全国高校サッカー選手権の県大会決勝。高校2年生のフォワード・潔 世一は、ゴール前で味方にパスを出してしまったことによって全国大会への道を絶たれてしまう。そんな彼のもとに“ブルーロック（青い監獄）”への招待状が届く。それは、日本がW杯で優勝するため、300人の高校生世代フォワードの中から、たった1人の“世界一のストライカー”となるエゴイストを作り出す施設だった。何も分からぬまま狭い部屋に集められた潔たちは、12人から1人の脱落者を決める入寮テストへと挑む。

謎の人物・絵心甚八による、世界一のストライカーを生み出すための “ブルーロック（青い監獄）”プロジェクト。ライバル達を蹴落とし生き残ったランキング上位5名は、6ヶ月後に行われるU-20W杯のFW登録選手になれるが、脱落した者は一生日本代表になる権利を失うという。絵心が求めるストライカーのエゴイズムとはなんなのか。潔たちは“ブルーロック（青い監獄）”での戦いに生き残る決意をし、今後のサッカー人生を懸けた新たな試練・一次セレクションへと進む。

一次セレクションは、“ブルーロック（青い監獄）”伍号棟内にてV・W・X・Y・Zの5チームによる総当たりグループマッチを行い、上位2チームのみが勝ちあがれるというもの。ランキング最底辺のチームZである潔たちは、初戦チームXへと挑む。だが、“チーム内で最も点を取った1人だけは無条件で勝ちあがれる”という特殊なルールにより、試合は敵も味方も入り乱れボールを奪い合う大混乱となる。その流れを変えたのは、チームXの強力なストライカー・馬狼照英の存在だった。

チームZは、圧倒的なエゴと実力を持つ馬狼を中心としたチームXに惨敗。「自分だけの武器を持て」という絵心の言葉を受け、次の試合へ向けてそれぞれの武器を確認しあうが、潔は自分の武器を見つけられずにいた。己の武器に悩みながらも、チームX戦で感じた“ゴールの匂い”をヒントに、次なる対戦相手、チームYへと挑むのだった。

“ゴールの匂い”…その直感を信じて動く潔は、チームYの中でゲームの流れを作り上げていた二子一揮と、激しい“読み合い”を繰り広げる。フィールド全体を見渡しながら互いのエゴをぶつけ合う潔と二子の戦いは、試合終了間際ラスト1分までもつれ込む。潔とチームZは、二子の最終作戦「ワンタイム・キル・カウンター」を打ち破ることができるのか！？

チームYとの試合をきっかけに、潔はランキングを上げ、チームZの中心となっていた。そして次の対戦相手は、双子の鰐間兄弟が率いるチームW。アイコンタクトと、恐るべきコンビネーションを武器に立ちふさがる鰐間兄弟。彼らは、かつて同じチームでプレーしていた千切豹馬に対し、過去のトラウマに触れ挑発する。千切はサッカーを諦めるために“ブルーロック（青い監獄）”に参加したと言うが…。そんな中、試合は久遠 渉の活躍によってチームZがリード。好調な出だしに沸き立つ一同だが、潔はフィールドに漂う違和感を嗅ぎつけていた。

裏切りによって、武器も作戦も筒抜けな上、12人対10人という絶望的な状況に追い込まれたチームZ。そんな窮地にあっても必死に足掻き続けるチームZのアツい戦いと、自分自身を信じ続ける潔の純粋なエゴが、燻っていた千切に火をつける。3-4の劣勢の中、千切が封じ込めていた武器と、胸の奥に秘められたエゴがフィールドを駆け抜け、試合を大きく動かしていく。

なんとか一次セレクション突破の可能性を残すことができたチームZ。だが、裏切りによって1人欠けた10人だけでグループ最強のチームVとの最終決戦に挑まざるを得ず、ピンチは終わらない。引き分けでも脱落が確定し、勝利のみが突破条件という追い詰められた状況の中、潔はチームの勝利のため、そして自身でゴールを奪うため「ゴールの方程式」を手に入れようと、とある人物に会いにいく。

運命を懸けたチームV戦。試合前半、チームVトップランカー、凪 誠士郎・御影玲王・剣城斬鉄の3人の能力に圧倒される。特にサッカー歴半年にして無敗を誇る凪＆玲王ペアの圧倒的攻撃力は、潔たちチームZの心を折るには十分すぎるほどだった。勝利を諦めかけたその時、蜂楽 廻のプレーがチームZ全員の“エゴ”に火をつける。一次セレクション最終戦…極限状態の中、絵心が求めた“才能の原石共の覚醒”が始まる。

試合の中でそれぞれの武器とエゴを開花させていき、ついに同点にまで持ち込んだチームZ。完全に試合の流れを手にしたチームZだったが、その快進撃は、チームVの怪物・凪をも“覚醒”させてしまう。覚醒の連鎖の中、潔も自身の武器を使いこなす方法を見出し、戦い続ける。そしてエゴとエゴのぶつかり合いが生み出す“熱”は試合を傍観する久遠の胸にも響いて…。

久遠の自らを犠牲にしたファウルによって、チームZに最後のチャンスが生まれた。運命を懸けたラストプレーの最中、潔は、己の進化に必要な最後のピースを見つけ出す。“覚醒”と“進化”、エゴとエゴのぶつかり合う“ブルーロック（青い監獄）”一次セレクション、ついに決着！

多くの脱落者を出しながら、“ブルーロック（青い監獄）”プロジェクトは、二次セレクションへと突入する。これまでの仲間がライバルに、かつての強敵が味方へと目まぐるしく移り変わる過酷な二次セレクション。そこで潔は今までで最も強力なエゴイスト…天才・糸師 冴の弟にして、新ブルーロックランキングTOPランカーの糸師 凛と出逢う。さらなる進化を求めて、潔の戦いは新たなステージへとコマを進める。