おとぎ話の世界。白雪姫は王子のキスで目覚め、2人はめでたく結婚。ところがそこへ悪い女王が乗り込んできて「お前たち全員の幸せを壊してやる」と宣言。やがて妊娠した白雪姫は不安を感じ、闇の魔力で未来を読むことができるある男のもとを訪ねる。一方、現代。28歳の誕生日を迎えたエマのもとに、10年前に養子に出した息子ヘンリーが突然訪ねてくる。彼の住む町にはおとぎ話の登場人物たちが閉じ込められていると言う。

エマは、ストーリーブルックの町に留まることにする。エマが町の呪いを解ける唯一の人物である「白雪姫の娘」だと信じるヘンリーは大喜び。しかし、それまで止まっていた町の時計が動き出したのを見た町長のレジーナは危機感を募らせ、エマを追い出そうと画策する。一方、おとぎの世界。白雪姫の結婚式で「全員の幸せを奪う」と宣言した悪い女王は、「闇の呪い」を手に入れる。しかし、呪いを完成させるには、代償が必要だった。

ヘンリーは病院でこん睡状態の男性を見つけ、彼こそが「王子」だとエマに話す。そして、メアリー・マーガレットが「おとぎ話の本」を男性に読み聞かせれば、きっと目を覚まして記憶を取り戻すと教える。一方、おとぎの世界。王子と白雪姫の初めての出会いは森の中だった。王子は婚約者の姫アビゲイルを連れて馬車で城に戻る途中、突然現れた泥棒に宝石の袋を盗まれる。その泥棒の正体はなんと白雪姫だった!

エマは出産間近の19歳のメイド、アシュリーと出会う。周囲から子どもを育てるのは無理だと言われ、弱気になっているアシュリーを、エマは「がんばるか諦めるか決めるのは自分」と励ます。その夜、アシュリーはゴールドの店に押し入り、あるものを盗んで逃げた。一方、おとぎの世界。みじめな人生を変えたいシンデレラは、ルンペルシュティルツキンと契約を交わし、魔法の力を借りて王子の舞踏会へ。しかし、その対価は…。

エマが保安官代理になったとたん事件が発生。古い鉱山のトンネルが崩れ、地面に穴が空いた。町長レジーナは危険なトンネルを埋めると宣言し、現場の封鎖を命じる。ヘンリーは、地下に「おとぎの世界」の証拠があるはずだとエマとアーチーに話す。一方、おとぎの世界。青年ジミニーは旅回りの人形師の両親に、幼いころから窃盗を強いられていた。その生活から抜け出したいジミニーは、ルンペルシュティルツキンに魔法の薬をもらう。

デヴィッドは記憶が戻らぬまま退院。妻キャスリンも知人たちのことも思い出せず、確かなのはメアリー・マーガレットに運命を感じることだけだった。一方、メアリーもなぜかデヴィッドに惹(ひ)かれていく自分に戸惑いを感じていた。一方、おとぎの世界。魔法の手でなんでも黄金に変えられるミダス王は、王国を襲う竜を退治する戦士を探していた。ジョージ王の勇敢な息子ジェームズが次の戦士に選ばれるが…。

エマは保安官のグレアムがレジーナと密かにつきあっていることを知り、彼を避けていた。酔ったグレアムはそんなエマの態度をとがめ、突然キスをする。その瞬間、グレアムの脳裏に森の中のオオカミの姿が浮かんだ。一方、おとぎの世界。父の死を悲しむ白雪姫を、継母(ままはは)の悪い女王がやさしくなぐさめる。しかし、その死は白雪姫への復讐(ふくしゅう)の始まりだった。悪い女王は次に白雪姫を殺すため、狩人を雇うことに。

保安官のグレアムが亡くなって2週間。レジーナは手下である新聞社の編集長シドニーを後任の保安官に指名。しかし、エマがゴールドの支援を得て保安官候補に立候補し、選挙が行われることに。一方、おとぎの世界。子どもが14歳になると兵士として鬼との戦争に送られる町があった。そこに住む臆病者のルンペルシュティルツキンは、3日後に14歳になる息子ベルファイアを失いたくないため、息子を連れて町を逃げだそうとする。

エマは雑貨店で万引きをしようとした12歳の双子エヴァとニコラスを捕まえる。レジーナは数年前に母を亡くし、住む家もない2人を別々の施設に送ろうとするが、エマは2人が一緒に暮らせるように父親を捜すことに。一方、おとぎの世界。森で父親とはぐれてしまったヘンゼルとグレーテルは、悪い女王に捕まる。女王は2人の父親を捜す代わりに、魔女が住むお菓子の家から、黒い革の袋に入った大事なものを取ってくるよう命じる。

ストーリーブルックの町に嵐が近づく。メアリー・マーガレットはデヴィッドへの恋心を抑えきれずに、毎朝、彼がコーヒーを買いに来る時間に合わせて食堂に行っていた。レジーナは、突然町に現れた正体不明の男を調べるようエマに命じる。一方、おとぎの世界。チャーミング王子とミダス王の娘アビゲイルの結婚式が明後日に迫る。王子のことを忘れられない白雪姫は失恋の痛みから逃れるために、強力な魔法の力を借りることに…。

エマとヘンリーが秘密の基地にしていた木製の城を、レジーナが危険だからと取り壊す。ヘンリーがそこに埋めて隠しておいた「おとぎ話の本」も無くなってしまった。レジーナに見放されて失職したシドニーは、彼女の汚職を一緒に暴こうとエマに持ちかける。一方、おとぎの世界。悪い女王と再婚した白雪姫の父、レオポルド王が、魔法のランプを手に入れる。ランプの精、ジーニーに3つの願いをかなえると言われたレオポルド王は…。

バレンタイン・デーの前日、ゴールドの家に空き巣が入る。犯人はゴールドが借金のかたに車を取り上げた生花店のモーで逃走中だった。エマはすぐにモーの家から盗品を取り戻すが、ゴールドは大事なものが足りないという…。一方、おとぎの世界。鬼との戦争で苦しむモーリス卿は、ルンペルシュティルツキンに助けを求める。だが、その交換条件は娘ベルを差し出すことだった。ベルは民を守るため、要求に応じることにする。