東京湾に突如として巨大な円盤が現れ、非常事態が宣言される。混乱の中、出版社で働く小山ノブオは宇宙船の落下に巻き込まれてしまう。ノブオは意識を失い、目を覚ますと8年が経っていた。その間に世界は荒廃し、「8・32─終わらない夏休み」と呼ばれるようになる。しかしノブオは新しい現実を受け入れず、終わってしまった日常を取り戻すため、東京の家族と再会することを決意する。

巨大な円盤が東京に現れ、3年が経った。日常は終わりを告げ、世界は破滅する─かに見えた。しかし円盤はなにもしてこないまま、以前と変わりのない生活が続いた。2人の高校生、国民的まんがキャラクター「イソベやん」を溺愛し担任教師に片思い中の小山門出と、門出とは小学生からの親友で戦争ゲームオタクの中川凰蘭は、円盤が日常にありながらも友達と他愛もない会話を日々繰り返す。そんな中、一機の小型円盤が東京に落ち、なにも起きなかった世界になにかが起き始める。

東京に小型円盤が墜落し、世間は騒然とする。しかし、そんな騒ぎをよそに門出と凰蘭たちは、友人の栗原キホに小比類巻健一という彼氏ができた話で盛り上がっていた。一方、日本政府とSES社は侵略者に対抗するための新型兵器「歩仁」の開発を進めており、試験は見事に成功。大衆はそのニュースに歓喜し、日本が新兵器とともにある新たな日常が幕を開ける。その中に、群衆に紛れる１人の謎の少年がいた。

新型兵器「歩仁」の開発が成功し、量産計画も進行する中、ジャーナリストの三浦はSES社が侵略者の技術を利用している疑いを追求する。一方、門出と凰蘭は相変わらずの日常を過ごすが、キホの彼氏である小比類巻は母艦からの「侵略者」の存在を信じ、政府の隠蔽を疑っている。キホに警戒を促すが、気持ちのすれ違いは続き、二人の関係は揺れ動く。学校や街中でそれぞれの思いが交錯する。

12月24日のクリスマスイブ、大雪が降る中クリスマスパーティーを楽しむ門出と凰蘭たちがいた。パーティーでは小比類巻と別れたキホが傷心中の思いを打ち明ける。一方渋谷の上空に中型船が出現し、自衛隊は「歩仁七式」でこれを迎撃するが、一部損壊した中型船は、井の頭公園周辺に墜落してしまう。翌朝、公園周辺の被害状況が報道され…。

小学生の門出と凰蘭は塾の夏期合宿に参加していた。合宿所でUFOを目撃した二人は浜辺で子どもたちに取り囲まれている「侵略者」を助け、自宅に連れ帰り保護することに決める。彼は『イソベやん』の内緒道具のような高度な技術を持っていた。門出は「侵略者」に人間は優しくて平和だということを知らせるために、これらを善いことのために使おうと誓う。そして、街の人々の日常を守るため「デーモンズ」が結成された。

小学生の門出は、困った人を助けるために「侵略者」の道具を使うことを決意する。夏の暑い最中、近所の開かずの踏切で足止めされている妊婦を助けようとしたところ、誤って列車の脱線事故を引き起こしてしまう。善意のつもりがかえって人を傷つけてしまったことにショックを受けた門出は、もう二度と失敗しないと決意し、夜な夜な犯罪者などの悪人を制裁するようになる。そんな中、学校でクラスメイトといがみ合いになり―

高校卒業が近づく中、出元亜衣はクラスメイトの門司谷に誘われてデートに行くことになる。二人は東京観光ツアーの中で8.31の爪痕を目の当たりにし、それぞれの暮らしを振り返る。亜衣は家庭の事情や自身の思いを門司谷に打ち明け、門司谷は亜衣に長年の想いを告白するが―　そして門出と凰蘭たちは高校の卒業式を迎える。そんな平穏な日常の一方、吉祥寺での中型船の墜落現場を調査する自衛隊は「侵略者」に遭遇する。

高校の卒業式の後、大学進学のために一人暮らしを始める門出は凰蘭とともに新居のアパートに向かう。一方石川県では、政府の侵略者政策に疑問を覚える竹本ふたばと、女装を隠しながら生活をしていた田井沼マコトが高校を卒業し上京する。東京へ向かう道中、二人を乗せた飛行機が侵略者の中型船と遭遇。これを迎撃すべく自衛隊の新型兵器「歩仁・台場」がレーザーを発射する―

自衛隊が「歩仁・台場」を用いて侵略者の小型船と中型船を消失させるが、結果的に無数の侵略者が東京に降り立つこととなる。門出と凰蘭たちは大学に入学し、竹本ふたばや田井沼マコトと出会うのだった。そして、大学のサークル活動の勧誘を受けたり、侵略者との共存を訴えるデモに参加したりと学生生活を謳歌するなかで、凰蘭は侵略者を名乗る青年と遭遇する。一方、中型船が墜落した封鎖地域では小比類巻が侵略者狩りを始めていた。

門出は昔好きだった大葉圭太というアイドルの体を侵略者が乗っ取っていることに戸惑うも、凰蘭とともにその侵略者と次第に親密になっていく。そんなある日、ふたりが通う駿米大学の構内で複数の侵略者が目撃され、自衛隊による大規模な掃討作戦が行われることとなる。複数の侵略者たちが庇い合い怯えている様子だったが、自衛隊の隊員たちに頭を撃ち抜かれ絶命する。門出やふたばら多くの学生がその瞬間を目の当たりにする。

人間による駆除から逃れるために侵略者たちは隠れて日々を送る。悪化の一途を辿る状況を打開するために、人間への蜂起を計画するのだった。一方、人間の世界では侵略者を擁護する側、徹底的に攻撃しようとする側がどちらも過激になりつつあった。駿米大で侵略者に引き金を引いた自衛官の池田ノリは、侵略者を排除するという指令に対して疑問を抱き煩悶する。そして、ふたばが所属するSHIPの活動もどんどんエスカレートしていき―