平和な海沿いの町ブロードチャーチのビーチで少年ダニー・ラティマーが、遺体で発見される。新しく赴任してきたアレック・ハーディ警部補と地元出身のエリー・ミラー巡査部長が事件を担当することに。検視の結果、ダニーは転落事故に見せかけて殺されたことが判明。アレックとエリーは、マスコミに対し詳細を伏せながら捜査を進める。しかし被害者がダニーだと勘づいた地元紙の記者オリーは、ある行動に出る。

アレックとエリーはダニーのバイト先の新聞店オーナー、ジャック・マーシャルに聞き込みを行うが、彼の目撃証言にはある矛盾が。アレックは遺体発見現場から2キロほどの崖の上に小屋を発見。駐車場の監視カメラに気付き、その映像を入手させる。そんな中、鑑識がダニーの部屋から現金500ポンド、ダニーの姉クロエの部屋からコカインの包みを発見。一方、警察署にダニーから”メッセージ”を受け取ったと主張する男が現れ…。

崖の上にある小屋からマークの指紋が見つかり、マークは警察であらためて聴取を受ける。ダニーが殺された夜はナイジェと一緒で、小屋には水道管修理に行ったと供述するが、マークのボートからは血痕が見つかり、スーザンら他の住民の供述とも矛盾が生じている。そんな中、スティーヴはベスに近づきダニーに関してあることを伝える。カレンは取材を始めるが、かたくなな態度をとるジャックが気になり始める。

海上でボートが燃えていると警察に通報が入る。調べたところ、中からダニーのものと思われる毛髪が見つかり、アレックはこれが決定的な証拠になりうると歓喜する。一方、オリーはカレンの提案でジャックの過去について調べ、ある事実を突き止める。カレンは、事件に関心を集めるためベスたち遺族にメディアへの顔出しを説得する。マギーは、捜査状況が説明された住民集会で質問したスーザンに疑いの目を向け、接触を試みるが……。

事件から1週間後、アレックたちは再現検証を行なう。その後、エリーが帰宅すると、姉のルーシーが待っており、あることを目撃したと言う。カレンはジャックの過去に関する記事をオリーに書かせて本社に送るが、翌朝ヘラルドの一面には、ジャックが犯人であるかのように煽った記事が掲載される。ジャックの店にはマスコミが詰めかけ、住民からの攻撃も激しさを増す。オリーは、父親が所有していたボートが盗まれたのを発見する。

捜査が行き詰まる中、教会でジャックの葬儀が行なわれた後、住民たちはトレーダーズ・ホテルに集まる。そこでポールがトムと親しそうに話すのを見たアレックは、ポールの調査を始める。スーザンを疑うマギーは昔のコネを使ってスーザンに関する過去の記事を探し、驚くべき事実を突き止める。一方、ベスは今後の生活の参考にするべく、アレックが過去に担当したサンドブルック殺人事件の遺族と接触する。

小屋から逃げる何者かを追跡中に倒れたアレックは病院に搬送され、不整脈で深刻な病状だということをエリーに知られてしまう。スーザンの聴取を続けるエリーは、あることを聞き出す。それは、ナイジェがダニーの遺体をビーチまでボートで運んできたのを見たというものだった。アレックらは早速ナイジェを署に連行し、聴取を始める。また、小屋の目撃情報を知らせた通報はダニーの携帯からだと発覚し……。

犯人の糸口を見つけたアレック。トムを警察署に呼び出し、壊れたパソコンを見せると、その中にはトムがダニーに送った脅迫メールのデータが残っていた。その後、アレックはビーチにエリーを呼び出すが、話の最中に、ダニーのスマートフォンが追跡可能になったと知らせが入る。エリーと別れ、アレックはシグナルの発信元にたどり着くが、そこで待っていたのは……。