アトランタにあるチャスティン公園記念病院。虫垂切除手術の最中に、執刀していた外科部長ベルの手にふるえが出る。動脈を切り大量出血させ、患者は死亡。しかし突然の心臓発作による不慮の事故として片づけた。ハーバード医科大学院首席卒業のデヴォンがレジデント(研修医)としてやってくる。指導医のコンラッドは「これからのルールは一つ、俺に従うこと」だと言い、いきなり直腸診をさせた。デヴォンはナースのニックに指導医を変えてと申し出るが、彼から学べと諭される。

心臓移植待ちの高校教師マイカに待望の心臓が届くが、病院のVIPである議員が心臓発作となり移植が必要になったため、ベルは、その心臓を議員に回すよう根回しをする。彼の行動に気付いたコンラッドは憤る。そんな時、ICUにいる脳死患者から臓器提供の話が持ち上がる。しかし家族の同意を得ることができず、マイカを救う術が見つからないコンラッドは追い詰められてしまう。一方、デヴォンは医師として独り立ちするようコンラッドに命じられ、患者の対応に追われる。

コンラッドがアフガニスタンで共に従軍したジュードがチャステインの外科医として働くことになる。彼は、軍への思いを抱えつつもコンラッドと似た熱い思いで医療に臨んでいた。一方、財政コンサルタントのバーブは、財政改革として、保険加入者に余計な検査を重ねることで儲けを得る方法を提案する。そんな中、搬送係として病院に出入りするルイーザが倒れるが、財政改革が進む中、コンサルタントのバーブは不法滞在者として、ルイーザへの検査や処置を禁止する。

予算削減を強いられERの人員が大幅に減らされる。ベテランで高給取りの看護師が解雇され、不慣れな新人看護師が患者の振り分けを担当するが、頭部外傷の患者を軽症扱し、処置遅れで患者が死亡してしまう。コンラッドは患者の身元を捜索する。そんな中、ERを訪れた年配の女性がガンであることが判明。デヴォンは専門医のハンターに助力を依頼。一方、ニックは、ハンターがリリーに投与する抗ガン剤の量に疑問を持ち、リリーのカルテを取りに彼女のクリニックを訪問する。

利益を追求するCEOクレアがオペ室のフル稼働を要請。ベルは、人工睾丸手術と腹部大動脈瘤の同時手術の強行を決め、休日のはずのミーナと30時間勤務明けのブラッドリーを助手に指名する。不安に思ったニックは大動脈瘤手術をベルではなくジュードに依頼。ベルは、代わりに肛門に異物を挿入した患者の手術を担当し、予定通り同時オペがはじまる。しかし、ブラッドリーが突然失神し、ジュードが別の手術をしている最中に、大動脈瘤患者が急変し、ミーナが対応をする。

いよいよリリーの骨髄移植が始まることになるが、担当を外されたニックは心配でたまらない。ニックは、リリーに気を配るようデヴォンに頼むが、彼はニックの懸念を一蹴する。しかし、手術前のリリーの不安を目の当たりにしたデヴォンは、念のため再検査をする。一方、ミーナが近所の薬物常用者の青年に強盗されかける。彼の家庭環境に同情したミーナは、警察へ通報せずにニックと共に自宅に送る。ミーナの意外な一面を見たニックだが、ミーナの過去に心配が募る。

ニックは、末期ガンの患者にまで過酷な化学療法や放射線治療を計画するハンターに疑問を持つ。コンラッドが患者に確かめると、自宅での最期を迎えたがっていた。コンラッドはハンターに意見するが聞き入れられず、組織検査が決定する。そして、ニックが入院中の野球選手ボビーからセクハラまがいの行為を受ける。それを知ったコンラッドが彼に抗議するが、興奮により一時危険な状態となる。一方、ベルはクレアから依頼された極秘オペの助手としてミーナを再び指名する。

資金提供者が集うパーティーに乱入してきたホームレスらしき女性が、何か言葉を口走り、その場に倒れる。コンラッドたちは懸命に処置するが、謎の炎症と精神疾患の関連がつかめなかったため、ニックとコンラッドで画策し入院させることにするが、ベルは反対する。そんな中、女性が意外な人物であることが発覚する。一方、プリヤとの顔合わせのために訪れた両親と食事をするデヴォンは、病院から呼び出され急患の処置をするが、その患者から自分のコンプレックスに気付かされる。

リリーはハンターのクリニックで大量の抗がん剤投与を受けた帰り道、不安感でパニック発作を起こしチャスティンに行く。ニックはセカンドオピニオンをすすめ、かつて世話になったオズター先生を紹介する。ハンターはその医師にこれまでの全記録を要請され、追い詰められていく。そんな中、リリーが再び救急搬送されてくる。一方、コンラッドの元には、元婚約者であるキャサリンが耐えられないほどの腹痛で搬送されてくる。検査の結果、妊娠6週目だとわかるが…。

リリーの死で自分を責めるコンラッドがジョギング中にケガをする。コンラッドは、十分な治療もせずに痛みをかかえたまま仕事を始めると、医学生時代の恩師ジャコビーがゴーストが見えると言って来院。検査をするが、悪い所は見つからない。治療中に病室を抜け出し、再びゴーストと話していたジャコビーは精神科に送られてしまう。コンラッドは、彼の回復のため、ミーナの協力を得ながら奔走する。一方、中国の大富豪のオペを担当することになったベルは杜撰な処置をする。

リリーの家族が病院を提訴したため、危機管理室による聞き取り調査が始まる。ニックは、抗がん剤が原因と証明するために、ハンターの患者たちの血液検査をするが、異常はなかった。追加の聞き取りで、誰かが点滴の速度を変えたと伝える。一方、ベルの脂肪腫切除オペ中に火災が発生。なんとか消火したが、患者にやけどを負わせてしまう。事情を調べていたクレアは、ベルに疑念を抱く。さらに、ベルが何度もミスを隠蔽していることミーナから聞き出し、緊急重役会議を開く。

解雇されたニックはハンターの調査を続ける。そして、彼女に潰された医師ユーウェンに辿り着く。真相を聴いて愕然としているニックに、ユーウェンはとにかく逃げろと忠告するが、引き下がれないニックは調査を続ける。そんな中でニックに身の危険を感じるような出来事が起こる。一方、夜勤明けのブラッドリーが屋上から落下し、重傷を負う。ベルはオーバーワークによる自殺未遂と決めつけるが、納得できないデヴォンはコンラッドと共に、落下した真の原因を探り始める。