都心を襲う巨大な竜巻! その前後に翼を持つ怪物を見たという目撃情報が相次ぐ。この怪物の調査に乗り出した民間グループ・SSPのナオミ、ジェッタ、シンは竜巻に巻き込まれてしまうが、その時、追い求めた怪物・マガバッサーと、これと戦う巨人の姿を目にする!/危険な調査を続行するSSPが絶体絶命のピンチに陥った時、謎の青年・クレナイ ガイが現れる!彼こそが、新ウルトラヒーロー・ウルトラマンオーブだ!

ビルが沈んで消えるという怪現象が発生! そして、地底に潜む何者かに力を送る謎の男・ジャグラー…。/連のビル沈下事件はいにしえの封印を解くためのものだったことを、SSPのシンが探り当てたその時、土ノ魔王獣マガグランドキングが目覚めてしまう! /ガイはウルトラマンオーブに変身して立ち向かうものの、マガグランドキングの強さの前に、大苦戦する!

水が異臭を放つ怪異が続発する。その原因は、目覚めてしまった水ノ魔王獣マガジャッパだ! /怪獣出現を知って現場に駆け付けたSSPのナオミとシンは、ジェッタの「自分たちが怪獣を現場レポートすることで何か人々の役に立つはずだ」という言葉に奮起。それを聞いたガイも彼らの心意気に応え、魔王獣に戦いを挑む!/魔王獣の放つ強烈な異臭に苦戦するオーブが、ついに、新たなる姿・バーンマイトへのフュージョンアップを見せる!

突如、空に巨大な火の玉が現れ、熱波が街を襲う!! ガイはオーブに変身して、この火の玉を宇宙まで運び去ろうとするが、恐るべき熱に体力を奪われるオーブは、ついに、力尽きて地上へ落下してしまう!SSPのナオミは、深手を負ったガイを救い出し懸命に看病する。/ビートル隊の攻撃もまるで歯が立たないこの熱波の根源は、火ノ魔王獣マガパンドン!ナオミの言葉からヒントを得たガイは、傷を負いながらも魔王獣に立ち向かう!

「私、宇宙人を追いかけています!」　　/そんな通報を受けて、ナオミはある少女と合流する。しかし、少女の正体はゼットン星人マドックだった!　マドックはナオミを人質に取り、ガイ=ウルトラマンオーブをおびき出そうとする。/ナオミの危機を知り、颯爽と駆けつけるガイの前にハイパーゼットンデスサイスが現れる!　ガイは新たな姿・ウルトラマンオーブ ハリケーンスラッシュにフュージョンアップして立ち向かう!

中に入ったら二度と出てこられなくなるという噂の＜入らずの森＞。この森の上空にUFOが現れたという情報を得て調査にやってくるSSP。探索を続けるメンバーの前に、恐るべきナックル星人の姿が!　逃げても逃げても目の前に現れるナックル星人。ついに万事休す!と思われたその時、ナオミたちを手招きする女性の幽霊が現れ…。/ピンチ連続のナオミたちは、森の秘密を暴いて、脱出することが出来るのか!?

不吉な予知夢ばかりを見てしまう少女、ハルカ。そんな自らの能力を彼女は嫌っていた。たとえ予知しても、彼女には悲劇的な未来を変えることができないからだ。そんなハルカの心の悩みを察したガイは、それでもなお、彼女が見たという怪獣の夢について詳しく教えてほしいと頼み込む。/「過去は変えられなくても、未来は変えられる」　その言葉を残し、ハルカの夢の通りに出現した怪獣ホーに立ち向かっていくガイだったが…!

「街に半魚人出現!?」との情報を得て、街の魚屋に突撃取材しようとするSSP。現場調査のために来ていたシブカワとナオミが互いの方針の違いから言い争う横を通り過ぎていく怪しい影…。それは、人間社会に人知れず迷い込んだ海底原人ラゴンと、それを匿っている魚屋の源さんであった!彼らを尾行し、隠れ場所に乗り込むSSPの面々。そこで彼女たちは体調を崩し苦しげに鳴いているラゴンの子供を見つける…。

ウルトラマンオーブの強さは、人間と結んだ深い絆にあると睨んだ惑星侵略連合は、ババルウ星人をニセモノのオーブに変身させ、その信頼の絆を破壊するように命じる。ところが、そのニセオーブは偶然にも子供を助けることとなる。/オーブの正体を突き止めようとしたジェッタは、ババルウ星人の人間態・馬場竜次と遭遇。「あなたこそ正義の味方ですね!」と煽られ、困惑する竜次だが自分のことを信頼する子供たちと触れ合ううちに、不思議な感慨に揺れていく…。

遂に、惑星侵略連合からジャグラーにウルトラマンオーブ抹殺命令が出た!/ガイを挑発し、決着をつけようとするジャグラー。ガイもまた彼の挑戦を受けて立つ。彼の放った強敵・ブラックキングに苦戦するオーブ。その力が尽きようとし、ジャグラーが勝利を予感したその時、一発の銃弾が放たれた!/全ては惑星侵略連合のボス、メフィラス星人ノストラのオーブとジャグラーを同時に始末しようという計略であった…!

「ガイさん、私の恋人になって!」　上京してきた母・圭子をやり過ごすため、ガイはナオミの頼みで恋人役を演じる羽目に。/その宴席にジャグラーが、そしてタマユラ姫までもが姿を現し、大きな禍いが近づいていると警告する。/その警告を調べたナオミたちは、＜入らずの森＞にその昔タマユラ姫と光の勇者が封じた魔物が眠っていることを突き止める。そして、ジャグラーによってその封印が解かれ大魔王獣マガオロチが暴れ出す!　これに挑むウルトラマンオーブだが…!?

大魔王獣マガオロチの猛攻の前に、オーブは敗れる…。/休眠状態に入ったマガオロチだが、活動再開は間近だ。/ナオミたちの努力で力を取り戻したタマユラ姫がガイの前に姿を現し、2枚のウルトラフュージョンカードを託す。/今はこのカードにしか希望がない。制御の難しいウルトラマンベリアルのカードを苦しみ抜いた末にリードし、他を圧倒する強大なパワーを誇るウルトラマンオーブ サンダーブレスターへとフュージョンアップする!