カル・ライトマン博士は微表情学の第一人者として、地元警察や省庁の依頼で事件の捜査協力をしている。視聴の依頼で高校教師スーザン殺害事件の容疑者として拘束されていた高校生ジェームズの高校で聞き込みをしたライトマンは、彼の同級生のジャクリーンと高校の校長であるキャッスルの様子が気にかかる。一方、ライトマンと一緒に事件を担当していたジリアン・フォスター博士は、売春疑惑をかけられたワイル議員の捜査を依頼され、ジェームズの事件と平行して調査していた。スカウトしたばかりの新人トーレスと共に彼を調べたフォスターは、娼婦のメリッサとワイル議員の意外な関係を突き止める。

ライトマンとトーレスは軍の依頼で部下の女性隊員にレイプで訴えられたスコット軍曹の事件を調べる。訴えを起こしたシーラと話したライトマンは彼女が嘘をついていると見抜く。だがトーレスは軍曹の態度もおかしいと主張。ライトマンはシーラと同じ部隊の女性兵士たちを集め、軍曹にレイプされたのが別の女性だと突き止める。一方、フォスターとイーライは大学バスケットボールのスター選手アールと大学の後援者タフトの収賄疑惑の真相を突き止めることに。イーライはアールが何か不安を抱えていることにすぐさま気付くが、バスケファンのフォスターは思わずアールをかばってしまう。だがイーライはタフトに話を聞いた時の録音データを分析し、ますます疑惑を深めていく。

17歳の女子高生ダニエルの遺体が公園で発見される。彼女の母親が次期最高裁判事と目されている人物だったことから、FBIは事件の真相を突き止めるようライトマンたちに依頼。ライトマンとトーレスはダニエルの同級生ライリーからダニエルがドラッグをやっていたと聞かされる。さらにトーレスの調べで彼女の死後に担任教師が身代わり受験をしていたことが判明する。一方、フォスターはNASAの依頼で実験機の墜落事故の真相究明に乗り出す。事故を起こした操縦士マルコフの父親が旧ソ連からの亡命者だったため、NASAはスパイ疑惑を持っていた。事故前の記録映像を調べると、ある時点から彼の態度が変わっていたことが判明。調べると彼は抗うつ剤を服用していたことが分かるが……。

韓国の次期大統領選に立候補する韓国大使が息子の結婚式で暗殺されるという情報が入り、ライトマンたちは暗殺を未然に防ぐため、シークレットサービスと共に結婚式に参列する。式が始まり招待客を観察していたライトマンは不審な男を取り押さえるが、その騒動の間に銃撃事件が発生。しかし撃たれたのは大使ではなく息子のワンヒだった。捕らえた男は南北問題で抗議自殺を図ろうとしていただけで暗殺に関与していないと分かったライトマンたちは、招待客全員から話を聞き、真犯人を探し出すことに。やがてワンヒがギャンブルで借金を抱えていたことが判明。ライトマンは大使補佐のヨンデの態度にも何かひっかかるものを感じる。さらに新婦のフィービーにも秘密があった。

ライトマンとトーレスは副知事の依頼で、D.C.の麻薬売買を仕切っていたギャングのトリロが恩赦に値するか調べることに。だがトーレスは彼の改心を信じられず、そのせいで調査にも身が入らない。ライトマンはそんな彼女の態度からトーレスに虐待の過去があることを見抜く。そんな中、彼に殺害された警官の妻ホリーが仮釈放審査会にトリロ側の証人として出席すると聞いたライトマンは、彼女の真の動機を探る。一方、フォスターとイーライは消防士エリックの死亡事故の調査をしていた。エリックが激しいイジメを受けていたことを仲間の消防士から聞き出したフォスターたち。イジメが今回の事故に関連していると考えたフォスターは、ある実験をすることで真犯人を見つけ出そうとする。

ライトマンとフォスターは失踪した少女サマンサの事件を捜査することになる。養子だったサマンサが家出したがっていたと聞いた2人は精神科医のノールトンに話を聞きに行く。その矢先サマンサが発見されるが、彼女は自分はジェシカだと言い張り周囲を困惑させる。その言動の裏にはもうひとつの失踪事件が絡んでいた。その頃、イーライとトーレスは出版社の依頼でウガンダ出身の平和活動家ファリーダの過去を調べることに。調べるうちにトーレスは何か引っかかりを感じるが、ファリーダに惹かれていたイーライは聞き入れようとしない。だが彼女のしぐさからファリーダが嘘をついていることを見抜いたイーライは、自分の信条に従い苦汁の決断をするのだった。

イエメンでアメリカ人姉弟がマリファナ所持で拘束される。イスラム法では麻薬所持は死刑となることから、フォスターとイーライはアメリカ政府の依頼で姉弟救出に協力する。だが国務省の態度から何か秘密があると見抜いたフォスターは、姉のニコールがCIAの諜報員だと気付く。その頃ライトマンの元に親友のジェフリーが訪ねてきて、糖尿病の新薬のコピー品が出回り死者を出しているため、製法を盗んだ者を特定して欲しいと頼まれる。社内の化学者の中から犯人を特定したライトマンだが、オリジナルの薬そのものに問題があったことが判明。ライトマンはその事実をジェフリーに伝えるが、彼は隠蔽することを選んでしまう。納得できないライトマンは自ら真相究明に乗り出していく。

ライトマンは若いインド系の女性の自殺現場に居合わせた検事から彼女の姉が3日前に同じく自殺したと聞き、突然その事件に興味を示す。入国管理官の話から自殺したジャヤとダーラの姉妹がストリップクラブで働いていたことが判明する。数日後、別のインド人女性が同じように自殺。彼女たちは全員自殺の直前に出産していた。ライトマンはいつになくこの事件にのめり込んでいた。一方、フォスターは巨額の募金詐欺の容疑をかけられた株式ディーラー、ホリンの事件の捜査に協力。分析からホリンの娘カレンの犯行と考えたフォスターはホリンに真実を迫る。彼女はイーライの反対を押し切り盗まれた資金を返すことでカレンを見逃そうとするが、その矢先に何者かの通報によりカレンが逮捕される。

建設現場で大規模な崩落事故が起こり、作業員が3人瓦礫の中に埋もれてしまう。救出に協力するライトマンは生き埋めになった作業員の1人、ブラントの表情から彼が事故原因に関係していると直感。さらに分析を続けた結果、彼がALSの末期だったと分かる。これが事故原因だと考えられたが、この建設現場にはまだ隠された秘密があった。一方、イーライとトーレスはIT会社社長から婚約者ナディアの愛が本物か確かめて欲しいとの依頼を受ける。イーライは金目当てだと決めてかかり、事実彼女は出会う前から彼が富豪だということを知っていたことが分かる。それをそのまま報告するイーライ。だがトーレスは、同時に彼女の愛も真実だと社長に告げ、ある映像を見せるのだった。

ライトマンの元妻で連邦検事補のゾーイが突然やってくる。彼女はTVレポーター、ガルシアに容疑がかかる放火事件の目撃者が幼い子供だったことで、その証言を信じていいものか迷っていた。フォスターは彼女の仕事は引き受けるなと警告するが、結局ライトマンは引き受けてしまう。無実を訴えるガルシアの表情から彼が嘘を言っていないと判断するライトマン。だが子供も嘘は言っていない。やがてガルシアとフランクの妻が浮気をしていたことが判明するが……。一方、フォスターはトーレスを連れ、ラッパーの銃撃事件の捜査に協力。被害者のダンテと対立していたラッパー、ケイドンに容疑がかけられていたが、彼と話したフォスターはその表情から悲しみを見て取り、犯人は別にいると考える。

フォスターの夫アレックの浮気を疑っていたライトマンは、思わず彼を尾行し暗黙の警告を送る。その矢先、警察に呼び出されたライトマンは、黒人少年アンドレを撃った警官クランスキーとデュークの調書に協力することに。彼らの上司は2人の正当性を訴えるが、2人と話したライトマンはクランスキーが何かを隠していると確信。彼はFBIの潜入捜査官だった。クランスキーから警察内部にアルカイダのスパイがいるため摘発の邪魔をするなと警告されたライトマンだが、彼はアンドレの事件を追及しようとする。その頃事務所はホリン事件で盗まれたお金を失った被害者たちから訴えられていた。証券取引委員会に密告したことをトーレスに話していたイーライは彼女に口止めをするが……。

10年前、12人の女性をレイプし視力を奪った凶悪犯ジェンキンスの模倣犯が現れた。ライトマンは犯人の手がかりを掴むため、終身刑で収容されているジェンキンスと同じ刑務所に自ら囚人として入り込み彼に近づく。FBIのレイノルズはそんな彼の無謀さに眉をひそめる。しかし天才的な嘘つきのジェンキンスはライトマンの正体をあっさりと見破り、手がかりとしてある住所を伝える。そこは模倣犯の家ではなく、新たな被害者の家だった。ライトマンはオフィスでジェンキンスを尋問するが、敵は予想以上に手強くライトマンを翻弄し、次第に追い詰めていく。フォスターは模倣犯の被害者ナタリーにジェンキンスの被害者ミシェルと会ってもらい、さらなる手がかりを得ようとしていた。