新西暦2012年。人類の都市生活を支える巨大エネルギー“エネトロン”を狙うヴァグラスが現れた。駆けつけたブルーバスターのリュウジと、イエローバスターのヨーコに、ヴァグラスの戦闘員バグラーが襲い掛かる。2人は変身しバグラーを撃破。しかし、エンターと名乗る男は逃げてしまう。

3人そろったゴーバスターズ。しかし、ヨーコは、ヒロムだけが特別扱いされているのが気に入らない。そんな中、エネトロンの異常流出が発生。ゴーバスターズが現場に駆けつけるが、ヒロムはニワトリに遭遇しフリーズ、おやつを忘れたヨーコは充電切れしてしまう。エンターを発見したリュウジは、ブルーバスターに変身し、ひとりで応戦することに。

病院で、エネトロンの異常消費反応と、敵メガゾードの転送反応が。ゴーバスターズが駆けつけるが、ヴァグラス反応はなく、人の出入りもない。不審に思った3人が院内に入ると、機械化された人間たちが襲ってきた。エンターの話によると、ヴァグラスは、エネトロンを奪うだけでなく、人間たちを苦しめ、支配し、命まで奪おうとしているようだ。

特命部司令官の黒木は、バスターマシンの戦力アップを計画していた。さらに、亜空間からの転送には約3キロの誤差が出るという新たな事実が判明する。ヒロムは、メサイアと一緒に転送された人たちを助けるためにも、亜空間に突入したかった。しかし、亜空間に生存者はいないと考える黒木や上層部は、救出ではなくメサイアのシャットダウンを目的としていた。

ゴーバスターズの今回の特命は、エネトロンタンクを破壊された地区へのエネトロン輸送トラックの護衛。案の定、輸送中のトラックを狙い、エンターはメタロイド“タイヤロイド”を出現させる。そこでトラックの護衛はヒロムに任せ、リュウジとヨーコはゴーバスターズに変身し、メタロイドに応戦することに。

ゴーバスターオーへの合体“コンバインオペレーション”の訓練が始まった。ゴーバスターオーはエネトロンを大量に使うため、長く合体していられない。そのため、戦闘から離脱せず、敵の攻撃を受けながらの合体となる。わずかな遅れが命取りになるのだ。ところが、パイロットとしてバツグンの腕を持つヒロムが、タイミングがつかめず失敗ばかり。

前回の戦いで損傷したゴーバスターエースの修復も完了。格納庫に様子を見に来たヒロムは、新人整備士・小山(川隅美慎)がエースを担当していることを知り、少し不安を感じる。そんな中、線路の上を走って電線からエネトロンを集めるメタロイド“デンシャロイド”が出現。さらに、敵メガゾードの転送反応も。

ヒロムとヨーコがまだ寝ている中、リュウジは早朝から訓練を行っていた。年上のリュウジは、訓練を始めた年齢が高かったため、ヒロムたちとの差を埋めるために自主訓練を行っているのだ。そんな中、エネルギー管理局付属のメガゾード開発工場にヴァグラスが侵入。エンターの狙いは、極秘に進めていた新バスターマシンの設計図のようだ。

ヨーコとウサダは、またしてもケンカ中。ゴーバスターズがヴァグラスから回収したエネトロンを管理局へ届ける任務も、ウサダが単独で行うことに。ところが、任務終了後、ウサダが誘拐されてしまう。犯人は、ウサダを返して欲しければ、エネトロンを2千トロン用意しろと要求してきた。犯人の様子から、ヴァグラスは絡んでないようだ。

バグラーが大量に出現。ゴーバスターズが駆けつけ応戦するが、バグラーは倒しても倒しても現れるのできりがない。ついにリュウジは熱暴走してしまう。そんな中、ヴァグラスによるものと思われる強盗事件が発生。奪われたのはレアメタルのひとつで、メガゾードの心臓部に使われているデルタニウム39。エンターの本当の狙いは、これだったようだ。

エネトロンを奪おうとするエンターが出現。ゴーバスターズが駆けつけ応戦するが、ブルーが胸に装着した装置から警告音が鳴り、3人は戦いに集中できない。その装置は、リュウジの熱暴走を心配したゴリサキが作った安全装置。体温の変化を感知して、危険を知らせてくれるのだ。しかし、あまりのうるささに、リュウジはスイッチを切ってしまう。

メガゾード開発工場から警告があった。ヴァグラスは、メガゾードの製作過程で亜空間にはないクリスタルを狙う可能性があるというのだ。クリスタルは国内にはない珍しい鉱石だが、香港映画の記者会見のため来日する主演女優が所有しているらしい。クリスタルと所有者を守る特命を受けたゴーバスターズは、女優アンジー・スーの写真を見て驚く。なんと、ヨーコとそっくりなのだ。