賞金稼ぎのスパイクとジェットは、組織から非合法目薬"ブラッディ・アイ"を盗み出したアシモフ・ソーレンサンを追い、小惑星ティワナにやってくる。占い師のラフィング・ブルから獲物は北にいると教えられたスパイクは、アシモフの身重の恋人カテリーナと出会う。二人は火星へ逃亡しようとしていたが…。

スパイクとジェットは、ある研究機関から実験動物を盗んで逃走中のアブドゥル・ハキムに関する情報を馴染みのドクターから入手し、その後を追って火星へとやってきた。しかしその頃、研究機関の追っ手を叩きのめしたハキムは、漢方薬店でゴロツキに実験動物の入っていたスーツ・ケースを盗まれてしまう…。

ジェットの夢のお告げに従って、火星軌道上のカジノ衛星にやってきた二人のカウボーイ。そこでスパイクは、カード台でディーラーをつとめる、美しく抜け目の無さそうな女、フェイと出会った。ブラックジャックの勝負に参加するスパイク。フェイは彼を、オーナーから命ぜられた裏取引の相手と間違えゲームを進めるが…。

賞金首のモーガンを追ってガニメデまでやってきたカウボーイ。しかし、モーガンはトゥインクル率いる環境テロ・スペースウォーリアーズに殺されてしまう。二人は目標を変更してトゥインクルを捕えるが、トゥインクルの息子でもある部下たちがウィルス爆弾でガニメデ政府を脅迫し、賞金を取り消させてしまった…。

レッド・ドラゴンの幹部のマオ・イェンライ。スパイクが賞金稼ぎになる前に恩を受けた暗黒街の大物である彼に賞金がかけられた。ジェットの制止にも耳を貸さず、一人火星へ向かうスパイク。だがそれは、スパイクをはめようと仕掛けられた罠だったのだ。仕掛けたのは、因縁の男ビシャス。二人の対決の行方は…。

次なる賞金首・ジラフを追って、ブルース・バーへやってきた二人。ところがジラフは、店で見事なブルース・ハープの演奏を披露した少年・ウェンと、その車椅子の父・ゼブラを追って姿を消し、スパイクが追いついた時には彼らのホテルで撃たれた後だった。「あいつを助けてくれ…」謎の言葉が意味するものは?

龍の刺青のあるデッカーという男。それが今回の賞金首だ。それぞれ飲み屋とファミレスに分かれて待ち伏せするスパイクとフェイ。スパイクはそこで、気風がよくヘビメタ好きの女トラッカーVTと出会う。その頃フェイは、ファミレスに姿を現したデッカーを取り逃した上、レッドテイルを破壊されてしまった…。

金星への定期便で、ハイジャックを企てた賞金首を取り押さえたスパイクたち。それを見ていた若者・ロコが、スパイクに弟子入りさせて欲しいと願い出た。だがその直後、ロコは何かの包みをスパイクに預けると、何者かに追われて逃げ去ってしまう。実はロコの首にも賞金がかかっていたのだ。その罪状は…。

南米の荒野に巨大な地上絵が出現した。何者かが人工衛星をハッキングして、レーザーで描かせたもののようだ。地球で調査に乗り出したジェットとフェイは、ラディカル・エドワードという謎のハッカーが怪しいとの情報を得る。その頃、地上の廃墟の一角では、一人の子供が衛星同士のみのネットにアクセスしていた…。

賞金首を引き渡すため、ガニメデにやってきたビバップ号。昔の同僚・ドネリーから、かつての恋人のアリサが港町でバーを営んでいることを聞かされたジェットは、一人でその店を訪れる。ジェットを迎えた若い男を、自分の今の恋人・リントだと紹介するアリサ。一方、スパイクは新たな賞金首の情報を入手して…。

賞金首の情報もなく、宇宙を彷徨うビバップ号。だが、怠惰な空気の流れる船内を恐怖に陥れる影が動き出した。ジェットがなにかに噛まれ、倒れてしまったのだ。傷跡から侵入した正体不明のウィルスが原因らしい。そのうちにフェイとアインも噛まれてしまい、完全武装したスパイクは一人で謎の生物を追うが…。

カリストの上空で、ビバップ号から出て行ったフェイ。宇宙ネットでその行方を探していたエドは、「ジュリア」というコードネームがカリストから発信されているのに気付く。それを知ったスパイクは、動揺を隠せぬまま一人カリストに向かう。その頃フェイは、カリストでグレンという謎めいた男に出会って…。