元自衛隊員・稲見朗（小栗旬）と、元公安の捜査員・田丸三郎（西島秀俊）が所属する公安機動捜査隊特捜班は、警察庁警備局長・鍛治大輝（長塚京三）直轄の秘密部隊。各分野のスペシャリストが集結し、国家に危機をもたらす事件を秘密裏に捜査し解決を図る。/ある日、首に爆弾を巻かれた宇田川圭介（白洲迅）が広場に現れ、辺りは騒然となる。外務大臣の息子である圭介は、これまで数々の罪を犯してきたが親の権力によって逮捕を免れてきた。犯人は外務大臣にニュース番組での公開謝罪を要求。/現場に急行した稲見や田丸ら特殊班のメンバーは、圭介に反感を抱きつつも、実行犯の逮捕に向けて動き出す。

田丸（西島秀俊）はフリージャーナリストの男から、「国家に関することで話がある」と連絡を受け会う約束をする。しかし、待ち合わせ場所に現れた男は田丸の目の前で絶命した。/特捜班は、男があらかじめ田丸に送った1枚の写真と、死ぬ間際に口にした言葉を手掛かりに捜査に乗り出す。写真にはごく普通の一軒家が写っていた。吉永（田中哲司）は田丸と稲見（小栗旬）に殺された男の自宅を捜索するよう指示。稲見に見張りを任せて一人部屋へ入った田丸は、侵入者と鉢合わせする。/何者かがジャーナリストの死因を隠ぺいしようとしていることから、特捜班は今回の一件に政府が関与しているとにらむ。

贈収賄事件に関与した疑惑の議員が、顔を隠した3人組の男らに襲われ報道陣の目の前で射殺された。直後に犯行声明を出した“平成維新軍”は、この先も権力を利用して私腹を肥やす者たちを排除すると宣言。特捜班は犯人を逮捕してテロを未然に防ぐよう命じられる。/拳銃をたどっていた稲見（小栗旬）と田丸（西島秀俊）は、銃器マニアの暴力団組長が同じ型の拳銃を買い集めていたとの情報を得る。/裏取り捜査を進めると、使われた拳銃は組長が所持していたもので、組長の息子・譲（大和孔太）に盗まれていたことがわかる。やがて譲の潜伏先を突き止めた特捜班は現場へと向かう。

特捜班は、大学で航空宇宙工学を専攻する有馬丈博教授（小市慢太郎）の身辺警護を命じられる。有馬はすぐにでも命を狙われるような危機的状況にあり、一週間後に出国するという。/同じ頃、大学の構内には護衛のついた有馬を険しい表情で見つめる石黒（近藤公園）の姿があった。/翌朝、有馬とともに大学へ到着した稲見（小栗旬）は、研究室付近で何やら不穏な空気を感じる。すると、樫井（野間口徹）が爆弾が仕掛けられていると察知。注意を促すが、有馬は部屋のドアを開けてしまう。その瞬間、激しい爆音とともに研究室は破壊されてしまう。/現場近くのエレベーターホールでは、拳銃を手に待ち構える石黒の姿が…。

暴行罪を装って留置場に潜入した稲見（小栗旬）は、暴力団員の沢田（杉本哲太）に接近し興味を引くことに成功。稲見は沢田が所属する仁愛興業への潜入捜査を任されていた。/しかし、沢田に気に入られ仁愛興業の幹部らとも顔を合わせた稲見は、彼らがそんな狡猾な連中とはどうしても思えない。さらに、人をだますことに罪悪感を抱くようになってしまう。/仁愛興業の一員として認められた稲見は薬物の取引で会長の護衛として同行することになるが、取引の報告を受けた警察上層部は直前で摘発を見送るという。危険な取引に身を置く稲見を案じて、田丸（西島秀俊）ら特捜班のメンバーは取引現場へと向かうが…。

11年前に無差別爆弾テロを起こし、容疑者として指名手配されていた里見修一（山口馬木也）が都内のコンビニに突如姿を現す。警察は里見が再びテロを計画しているのではないかと危惧する。/その頃、とある地下鉄の駅構内には、当時テロを計画したカルト教団の信者・羽田（山口翔悟）の姿が。/特捜班の大山（新木優子）が里見の居場所を突き止めた。稲見（小栗旬）と田丸（西島秀俊）は早速現場へ急行し里見らを追跡。しかし、それを察知した里見らは巨大なホームセンターへと逃げ込む。追いかける稲見と田丸の前に羽田らが立ちはだかり、激しい攻防戦を繰り広げる。その隙に里見は形跡一つ残さず姿を消してしまう。

テロリスト集団・平成維新軍が犯行予告を出した。しかし、標的が不明なうえ、手がかりもゼロとあって、稲見（小栗旬）や田丸（西島秀俊）ら特捜班メンバーもテロを未然に防ぐ手立てが思い浮かばない。/そんななか、ハッカーだった頃に平成維新軍の前身と思われる組織に所属していた大山（新木優子）は、犯行予告に記された一節が、以前、自分が仲間の一人に教えた言葉だと指摘。大山が調べた情報によって、特捜班は坂本（今井悠貴）を拘束。一見ごく普通の高校生に見える坂本は、吉永（田中哲司）の取り調べに表情一つ変えず無言を貫くが、大山がかつての相棒だと分かると徐々に口を開き始める。

公安の協力者として新興宗教団体“神の光教団”に潜入している林智史（眞島秀和）から、妻の千種（石田ゆり子）を介して連絡を受けた田丸（西島秀俊）。極秘裏に林と会った田丸はある取引を持ちかけられ、動揺する。/林の情報によると、テロの決行は2日後で、標的は文部科学大臣。青沼（飯田基祐）からテロ情報の報告を聞いた鍛治（長塚京三）は、特捜班に警備を一任することを決める。/テロ決行当日、稲見（小栗旬）はいつもとどこか違う田丸の様子が気に掛かる。その頃、大臣が登壇予定のイベント会場には、“神の光教団”の元信者が身を潜めていた。そして大臣が到着すると、大臣に急接近し…。

教会で謎の男に声をかけられた田丸（西島秀俊）。林（眞島秀和）の一件で国家への信頼が薄れかけていた田丸は、心を揺さぶられる。/一方、稲見（小栗旬）は自衛隊時代に仲の良かった結城雅（金子ノブアキ）が突然姿を消し、捜査対象になっていると聞かされる。/その日の夜、結城が稲見の前に姿を現す。久々の再会を喜び互いの近況を話し合う2人だったが、結城のある言葉に、稲見は何らかの理由でテロを計画していると察知。翌日、特捜班は正式に結城逮捕の任務を与えられる。/一方、内閣総理大臣の岸部正臣（竜雷太）は、アメリカに留学している息子の大介が帰国したがっていると聞き、渋い表情を浮かべていた。

結城（金子ノブアキ）の居場所を突き止め、現地へ向かった稲見（小栗旬）は自らの命と引き換えに結城を制止しようとするが、間一髪のところで田丸（西島秀俊）に助けられる。/特捜班のオフィスでは、大山（新木優子）が入手した結城のパソコン内のデータから、あるものを見つけていた。テロの動機解明につながるかもしれない…そう思った矢先、結城が総理大臣を狙撃したとの情報が飛び込んでくる。早速、稲見は田丸と現場へ急行。2人は現場の違和感から結城の真の狙いに気付く。/はたして、結城のテロ計画の裏に隠された真実とは！？規格外な敵を前に、稲見はどう立ち向かうのか。そして激しい闘いの末、最後に特捜班を待ち受けているものとは…。