バルメとの戦いの後、行き場をなくしていたカレンと出会い、自分のもとに引き入れた天田南。秘書として振り回されることになるカレンだが、ある日、南からソロモン諸島へ旅行へ行こうと言われる。向かった先に待っていたのはココたちHCLIの面々。ライバル各社やCIAまで注目する中で、ロケットの発射が行われようとしていた…。

ボスニア・ヘルツェゴビナを訪れたココ部隊。かつてこの地の紛争に従軍していたアールはCIAのブックマンと出会った時のことを思い出す。一方、ブックマンは自らの計画に刃向おうとする部下ヘックスに邪魔をしないよう警告するが、彼女は聞き入れることもなく、ココの命、そしてココが大切にしているであろうヨナの命を奪おうと画策を始める。

優秀なヘックスを自分の手元に残しておくためには、ヨナを見殺しにすることもやむを得ないと語るブックマン。ヘックスの独断による作戦が実行に移され、命の危険が迫るココとヨナを守ろうと動き出すアールだったが、そのためには自らの正体を明かさなければならない。救出のためにココたちのもとに到着したアールだったが…。

ジャカルタでの商談が空振りに終わってしまったキャスパー。一同はここ最近、東南アジアの兵器展開に影を落とす「日本の商社」の存在を気にかけ始める。心当たりのあるキャスパーは現在日本に向かっているココと共同で、ある作戦を行うという。キャスパーとの合流のため日本に到着したココたちだが、ヨナはキャスパーとの過去を思い出し、ためらいを感じていた。

一連の兵器業界の背後に暗躍する「日本の商社」とは、かつてトージョが所属していた秘密部隊のことであった。かつての古巣、【SR班】を敵に回すことになったトージョは、元上司である日野木と対峙する決意を固める。一方、日野木はココたちを敵と認識し、徹底的に抗戦する構えを見せる。

日野木から“話し合い”のため東京湾アクアライン、海ほたるサービスエリアに呼び出されたココたち。警戒をしつつ現地へ赴くも、亡霊のごとく姿を見せない日野木の罠に分断され、ヨナが1人取り残されてしまう。トージョはココたちを脱出させ、自身は単身ヨナの元に救出に向かうが…。

イラクを訪れ、過去の思い出話として湾岸戦争従軍時にレームと出会い、共に特殊作戦に従事していたことを語るワイリ。今回はビジネスではなくHCLIの慈善事業で資材を運ぶ予定であったが、同行するPMC（民間軍事会社）の暴走により一般人に被害が出てしまう。ココが彼らを解任したことにより、危険なイラクで少人数での物資輸送を行うことになる。

天田南博士の勤めるメルヒェン社第二製作所の落成を祝うココ。“オモチャメーカーの工場”にこだわるココの行動を不審に思うスケアクロウとブックマン。南にカレンと一緒に散歩に連れ出されたヨナは、彼女に対して「ココと一緒に何を始めようとしているのか？」と問いただす。

物理学博士で量子光学の権威、エレナ・バブーリン博士がココ部隊によって誘拐される。直後ココは大阪をはじめとして世界中を飛び回り始める。世界がココの動きに注目する一方、スケアクロウはココがメルヒェン社の第二製作所に秘密裏に多額の資金を投入していることを突き止める。

キューバ・グアンタナモ米軍基地にて、またしても要人誘拐作戦を企てるココ。作戦に気づいたNSAのプレイムが米海軍シールズの中の極秘部隊【ナイト・ナイン】を派兵する。かつてない最強の部隊を相手に、ルツとヨナは地雷原の真っ只中に取り残されてしまう。窮地に追い込まれつつある部隊を救うためにココは南にある命令をする…。

ココが今までに打ち上げてきた衛星、南と進めてきた“ヨルムンガンド計画”、実行によって生じる犠牲、すべてを知ったヨナはココに銃を向ける。ココは間違っていると説くヨナと、世界は新しくならざるを得ないと返すココ。言い返す言葉を持たないヨナはココから逃げ出してしまう。行くあてもないヨナに手を差し伸べたのは…。

ココとヨナが分かれて以降、世界はさらに混乱を極めていた。ヨルムンガンド計画は発動されないまま月日は流れ、ヨナは自分を拾ってくれたキャスパーの部隊から離れることを告げる。ココにもキャスパーにも属さない立場に立ち、手にしていた銃を投げ捨てた時、武器を憎む元少年兵ヨナが見る世界とは。