小学校最後の年を迎える新学期の朝、MAHO堂が突然形を変え、見知らぬ少女が学校でどれみたちを待ち受けていた。少女の正体は何と、大きくなったハナちゃん。どれみたちと一緒に学校へ行きたくて、自分で自分に魔法をかけて学校へやって来たのだという。しかも魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を壊してしまったらしい。

どれみたちは妖精ババから、先々代の女王さまが眠り続ける理由を聞く。想い出の彼方に消えた雑貨を再現し、悲しみを癒してあげようと決意したおジャ魔女たちの悩みは、同じく魔女見習いになったハナちゃんが一緒に学校へ行きたいと言って聞かないことだった。どれみたちは魔法を使い、ハナちゃんを転入させるが…。

新生MAHO堂のオープンを控えたどれみたちは、魔女の機織師・マジョクロスに機織りを教えてもらいに行くことになった。その日はちょうど、ぽっぷとハナちゃんの魔女見習いの昇級試験日。ノー天気だが計り知れない魔力を持つハナちゃんに対し、ぽっぷはライバル心を燃やす。だが、予想外に難しい試験に悪戦苦闘する。

雑貨ショップMAHO堂も、いよいよ開店間近。どれみたちはハナちゃんをほったらかしにして、準備に追われている。ところが開店当日、思わぬトラブルが発生。広告塔として頼みの綱にしていたおんぷが、急に仕事が入って来られなくなってしまったのだ。MAHO堂の危機に、ハナちゃんがとんでもない作戦を思いつく。

最近のおんぷはちょっとお疲れ。国際女優を目指すため、忙しい仕事の合間に英会話のレッスンまで始めたらしい。ようやく時間を見つけてMAHO堂の手伝いに来たものの、すぐに眠り込んでしまう。それを見たハナちゃんは、かわりに仕事をやってあげようと写真スタジオに向かい、思いのほか魅力的な表情を見せる。

ハナちゃんが学級文庫係に立候補。几帳面な山本けいこと一緒に、図書室の仕事をすることになった。規則だルールだと融通のきかないけいこは、陰口を叩かれているのを耳にしてショックを受ける。ハナちゃんは魔法を使って、彼女を本の中の世界へ連れてゆく。そこはがんじがらめのルールに縛られた、おとぎの国だった。

先々代の女王さまは、月が姿を変えるたびに周囲の草木まで深い眠りに引き込んでしまう。これを憂いた女王さまは、幸せだった頃の想い出を甦らせてあげるため、先々代の女王さまが孫たちにもらったプレゼントを再現して届けてくれるよう、どれみたちに頼む。一同は魔法を使って過去の世界にタイムスリップし…。

横川信子と丸山みほコンビの新作漫画は、「ハナちゃんのひ・み・つ」という題名らしい。もしや、魔女であるという秘密がばれてしまったのではないか? 何としてでも秘密を守りきるため、おんぷはハナちゃんが絶対に魔法を使わないようみんなで見張ろうと提案。ボディーガードや忍者に変装して、こっそり後をつけ回す。

重い病気を抱える中山しおりが校庭で倒れた。矢田まさるが保健室へ彼女を運び、入院した病院へも毎日通いつめる。幼なじみのはづきは、まさるがしおりに付きっきりなのが気になって仕方がない。しおりにお見舞いのプレゼントを渡しに行くのも、習い事を理由に断ってしまう。ところがその日、しおりは重態に陥り…。

楽しみにしていた修学旅行まであとわずか。班決めが終わった途端、ハナちゃんが班長をやりたいと言い出した。ところがハナちゃんは、班長がどんな仕事をするのか全く理解していない。はづきにフォローしてもらって何とか頑張ろうとするが、自由時間の計画をうまくまとめられず、班長失格と言われてショックを受ける。

待ちに待った修学旅行の日。大興奮の一同に対し、どれみはカバンに忍び込んでいたマジョリカたちに昼ご飯やおやつを食べられ意気消沈。あいこたちにお弁当を分けてもらって元気を取り戻すが、いつの間にかももことハナちゃんの姿が見えない。心配して探しに行くと、二人は人間界に来ていたFLAT4にナンパされていた。

どれみは修学旅行の旅先でも、自称「世界一不幸な美少女」の本領発揮。度重なる不運に落ち込んでいるところに、FLAT4の暁くんが現れて声をかける。これに待ったをかけたのが、こっそりどれみの後をつけていた小竹だった。小竹くんと暁くんはなぜか紙相撲で勝負することになり、暁くんが魔法を使って勝利すると…。