FBI捜査官アレックスはテロ事件の首謀者という容疑を晴らしたものの解雇され、CIAの諜報員養成機関「ファーム」へ。だがそれは反乱分子を探し出すための潜入捜査で、そこにはFBIの同僚だったライアンも参加していた…。その1年後、G20サミットが開催されるニューヨーク マンハッタンでテロが勃発!現場にいたアレックスは再び真相解決に奔走することに…。新たな陰謀は、一体誰が、何のために…? ファームでの【現在】と、テロ事件が起きる【未来】が交錯しながら、アレックスが再び陰謀に立ち向かう!

ファームでの最初の訓練の課題は、監視されていることを見抜く技術、通称SDR。訓練生はアレックスを監視対象とした演習に取り組む。【現在】のニューヨーク、G20に参加する各国首脳をはじめ多数の人質をとってテロリストの一団が立てこもる。人質の中にはライアンとレイナの他、ファームの同期生ハリーたちの姿も。ライアンとレイナは犯人がローテーションで人質の中に紛れ込んでいることを見抜き、誰が犯人なのか特定しようと画策する。

覆面衣装でテロリストに成りすまし、立てこもり現場に潜入したアレックス。だが人質のライアンとハリーのケンカに巻き込まれ、変装がバレてしまう。連行されていくアレックスの運命は!【現在】のファームでは、スパイの技術を学ぶべく、山でサバイバルゲームが行われる。そんな中でアレックスとライアンは、CIA内部に潜む反逆者グループ“AIC”の動きを探るため、盗聴器を仕掛ける相手を選ばなくてはならない。一番怪しいのは誰か?

訓練生が取り組むのは、ストレスのかかる状況で平静を保つ演習。アレックスとライアンはこの機に乗じて盗聴器を仕掛けた人物を探りだそうとする。【現在】のニューヨーク、テロリストグループが人質の交換を申し出る。1,700人あまりの人質と、ハッカーのエリック・ボイヤー1人を交換しようという申し出だった。信用できないという意見を無視してミランダは人質の交換に応じる。この非常事態を終結させる突破口になるかと思われたが…。

アレックスは犯人グループの無線機を入手し、外部にテロリストの協力者がいることを知る。FBIのシェルビーは上司ミランダの動きを怪しく思い、アカデミーの仲間ウィルに相談する。【現在】のファームでは、ハリーがアレックスとライアンの裏の顔に勘付く。そんな折、3人は教官オーウェンが仕掛けた罠にハマって大ピンチに。目の前に転がる死体を急いで処理しなければ、殺人犯として警察に捕まり、ファームから追放されてしまう…。

今回の課題は、ドローンによるテロリスト殺害作戦における決断。標的であるテロリストや周辺事情などについて分析し、攻撃すべきか否かを見極めるのだ。サイモンの死を思い起こし動揺するアレックス。一方、シェルビーとレオンは親密な関係になってゆく。【現在】のニューヨーク、アレックスはリディアからテロリストの狙いがなんなのかを聞かされるが、信用していいものかどうか判断できない。そして2人は決定的に対立することに…。

ついにテロリストたちに拘束されたアレックス。目の前で人質が痛めつけられ、ハードドライブはどこかと迫られる。口を割らないアレックスの前に連れてこられたのは、ファームの同期ダイアナだった。【現在】のファームでは“強化尋問”の訓練が行われる。情報を引き出すため、敵の肉体と精神に苦痛を与える過激な尋問法だ。オーウェンは自ら捕虜役になり、自分の秘密を聞き出せと生徒たちに命じる。彼らがとった究極の手段とは…。

オーウェンとリディアは「諜報員は任務のために人間関係を断つことが必要」と訓練生に教え込む。アレックスは個人的にも任務上でもライアンとの距離を感じていた。【現在】のニューヨーク。アレックスはハリーたちとともにテロリストが仕掛けた生物兵器を破壊しようと奮闘する。しかしFBI支局に乗り込んできたアメリカ北方軍の司令官は強硬な手段に出ようとしていた。それを阻止したいミランダの切り札は、占拠区域内にいるアレックスだ。

応援を求めてFBIに駆け込んだアレックス。その証言をシェルビーが調査すると、実行犯の存在が浮かび上がってきた。その時、ミランダがアレックスを拉致して連れ去ってしまう。そして意外な事実を口にする。【現在】のファームでは“誘惑”の課題が出される。結婚式前夜のパーティーに潜入し、決められた相手を口説いて一夜を過ごすのだ。アレックスは花婿、ライアンは花嫁とベッドを共にしなければならない。2人が下した決断は…。

今回の課題は「裏切り」。訓練生は、相手の弱みを利用して協力させ、国や身近な人を裏切らせる演習に取り組む。標的はベネズエラ領事館の職員カレラだ。【現在】のニューヨーク。アレックスはリディアからハードドライブを取り戻すというミランダの指示を拒否し、人質救出に向かう。一方、突然FBI支局に現れたクレア・ハース大統領は、この非常事態に対する自らの思いをシェルビーに告げ、女性大統領としての苦悩や隠していた事実を打ち明ける。

テロリスト集団のジェイソンが人質たちを尋問する。AICのメンバーを洗い出して処刑するためだ。レオンはなぜか嘘をつきAICと見なされてしまう。レオンに銃口が向けられた瞬間、何者かがジェイソンに飛びかかる!【現在】のファームでは、CIAの情報提供者ウェバーをドイツの捜査機関から救い出すため、彼を国外脱出させるという難題が課される。訓練生たちは早速ミュンヘンに飛び、ウェバーを捜し出そうとするが、そこに現れたのは…?

訓練生に与えられた課題は、NSA(国家安全保障局)の施設に侵入して自分たちの個人情報を消去するというもの。だがその裏で、アレックス、ライアン、ハリー、AICがそれぞれの思惑のもとに行動。その結果、1人の訓練生がファームを去ることに。【現在】のニューヨーク。アレックスは地下道を使って人質たちを脱出させようと試みる。すると人質に紛れ込んでいたAICのメンバーが正体を現わす。それは意外な人物だった…。