中学生の頃に妖精のココと出会い、“プリキュア”に変身した夢原のぞみ。仲間と共に敵と戦う中で将来の夢を見つけ――。それから時は経ち、オトナへと成長したのぞみは、いつものように幼なじみの夏木りんと会うが…。

オトナになった6人はそれぞれの道を進んでいたが、順風満帆に歩んでいるように見えてもそれぞれ、悩みも抱えているのだった……。そんな運命的な再会の後日、街に“シャドウ”と呼ばれる不気味な黒い影が現れる。

中学生の姿に戻ってプリキュアに変身しシャドウを退けたのぞみ。騒動は解決したが、シャドウの目的や、再びプリキュアになれた理由などわからないことだらけ。一方、医者のかれんには最近悩みがあり…。

実家のパン店で働く日向咲とグラフィックデザイナーになった美翔舞に遭遇し、再会を喜び賑やかな夜を過ごすのぞみたちだったが、思い悩む舞の話を聞けなかった咲は、後日、舞にパンの移動販売を手伝ってもらうことに。

くるみからシャドウについての知らせを受け取ったパルミエ王国のココとナッツ。さらにキュアローズガーデンにまた不吉な花「タイムフラワー」が咲いたことを知ったナッツは、のぞみたちの街へと向かうことにする。

ジュエリーデザイナーのりんは最近社内コンペで結果を出せずにいた。ある日、大事なプレゼンの日に寝坊してしまったりんは、会社へ向かう途中に犬型のシャドウを目撃するが、迷いながらも会社に行くことを選択する。

著名な演出家・滝川毱子の舞台への出演を控えるうららは、毱子の求めるものに応えられず、稽古を一週間休むように言い渡されてしまう。降板の文字が頭をよぎり落ち込んでいると、彼女の元にシロップがやって来て―。

シャドウの発生場所がこの街とその周辺にしか現れていないことを突き止めたこまちは、シャドウ事件は今に始まったことではないかも―と仮説を立て、のぞみやココと街の歴史に詳しい人物の元へ話を聞きにいくことに。

ダークナイトライトの動画以来、大盛況のPANPAKAパン。店を手伝う咲の働きぶりに、両親は店を任せようと考えていた。咲の婚約者も彼女が実家の店を継ぐことを応援するが、舞だけは咲の様子の違いに気づいていた……。

突然気を失い、倒れてしまったのぞみ。原因はおそらくプリキュアに変身したこと。このまま変身し続けるとのぞみたちの命にかかわる――ナッツからそう聞いたココは、のぞみにこれ以上変身しないよう忠告する。

遠くない未来、人間のせいでこの街は廃墟になる…ベルが語る未来は衝撃的なものだった。そのことを知っていたからこそ、ベルは街を救うため、シャドウを生み出すことで人間たちの行動を止めようとしていたという―。

キュアドリームたちの前に現れたのは、キュアブラックとキュアホワイト、そしてシャイニールミナスだった。11人は力を合わせて巨大シャドウに立ち向かっていく。