三千年前、ギンガマンと星獣によって封印した宇宙海賊バルバンが、海底地震でよみがえってしまった。第133代目の星獣剣の戦士に選ばれた、ヒュウガ、ハヤテ、ゴウキ、ヒカル、サヤの5人。彼らは地球を守るためバルバンの前に立ちふさがった。しかし、ヒュウガはゼイハブ船長に敗れてしまう…。ヒュウガは消えていく寸前に、弟であるリョウマに星獣剣を託すのだった。

ヒュウガを失った悲しみにひたる間もなく、リョウマらに次々と襲いかかる魔の手。封印が解けたのに魔獣ダイタニクスが復活しない、と焦るバルバンは、「ダイタニクスの復活にはエネルギーが必要」という結論に達する。早速魔人たちはエネルギーを集めに街へ出向くが、一方シェリンダには一つの企みがあった!

ギンガの森が湖の底に沈んでしまった。帰る所がなくなった5人は晴彦・勇太親子の紹介で、乗馬クラブで住み込みで働くことに。長老・オーギが残した種から、知恵の木モークが誕生する。そんな中、ギンガの森への想いを断ち切れぬゴウキ。そこへ地上の熱を奪いに襲い来る魔人リグロー。立ち上がれゴウキ!その熱き想いで地上に熱を取り戻せ、そしてその時ギンガブレスから不思議な声が…。

ギンガマンの前に立塞がるドレッドレッダー。ついアースの力を安易に使ったことで、ハヤテに愛想を尽かされていたヒカルは自分一人で倒すことで名誉挽回を図ろうとするが、逆に雷のアースをドレッドレッダーに吸い取られてしまう。ヒカルの暴走が危機を招いた。ヒカルよ、真のアースの意味をその心で感じ取れ。

武器を集めて“大暗黒剣"を作り、その力で魔獣ダイタニクスを復活させようとする魔人バクター。バクターは星獣剣を狙い、ギンガマンから奪うことに成功する。ヒュウガが命をかけて残した星獣剣を奪い返そうとリョウマは奮闘するが…。そして、傷ついたリョウマの前に今、新たな力が。その名は自在剣“機刃"…。

リョウマたちは星獣のところへキャンプに行き、“機刃"の武器以外の大きな力について訊ねる。しかし、なぜか星獣たちはそれに答えてくれない。一方、地球を毒の星にしてしまおうと企む魔人タグレードーの毒が町中に!自分の命と引き換えにみんなを助けようとした星獣たちは、石のような姿になり全く動かなくなってしまった。このままでは、星獣たちが死んでしまう…。

力尽きてしまった星獣たち。“機刃"に秘められた大きな力の謎。悲しみにつつまれているギンガマン。そんな時、魔人・タグレドーとその兄・トルバドーが現れた。激しい戦いの中で星獣の復活を願うギンガマン。その戦いの中で、5人は“機刃"に武器以外の計り知れない力が宿っていることを知る。5人の祈りが“機刃"の力を、そして奇跡を呼び起こし、ギンガイオーが誕生する!

幼くして母を失ったヒカル。ビストロの女性シェフ・静子の料理に衝撃を受けるヒカル。「これが、おふくろの味か!」。一方、静子もまた亡き息子の面影をヒカルに見ていた。一方では、美味しいものの匂いで魔獣ダイタニクスを復活させようとする魔人・ドルマーが飲食店を片っ端から荒らし始めていた…。そして、静子の店が狙われた!!急げ、ヒカル!

ギンガットの森に隕石が落ち、ギンガットの行方が分からなくなった。そんな中、サヤは子猫“ミー"を抱いた女の子・ユウコに出会う。ユウコは母を亡くし、父とも離れて暮らしている孤独な少女。しかし、その子猫は、ギンガットによく似ている。一方、バルバンは魔人・マンディガーを送り出し、隕石の在りかをを探し始めた。マンディガーの魔の手がユウコに迫る!ギンガピンク・サヤ、ユウコを守れ!そして、ギンガットは戻ってくるのか!?

騒音で街中を埋め尽くし、魔獣ダイタニクスを起こそうとした魔人・ストイジー。だが、ハヤテの持つ「風の笛」がその騒音を消し去った。これに怒った操舵士シェリンダはハヤテを襲撃し、笛を破壊する。傷ついたハヤテだが、新たに笛を作ることを決意する。

勇太の父兄参観に晴彦の代わりに出かけたゴウキは、担任の鈴子先生に一目惚れしてしまう。舞い上がるゴウキ。そんな時、魔人・ネイカーの罠が町を襲いはじめ、ゴウキは意外な真実を知る。泣くなゴウキ。バルバンたちを打ち砕け!愛する人を守るために!果たしてゴウキの恋は成就するのだろうか?

魔人・ネイカーの起こした地震によって「ギンガの光」が封印された洞窟が現われた。そこに封じ込められたものを取り出すには、ギンガマンのアースの力が必要だった。そのためにサンバッシュは、死んだはずのリョウマの兄・ヒュウガの姿を見せつけ、ギンガマンをおびき出そうとする。騙されたリョウマは、アースの力で洞窟の封印を解いてしまう。はたして「ギンガの光」は誰の手に?