浮気した夫と電話で口論していた女性が家に戻ると、玄関のドアのガラスが割れ、床には血痕が…。娘エマの身を案じて2階に上がった女性は遺体を発見、犯人と思われる男ともみ合いになる。現場に向かったGBIの特別捜査官ウィル・トレントは、アトランタ市警の冷たい視線にも動じず、独自の視点で捜査を進める。そして、自宅に戻った父親が遺体を確認したところ…。

助けを求めてウィルの家にやって来たエマの父親ポール。ウィル、アンジー、ポールは同じ施設で幼少期を過ごした間柄だった。娘の行方を聞き出そうと、教師エヴァンの家を訪れたポールは、誤って彼を撃ってしまったという。現場でドアノブに付着した血痕を見つけたウィルは、撃たれた後のエヴァンの行動を不審に思う。そんな中、身代金を要求する電話が掛かってくる。

オークミード市長が、肩と頭を撃たれた後、湖に浮かぶボートごと燃やされ遺体で発見される。ウィルとフェイスが市長の妻から話を聞くと、1週間ほど前、玄関先に置かれていたオレンジのミニカーを見たランディがひどく動揺していたという。さらに、数日前に死亡した地元の猟師も同じミニカーを持っていた。そして30年前、オレンジのワゴン車内で一家殺害事件があったことが分かり…。

暴行を受けていたと見られる男が、道路に飛び出し、車にはねられた。GBIと市警による合同捜査が開始され、ウィルやアンジーたちが現場の森を調査したところ、もう一人の遺体が見つかる。2人は猛毒を盛られており、視力を失い、腕には複数の火傷の跡が残っていた。同一人物による犯行と見られたが、森には監禁できるような建物はなかった。

アメフトの元花形選手が強盗に襲われ、それを阻止しようとした彼の妻が撃たれた。フェイスの息子ジェレミーが現場に居合わせたことがきっかけでウィルたちが捜査することに。一晩で解決すると豪語したウィルだったが、単純な事件ではなかった。一方、アンジーとオームウッドは地元の不動産業者の殺人事件を捜査する。

ジェレミーの父親チャールズが、フェイスに助けを求めに来る。何者かに尾行されていると言うのだが、犯人が彼の家の窓から見える家主の家を監視していたことが判明。ウィルたちが、その家に向かうと2人の遺体があり、そのうちの一人サリー・ウォレスは、システム管理会社に勤めていた。一方、人身売買組織を追い詰めたいアンジーは、重要な証人ケイティに、ジェイドという少女を助けると約束する。

ネオナチ組織である南部連合戦線がメンバーを増員しているという情報を掴んだGBI。さらに、100万ドル相当の銃がアトキンス社のコンテナ集積場から消えており、2つの事柄が関連しているのではないかと疑う。アトキンス社に向かったウィルは、コンテナの番号が変えられていることに気づく。さらに、古いコンテナ置き場から遺体が発見され…。

アリソンという女子大学生の遺体が、大学構内の池から発見された。彼女の靴、身分証、そして「終わりにしたい」と書かれた遺書と思われるメモが残されていたことから、自殺と考えられたが、ウィルは遺体の首の傷を見つける。一方、アンジーとオームウッドは、マジシャンが殺害された事件を捜査する。

警官を殺害した容疑で逮捕されたサム・ラポートという男が、裁判所で警備員の拳銃を奪い、フェイスを人質に取って逃亡した。自分は無実だと訴えるサムは、事件当日のアリバイを証言できるという男の家に向かうが…。捜査を進めるウィルはオームウッドと共に、殺された警官の妻から話を聞くことに。

トレーラーパークで殺人事件が発生。現場を捜査したウィルは、小屋の中に隠れていた幼い少年を見つける。少年の一時的な里親が見つかるが、ウィルは自身の経験から、しばらくの間自宅で面倒をみることに。そんな中、フェイスの元に娘を心配した母親イヴリンがやって来る。元警察官のイヴリンは、フェイスたちの捜査に口出しし…。一方、アンジーはある人物との再会によって悪循環に陥ってしまう。

DEA（麻薬取締局）からの要請で、麻薬組織のボスCKの正体を探るため、仮釈放中のビル・ブラックという男として潜入捜査を開始したウィル。組織のダンテと行動を共にし、CKまであと一歩というところまで近づくが…。一方、アンジーは彼女に助けを求めてきた少女のためにある行動に出る。

1986年、巡回中に目と口を縫われた女性の死体を発見したアマンダとイヴリン。そして現在、同じように口を縫われた女性の死体が見つかる。2週間前にも同じ手口と思われる絞殺体が見つかっており、連続殺人事件の可能性があったため、オームウッドと組んでウィルとフェイスも捜査に加わることに。そして、被害者の共通点を突き止めるが…。一方、アマンダはイヴリンに協力してもらい、独自に調べを進める。