西暦1351年。高麗の王、恭愍王(コンミンワン)の一団は元からの帰国する道中、刺客に襲われ、王妃が重傷を負う。救えるのは神医のみという侍医の診断を聞き、王の側近は神医がいる天界に通じる天門を見たと話す。/近衛隊隊長チェ・ヨンは王命を受け、天門に入っていくが、そこは2012年のソウルだった。神医を探す中、美容整形外科医のウンスに出会う。

ウンスを「天の医員」と思い込み、高麗へ連れて行くヨン。わけのわからぬウンスだが、王妃の命を助ければ元の場所に帰すとヨンに言われ、渋々王妃の傷の手当をする。/手術を終えたウンスは必死で逃げ出すが、町を彷徨う中、刺客に捉えられてしまう。ウンスを探しに町に出たヨンは、王がいる宿を刺客が襲撃に向かったと知る。

ウンスの剣を受け、瀕死の状態のヨンを、ウンスは必死の思いで手術する。目が覚めたヨンは絶対安静だと止めるウンスの話も聞かず、王と王妃を連れ、高麗へと向かう。だが皇宮に着くも臣下の姿が見えず、不審に思う王。/忠臣たちが毒殺されていたことが判明し、権力者キ・チョルを怪しむ王は、ヨンに事件の解明を命じる。

王から国の医仙になってほしいと頼まれたウンスは、天門が閉じてしまったことを知る。/一方、ウンスが天から来たことを疑う者がいることを知り、彼女の身の危険を察するヨンだが、傷が癒えず体調は深刻な状態だった。そんな中、ヨンと王の会話を聞いたウンスは、ヨンが悲しい過去を背負って生きていることを知る。

参内したキ・チョルはウンスを妖魔呼ばわりする。そんなキ・チョルに脅しで返すウンス。/一方、手を尽くしたにもかかわらず、ヨンの意識は一向に戻らない。ヨンには生きる意志がないのだった。そんな中、キ・チョルは王を訪ね、王のために臣下を暗殺したと話す。そして、家にいる病人のためウンスを招きたいと言い出すが…。

ウンスを助けに行ったヨンは、キ・チョルに王命ではなく恋い慕う人を連れ戻すために来たと告げる。王とウンスの命を賭けているキ・チョルは、ウンスに江華島に幽閉されている先王・慶昌君(キョンチャングン)の病を治すよう話し、ヨンに同行を命じる。/兄弟のように親密だった慶昌君のもとに向かわせるキ・チョルの狙いを怪しむヨンだが…。

謀反を企てたように仕組まれ、追われたヨンは、慶昌君とウンスとともに山小屋に隠れる。体の痛みを訴える慶昌君を明るく元気づけるウンスを目にし、笑みがこぼれるヨン。/そんな中、江華島の郡守の遣いが現れ、ヨンは郡守の元に身を寄せることに。だが、ヨンとウンスが食事をしている間に慶昌君の部屋にはキ・チョルが訪れ…。

キ・チョルにより謀反の濡れ衣を着せられ、捕らえられるヨン。牢獄に入れられたヨンは、毒で苦しむ慶昌君を楽にさせようと刺したこと、それをウンスに責められたことを思い出し、苦しむ。/一方、ウンスはヨンを助けるため、キ・チョルと取引をすることに。そんなウンスにキ・チョルは、心をくれるならヨンを助けると話す。

大臣たちの前で高麗王としての気概を見せる王。さらに、これまでの功績を認めるとして、ヨンが率いる近衛隊に特権を与える。ヨンは王の忠臣を得るべく、まずはキ・チョルのもとにいるウンスの気持ちを確認するため彼女に会いに行く。/キ・チョルからヨンを殺すと脅されているウンスは、自分は大丈夫だとヨンに伝えるが…。

千年前の神医の手帳に自分が書いたと思われる文字と自分の名前が残されているのを見て、動揺するウンス。手帳に現代へ戻る手掛かりがあると推測するが、キ・チョルに取り上げられる。/一方、ヨンは王の忠臣になり得る在野の人材の名簿を作り上げていた。そんな中、ウンスはヨンにこれまでの礼を告げ、自力で現代に帰ると言い出す。

ヨンと王が作った名簿を奪い、そこに記された人材を殺めていくキ・チョル。取引としてウンスの名を出され、危険を感じたヨンは彼女を助けに向かう。キ・チョルの舎弟に、お前の一番大事な人を殺すと脅されたウンスは、現れたヨンを冷たく振り払う。/笑わなくなったウンスを案じるヨン。ウンスは自力で現代へ帰ろうとし…。

ウンスの手帳を手に入れるため罠をかけてキ・チョルを待つヨン。決死の覚悟でキ・チョルに立ち向かうが、そんな2人の前にウンスが現れる。命がけでヨンを守ろうとするウンスに、退くしかないキ・チョル。/そして、ヨンは死のうとしないでと泣くウンスに、二度と無駄に命は賭けないと誓う。そんなヨンにウンスは、共に戦うパートナーになろうと話す。