日本の商社、旭日重工に勤めるしがないサラリーマン、岡島緑郎。取引先にディスクを届ける旅の途中、南シナ海で改造魚雷艇に乗った海賊まがいの3人組――ダッチ、レヴィ、ベニーに捕らわれ、訳のわからぬうちに誘拐されてしまう。彼らの狙いは、緑郎の持っていたディスク。クライアントからの依頼ついでに、彼を人質にして身代金をふんだくるつもりらしい。見知らぬ地に上陸した緑郎は、3人と共に入った酒場で、とんでもない襲撃に巻き込まれてしまう。

酒場を襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎=ロックは、事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を、傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差にラグーン号は追い詰められるが、相手は正面からの勝負を望むかのように、距離を獲ったまま攻撃してこない。それなら挑発に乗って、ヤツラを月まで吹っ飛ばしてやろう。ロックは、とても正気とは思えない作戦を口にする。

水夫をひとり欲しがっている船がある。エクストラオーダーとの一件を解決したロックは、ラグーン号のクルーとなった。交渉役として一応の仕事をこなしていたある日、ロアナプラの街に構えたオフィスでひと時の休息を楽しんでいたラグーン商会に、横領品受け取りの依頼が舞い込む。しかし、商船も軍艦もいないはずの海域で、複数の不審艇がラグーン号を囲むように近づいてきた。依頼はロシアンマフィアの元で仕事を受けるようになった彼らを逆恨みした者が仕掛けた罠だったのだ。

1945年、終戦間近のインド洋で連合軍によって撃沈された1隻のUボート。その艦内には、SS将校が持ち込んだ『ブリュンヒルデに導かれし十二名の騎士』という絵画が残されていた。ラグーン商会の今回の仕事は、その絵画を引き上げること。ラグーン号のデッキではロックがボヤいていた。ダッチの前でダイビングの経験があると口を滑らせたため、レヴィと共にUボートに潜入、回収作業をするハメになったのだ。ボヤくロックをドヤしつけ、レヴィはサルベージを開始する。

Uボートの艦内に侵入したロックとレヴィ。乗組員の遺骸が並ぶ、さながら地下墓地のような風景に、ロックは顔をしかめる。絵画を探しに入った士官居住区には、乗組員が争った後が残されていた。一方、ラグーン号は突然攻撃してきた船舶の様子をうかがっていた。彼らの目的はラグーン号同様、沈没したUボートの探索らしく、潜水ポッドを降ろし作業に入る。このままでは艦内のロックたちと鉢合わせてしまう。なす術のないダッチたちはチャンスをうかがうことに……。

不審船から潜入した一団の襲撃を受け、レヴィたちは目的の絵を奪われてしまう。彼らはナチスの遺産であるその絵を狙う、ネオナチの一団だった。相手の充実した装備に加え、依頼に提示された異常に高いギャラに不審を抱きながらも、ダッチとレヴィは絵を取り戻すべく、ネオナチの船へ襲撃を試みる。潜水艦内でのロックとのやり取りにいらだち、必要以上に荒れるレヴィ。そんな彼女をダッチが一喝する。平静を取り戻したレヴィたちは、ついに指揮官の下にたどり着く。

潜水艦での一件以来、ロックとレヴィの間は、どうにも気まずいまま。険悪な雰囲気を漂わせた車を走らせ、ふたりはダッチの使いを黙々とこなす。使い先ではいつもの調子に戻るものの、ふたりになるとまったく不機嫌なレヴィにロックは打つ手がない。最後に武器を受け取るべく訪れた教会では、ロックの機転で老獪なシスターを相手にした駆け引きに成功するも状況は変わらなかった。昼食の席で「もう謝らない」と宣言したロックに、ついにレヴィは銃を抜いてしまう。

武器の受け渡しを終えたラグーン号が受け取った荷物は、白人の少年だった。戸惑うロックに、荷物に余計な感情移入は必要ないと言うダッチ。少年のかわいげのなさにキレたレヴィに代わって見張りをすることになったロックは、激しい反発にさらされながらも、彼が南米十三家族、ラブレス家の次期当主であると確信する。収まりの悪いものを感じた一行はバラライカに事の裏側を探るよう頼む。その頃ロアナプラには、ひとりのハウスメイドが降り立っていた。

イエローフフラッグに現れたのは、誰あろうロベルタ――ラグーン号の面々の連れた少年の家、ラブレス家に仕えるハウスメイドだった。自分を囲むコロンビア・カルテルを相手に物怖じもせずに対峙したロベルタは、彼らと大銃撃戦を展開する。ロックたちはこの件から手を引くことを決意、少年をその場に置いて、銃撃戦のただなかから抜け出そうとするが、双方に見つかり否応なく巻き込まれてしまう。一方、ロベルタの正体を知ったバラライカは、遊撃隊を出動させる。

爆発するイエローフラッグから辛くも脱出したラグーン号の面々だったが、ロベルタの執拗な追撃は続く。レヴィは銃撃戦の最中に気絶してしまった上、ロックは少年を連れてきてしまう。夜のロアナプラを舞台に、派手なカーチェイスを繰り広げるロックたち。ついにロベルタに捉えられたロックたちの車は、埠頭に積まれたコンテナの山に突っ込んでしまう。それでも起き上がってくるロベルタに万事休すと思われたそのとき、目を覚ましたレヴィが彼女と対峙する。

テロリストによって事務所を爆破された香港マフィア・張から、ラグーン商会に緊急の依頼が舞い込む。内容はアメリカに対するテロ計画書の運送。この仕事には慎重を期して、それぞれに目的地が設定された5つのチームが用意されていた。依頼の最中、張の事務所に続き、ラグーン商会も容赦のない襲撃を受ける。張の協力を得て、なんとかその場を逃れたロックたちは、海路、目的地へと向かうことに。一方、テロ計画書を追う一味の中には、とある日本人の姿があった。

陽動のため、二手に分かれたラグーン号の面々。レヴィとロックは無事に逃し屋との待ち合わせ場所にたどり着くが、先回りしていたテロ計画書を追うテロリストに、ロックが捕えられてしまう。逃がし屋に偽装して彼らを待ち受けていたのは、テロリストの中にいた日本人、タケナカだった。テロリストのアジトで尋問を受けるロックに、タケナカは自分の過去を語る。一方、張の用意した逃がし屋とボディガードに合流したレヴィは、ロックを助けるためにテロリストのアジトへと向かった。