地球侵略を狙う異次元人ヤプールが、コンビナートに超獣ベロクロンを送り出した。ベロクロンの攻撃により街は破壊され、北斗星司と南夕子は命を落としてしまう。だが、そのとき、ウルトラの奇跡が起きる！

宇宙より飛来した金の卵と、地中から現れた銀の卵が東京で合体した。孵化する前に退治しようとＴＡＣは攻撃を開始するが、逆にレーザーのエネルギーを吸収し、超獣カメレキングが生まれてしまった。

パトロール中の南は、空を割って出現した超獣が旅客機を襲う光景を目撃する。超獣を確認できなかったＴＡＣは単なる航空機事故と断定するが、北斗は南を信じ、単独で調査を開始する。

発見された３億年前の古代魚が、ヤプールに持ち去られた。一方、美川隊員は同窓生の人気漫画家・久里虫太郎の家に招かれるが、それはヤプールの陰謀だった。古代魚は、久里が描く絵から超獣ガランに改造され……。

Ｏ型女性ばかりが異次元アリ地獄に飲み込まれる事件が続発。すべてはギロン人と、超獣アリブンタの仕業だった。ＴＡＣは万能戦車ダックビルで出撃するが超獣の逆襲を受け、エースもギロン人に捕らえられてしまう。

月から帰還する宇宙船・新星号が大気圏突入の直前に消息を絶った。パイロットの小山は奇跡的に生還するが、超獣ブロッケンに憑依されていた。息子の敦は父親の異変に気づき、ＴＡＣに知らせようとするが。

妖星ゴランが、地球に衝突するコースで接近していた。七日後に迫る衝突を回避するためＴＡＣは迎撃ミサイル・マリヤ１号の準備を急いでいた。しかし、復讐の鬼・メトロン星人Jr.によって、マリヤ１号は破壊されてしまう。

メトロン星人Jr.と超獣ドラゴリー、さらに怪獣ムルチも妖星ゴランの影響で地中より復活した。３対１の戦いで、エースは激しく消耗してしまう。刻一刻と妖星ゴランは地球に迫る。マリヤ２号の完成は間に合うのか？

雑誌カメラマン・鮫島純子は、超獣ガマスの撮影に成功する。超獣はすぐに姿を消すが、それは策略だった。二次元の世界を行き来できるガマスは、写真のフィルムに潜伏し、大量印刷による増殖を待っていたのだ。

超獣ザイゴンが出現。この騒動に、村野ルミ子と坂田次郎が巻き込まれた。その危機を救ったのは、次郎たちに別れを告げて故郷へ帰ったはずの郷秀樹だった。再会を喜ぶ次郎だが、北斗は疑問を感じ……。

ＴＡＣの第三レーダー基地が、くの一超獣ユニタングに襲撃された。ユニタングは姿を消したが、北斗は現場付近にいた１０人の女子大生を不審に思い、調査を開始する。だが、逆にヤプールに捕まってしまい……。

超獣サボテンダーが出現。一度はエースに敗れるが、赤いサボテンの花に姿を変え、復活の時を待っていた。人を襲うサボテンの存在を知ったＴＡＣは、持ち主の三郎少年からそれを確保し宇宙空間で処分しようとするが。