に河了貂という子供が現れ、「抜け道がある」と告げる。貂の手引きの元、軍の包囲を掻い潜ろうとする一行。その最中、政の「漂は万が一のための影武者だった」との言葉に信は逆上。しかしそんな信に対し政は「漂はそのことを十分にわかっていた」と声を荒げるのだった。

漂の思いを知った信は自分達の路のため政についていくことを決意。「その為に利用するだけだ」と語る信に政も「お前はただの剣だ」と言い返す。そこに貂もカネの為と言って加わり一行は昌文君を筆頭とする大王派臣下との合流地を目指す。連日の疾走の末、辿り着いた先は美しい緑に囲まれた楼閣、四百年前の秦王・穆公の隠れ避暑地であった。そこで昌文君らの到着を待つ三人の前に不気味な殺気を放つ新たな刺客・ムタが襲いかかる。

ムタと対峙した信は初めて感じた殺気の恐怖に怯み、本来の力を出せずにいた。しかし政の檄により自分が無意識に退がっていたことを知り、不退こそが自分の武器だと確信した信は血だらけになりながらも前に出る。殺気の呪縛から解放され、戦いの最中で進化をし始める信はついに反撃に出る。一方咸陽では、勢力争いに全く興味を示さなかったはずの伝説の大将軍・王騎の手により、無残な姿となった昌文君の首が王宮に届けられていた。

死んだと思われた昌文君は生きていた。政と再会を果たし、その無事に涙する昌文君に対し、漂の死の怒りをぶつけようと剣を振り上げる信。だが、その手は副官・壁によって止められてしまう。そして壁は最後まで漂の傍にいた者として、その様子を語りたいと申し出る。憮然とする信だったが、壁が語る漂の姿は堂々たる王の姿であり英雄のように語られる話に次第に心打たれる。己の未熟さに気付いた信は改めて将軍になる路を政に問う。

王宮奪還のための加勢となる軍勢を求めて山の王へと会いに行く一行はその道中、壁から山の民の凶暴性を象徴する壮絶な戦いの一端を聞かされる。恐怖と緊張に沈み込む一同の中、信だけは「味方にする値打ちがある」と意気揚々と先を目指す。その背中に何かを感じ取る政と昌文君。一行はさらに先を目指し険しい山々を歩き続けるが、ふと気づくといつの間にか夥しい数の奇妙な仮面を被った山の民たちに取り囲まれてしまっていた。

山の民に連れられ、たった一人で山の王の元へと向かった政。その後を、昌文君から政のことを託された信、さらに貂・壁が追いかける。断崖絶壁の岩肌を登り山の民の王国に乗り込んでいく三人の眼前に現れたのは想像を絶する堅牢な要塞であった。そして驚愕に固まったままの三人の背後に山の民が音もなく忍び寄る。一方山の王・楊端和は助力を求める政の申し出を一蹴し、積年の恨みを晴らすため政の首を刎ねると宣告する。

楊端和の心を動かした信たち一同は、山の民と共に昌文君らの元へ戻ってきた。勢いにのった一行は早速王都・咸陽へと攻め込む作戦会議を始める。だが、およそ三千の政側の勢力に対して竭氏は八万の軍を集結させているという。あまりの兵力差に喚く信。だが逆に政は「悪くない」と瞳を光らせる。その頃王宮では大局に向け着々と準備が進められていた。そして自分に従う大軍勢を前にした成キョウは笑みを浮かべる。

ついに咸陽へと到着した信たちは政が発案した策により全員山の民の姿へと扮装し、いざ王宮へと向かう。策が功をなし見事に城門を潜り抜けた一行は王宮へと通じる門の前へとやってくる。緊張感が漂う中、ふと立ち止まる政。「怖気づいたのか」とからかう信に政は王宮をまっすぐに見つめ「全ての始まりはここだった」と語りだす。政と漂が出会い、そして信と政が出会った運命の始まりの場所。今ここに、決着の戦いが始まる!

信の活躍により朱亀の門を突破した一同は、その勢いのまま、門の近くまでおびき出していた竭氏に襲い掛かる。そして山の民の刃が喉元まで迫ったその時、突如として無数の矢が山の民の体を貫いた。実は此度の動きに不審を感じていた肆氏が弩行隊を率いて潜んでいたのだ。にらみ合う両者の中で、政は己の姿を敵前に現して注意を引き付け、その間に信・壁らは別働隊として本殿へと攻め入るのだった。

右龍の回廊へと突入した信たちの前に、ただならぬ威圧感を放つ人斬り長・左慈が立ちふさがる。圧倒的な強さを誇り、常に一刀で敵を仕留めるという左慈の剣は山の民すらも真っ二つに斬り捨ててしまう。そんな味方の兵すらも立ちすくむ中、しかし信は迷うことなく立ち向かう。激しく打ち合う二人は共に一歩も引かずにぶつかり合う。だが、信の剣がわずかに左慈を傷を付けると、激高した左慈が信の頭上に強烈な一撃を撃ち込む。