夜の高級料亭で、アンドロイド芸者が外務大臣一行を人質に立て籠もる事件が発生。公安9課・草薙素子率いる攻殻機動隊の制圧で、無事外務大臣の救出に成功する。だが事件の背後には、軍の機密情報・一ノ瀬レポートを巡る陰謀が渦巻いていた─。

剣菱重工の最新型多脚戦車が突然暴走し始めた。演習場を後に、ある方向を目指してひた走る。テロともAIの故障とも判別できないまま出動する公安9課。やがて事件は意外な展開を見せ始める!

各地で旧式のアンドロイド・ジェリが一斉に自殺する事件が発生した。原因はウィルス感染だったが、ただ一体だけ、ウィルスから守られたジェリがある男と逃亡していた。

6年前に起きた企業テロ。"笑い男事件"を追っていた特捜部の山口は、不穏な秘密を知った直後、自動車事故で死亡した。事故の直前に山口からいわくありげな写真を渡されていたトグサは、警察内部で不正使用されている盗視覚デバイスの存在に気付く。その事件の中で、"笑い男"が再び見えない姿を現した!

インターセプター不正疑惑会見で起こった＜笑い男出現事件＞。荒巻は、警察自演の騒ぎではないかと疑念を抱く。＜笑い男＞最重要参考人・ナナオを張り込む公安9課。一方、草薙は単独で6年前の＜笑い男事件＞洗い直し、警視総監の護衛を申し出た。

警視総監暗殺予告当日の会場では、SPの一人がナナオの仕組んだ遅効性ウィルスにより発症。だがウィルスとは無関係の暴走も連発し、混乱は加速する。＜自称犯人＞たちであふれ返す警察取調室。騒動のさなか、荒巻と草薙はある場所へと向かうのだった─。

幾度もの暗殺計画を奇跡的にくぐり抜けた南米某国の国民的英雄・マルセロ。その男がたびたび極秘裏に来日しているとの情報を受け、9課の調査が始まった。やがてマルセロと暴力団組織との関係が露呈し、ついに来日の目的が明らかに─!

移植手術を受けた少女の心臓が、提供者の承諾を得ていないものであることが判明。組織的な臓器密売の可能性から、9課が捜査に乗り出した。少女と同じ年頃に全身を義体化した草薙が事件に特別な感情を抱く中、意外な実行犯の姿が浮かび上がる─!

ネットマスター・オンバの主宰する＜ラッフィングマンルーム＞では、笑い男事件をめぐってJ・D、ぐるぐる、カナビ、ベビールース、クロマらがチャットに参加し、推理を展開していた。果たして彼らは真実にたどり着けるのか─。

女性が生皮を剥がされて殺害されるという残忍な事件が連続して発生。その犯行スタイルから、バトーは過去の出来事を思い起こさずにはいられなかった。事件の背後にちらつく、ある極秘計画の影。そして事件の結末は─。

電脳閉殻症患者の授産施設から厚生労働省にハッキングが仕掛けられた。犯行の常人離れした手際のよさ、厚生労働省の不自然な反応などから、荒巻はトグサに施設の潜入捜査を命じる。そこでトグサが目にした異常な光景とは─!

天然オイルを入れられていたタチコマ1機が、突如起動。繰り出した街で犬を探す少女と出会う。タチコマは少女を手伝うことになるが…。その道中でタチコマが拾い持ち帰った＜防壁のない電脳＞が、9課に騒ぎをもたらすことになる。