19世紀末、壁によって西側の共和国と東側の王国に分断されたロンドン。 /王国へ送り込まれた共和国のスパイ・アンジェは、女子高校生を隠れ蓑にスパイ活動を続けていた。/ある日、研究者の青年・エリックを共和国へ亡命させる任務を受ける。

まだプリンセスがアンジェ達の仲間になる前の話。/アンジェは共和国のスパイ組織・コントロールから、「王国のプリンセスと入れ替わる」任務を与えられる。プリンセスの通う名門校“クイーンズ・メイフェア校”へ編入し、どうにか近づこうと試みるが、新たな事件が発生する…。

敵側である共和国のスパイと手を組んだプリンセス。/だが、プリンセスの侍女・ベアトリスは、プリンセスと瓜二つであるアンジェに対してある疑念を抱き、警戒心を強くしていた。

王国がついにケイバーライト制御装置の小型化に成功した。/この小型化が普及すれば王国側が世界大戦を起こす可能性もある。/事態を重く見た共和国のコントロールは、ドロシーにその試作品の奪取を命じる。/その際、ドロシーはLから、プリンセスの動向を見張るよう極秘任務を言い渡される。/プリンセスの立場を利用し、無事、研究施設に潜入したアンジェ達だったが、ケイバーライトの研究室はすでにもぬけの殻となっていた。

日本からの外交特使・堀河公とその使節団が条約改正を求めて王国へ訪れた。/その一団を出迎えることになったプリンセスだが、裏では藤堂十兵衛という人物による堀河公暗殺の噂が流れていた。/コントロールはプリンセスを守るためアンジェ達に同行するよう指令を下す。/かくして王室専用列車によるロンドンへの旅路が始まるが、その途中とある少女が忍び込む。/いち早く侵入者の存在に気付いたアンジェは、その少女……ちせと対峙する。

ある日、コントロールから別の任務を言い渡されるドロシー。/それは、死亡した連絡員の身体に埋め込まれた、王国外務省の暗号表を奪取するというものであった。/ロンドン中の死体が集まるモルグへ潜入したドロシーは、既に死体探しを始めていたノルマンディー公の協力者と接触するが、/なんとそこにいたのはドロシーの生き別れた父親・ダニーであった。

神経ガスを使い共和国寄りの要人ばかりを狙う神出鬼没の怪人/“毒ガスジャック”。/コントロールより課せられた任務は、その犯人の特定と捕獲であった。/正体が軍人であると睨んだアンジェ達は、衣服に付着した神経ガスから犯人を特定するため、洗濯工場に潜入する。/しかし工場で働くのは、貧困層の少女たちばかり。潜入捜査を続けるうちに、その洗濯工場が倒産寸前であることを知ったアンジェたちはめ、とある作戦を決行する。

共和国への亡命を希望しているオライリー卿。彼が秘密裏に接触する人物を特定するよう指令を受けたアンジェ達は、ターゲットが現れるまでオライリー卿が借りている部屋を監視することになった。/公園で見張りをすることになったアンジェだったが、スリを失敗しては相手からひどい仕打ちを受ける少女・ジュリと出会う。/数日の任務期間中にジュリと親しくなったアンジェは、クロトカゲ星の王女とスリの話を語りきかせるのだった――。

ちせがクイーンズ・メイフェア校に転入してから半月。/食事や学業、芸術の分野にいたるまで、西洋文化に慣れないちせは、校内でも目立ってしまい、アンジェに咎められることも少なくない。/そんなある日、ちせはクイーンズ・メイフェア校に通うある貴族の子弟と諍(いさか)いになり・・・。

かつて、ファームと呼ばれるスパイ養成所でアンジェとドロシーの同期生だった“委員長”。/今回、アンジェ・ドロシー・ベアトリスの3人に与えられた任務は、/彼女と共に海軍卿の居城から機密文書を奪取するというものであった。/任務は無事に終了したかに見えたが、アンジェとドロシーにはもう一つの指令が与えられていた…。

新たにコントロールに着任した男、ジェネラル。/彼から告げられた新たな任務は「プリンセスの暗殺」だった。/急ぎプリンセスの元へ駆け付けたアンジェだったが、すでにゼルダという工作員がプリンセスの護衛という名で監視についていた。/さらにドロシーとちせまでもがアンジェの前から姿を消してしまう―。

革命軍が歩みを進める先は戦勝祈願式が行われる新王立寺院であった。/移民、貧困、格差……それらを愁える革命軍の狙いは、式典中の女王暗殺。/その事実を知ったプリンセスは革命を止めようとするが、それを察したゼルダに銃口を向けられる。/一方、アンジェはプリンセスの真意を確認するため、飛行船から脱出するが…。