二子玉川学園高校野球部は、試合中の乱闘事件により活動停止状態となっていた。そのため、ほとんどの部員が退部してしまい、残ったのは不良グループのみで部室も問題児たちの溜まり場と化していた。そんな学校に赴任する事になった、新米教師・川藤幸一（佐藤隆太）。全校生徒へのあいさつで「夢に向かって一緒にがんばろう」と力説すると、それを聞いた野球部員の安仁屋恵壹（市原隼人）や新庄慶（城田優）たちはそろって爆笑する。それでも、「もう一度野球をしたい」という御子柴徹（小出恵介）の言葉を聞き、野球経験がないにも関わらず顧問に就任した川藤。早速、野球部を復活させようと動き始めるが、安仁屋をはじめ若菜智哉（高岡蒼甫）ら部員の猛反発を受ける。さらに、川藤が前の学校で生徒（森山未來）を殴って半殺しにしてしまったというウワサが広がり…。

活動停止状態の野球部の更生に励む新任教師・川藤（佐藤隆太）。安仁屋（市原隼人）ら不良グループから反発されながらも、「笑って高校を卒業したい」という御子柴（小出恵介）、関川秀太（中尾明慶）と共に部活を再開する。そんな時、用賀第一高校から練習試合の申し込みがあった。辞退するしかないという村山校長（伊武雅刀）だが、川藤はもし試合ができなかったら辞表を出す事を条件に許可をもらう。練習試合は１カ月後。川藤はそのことを部員に伝えるが、「どんなに努力したって手の届かないモンがあるんだよ」と呟く安仁屋…。そんな時、川藤が前にいた学校の問題児・張本琢己（森山未來）から、川藤が高校を辞めた本当の理由を聞いた安仁屋は…。

練習試合に向けて川藤（佐藤隆太）の元にメンバーが集まりつつあった野球部だが、そんな時、事件が起こる。元野球部の生徒らが何者かに襲われ、部室が荒らされたのだ。野球部が部活を再開したことで安仁屋（市原隼人）たちが今までのように暴力をふるえなくなると思い、野球部に恨みを持つ不良グループが報復を始めたのだ。犯人を察した安仁屋はその１人に詰め寄るが、そこに新庄（城田優）が現れる。「お前は、おとなしく野球をやってろ」と安仁屋を殴り飛ばした新庄は、１人で不良グループの元へ向かってしまう。それを知り部室からバットを手に飛び出していく若菜（高岡蒼甫）たちに「大事なものを守りたいなら、部活に行くと言え」と川藤は言い放つ。さらに、安仁屋が野球を辞めた本当の理由を知った川藤は…。

川藤（佐藤隆太）との熱い対峙の末、ついに安仁屋（市原隼人）もニコガク野球部へと合流。ようやくメンバーがそろいピッチャーを誰がやるかで議論する中、名乗りを上げたのは安仁屋だった。それを受けて「俺が納得できるような球を投げられなかったら、女を紹介しろ」と若菜（高岡蒼甫）がキャッチャーを買って出る。ピッチャーマウンドに立つ安仁屋と、キャッチャーミットを構える若菜。次の瞬間、安仁屋から放たれた剛速球を見た川藤は、ピッチャーは安仁屋しかいないと心に決める。一方、野球部のメンバーとケンカ別れ状態となってしまった新庄（城田優）は、チンピラ風の集団に因縁をつけられてボコボコにされてしまう。偶然、その場に遭遇した川藤がケンカを止めに入るが…。

練習試合当日、川藤（佐藤隆太）は「自信を持って戦ってくれ！」とげきを飛ばし、生徒たちをグラウンドへと送り出す。感慨深げにグラウンドを見つめる安仁屋（市原隼人）たちニコガクナイン。プレイボールのコールで、ピッチャーマウンドに立った安仁屋が大きく振りかぶって投げた第１球。空を切り伸びる剛速球は、若菜（高岡蒼甫）が構えるミットに刺さった。バットを構えたまま、あぜんとする先頭バッター。初回からフルパワーで飛ばす安仁屋は、三者連続で三振を取る。攻守交替となり、ベンチへ戻ってくる安仁屋を笑顔で迎える川藤だが、安仁屋は離れた場所のベンチへと１人向かう。攻撃の回を迎えたニコガク。先頭バッターは俊足の関川（中尾明慶）だ。その関川に、川藤はバントのジェスチャーを見せると…。

用賀第一高校との練習試合も９回裏を迎え、１点を追うニコガクの攻撃。関川（中尾明慶）を一塁において２アウトの状況でバッターは若菜（高岡蒼甫）だったが、若菜は安仁屋（市原隼人）の剛速球を受けすぎてバットが握れない。そんな時、ユニフォームを着た新庄（城田優）がグラウンドに現れた！「同じユニフォームでここに立ちたかった」という新庄に、川藤（佐藤隆太）は代打・新庄とコールする。豪快なスイングを見せるも、２ストライクと追い込まれた新庄を固唾を呑んで見守るニコガクナイン。そして運命の３球目。新庄がこん身の力を込めてスイングすると、ボールは快音と共にライト方向へとはじき飛ばされた。ランナーの関川はセカンド、サードと駆け抜け、ホームに突っ込む。バックホームされるボールを受けるキャッチャー。次の瞬間、グラウンドに響き渡った主審の声は…。

川藤（佐藤隆太）の元、本気で甲子園を目指すニコガクメンバー。そんな中、バッティングセンターで練習をしていた桧山清起（川村陽介）が、不良高校生から因縁をつけられてしまう。暴行事件を起こすと甲子園への道が閉ざされると、桧山は握り締めた拳をグッとこらえたが、不良たちは容赦なく暴行を加える。その時、元ニコガク野球部で暴行事件を起こして退学した江夏卓（上地雄輔）が現れた。桧山は「お前が辞めてくれたおかげで、今にも甲子園に手が届きそうなんだよ」と、皮肉タップリに江夏に言う。その言葉に、江夏が手にしていたバットを桧山に振り下ろそうとした時、御子柴（小出恵介）から連絡をもらった川藤が駆けつける。川藤は、桧山がここまで耐えた意味を理解できないのかと江夏を諭すが聞く耳を持たない。そんな江夏に川藤は、野球の試合でケリをつけようと提案する。

ついに始まった目黒川高校との練習試合。１回表、先攻のニコガクはノーアウト満塁で安仁屋（市原隼人）が打席に立つが、江夏（上地雄輔）は三球三振で仕留める。江夏の力を目の当たりにしたニコガクナインは意気消沈するが、川藤（佐藤隆太）の笑顔と安仁屋のげきで戦う気力を取り戻すと、それぞれのポジションに散っていく。試合の行方を見守る川藤は、「目黒川高校はニコガク野球部の亡霊」だと池辺教頭（浅野和之）に話す。１塁側ベンチに目をやると、生気なく怠惰な態度で、時に仲間と取っ組み合いの争いをしている目黒川ナインがいた。その姿を昔の自分たちと重ね見ているニコガクナインと川藤は、目黒川高校に勝利することが、愚かだった頃の自分たちと決別するためには必要不可欠だと信じて戦う。

目黒川高校との練習試合に勝利し、過去の自分たちと決別したニコガクナイン。その後、他校との練習試合を重ね２勝１分けの戦績を記録し、ニコガク野球部はまさに絶好調。そんなある日、川藤（佐藤隆太）の元に、夏の甲子園の抽選会の知らせが届く。藤村校長（大杉漣）らは、野球部が起こした過去の乱闘事件のことを引き合いに出し川藤に注意を促す。それでも、ニコガクナインの夢への想いの強さを信じる川藤は「期待していてください！」と、校長らに強く宣言する。そんな折、１年生の不良グループがニコガクナインにケンカを仕掛けてくる。果たして、不良たちの目的とは？そしてニコガクメンバーは、彼らの挑発に対してどう立ち向かうのか！？

夏の甲子園・東京予選大会でニコガク野球部が初戦に迎える相手は、以前に練習試合で戦った用賀第一高校だった。スタンドの観客から、暴力事件のことで野次が飛ぶ中、ニコガクナインは大差で圧勝。だが、その翌日のスポーツ新聞には、ニコガク野球部の勝利に水を差す内容の記事が。それを読んだ川藤（佐藤隆太）は、次の試合にも勝利し、自分たちの実力を見せてやろうとげきを飛ばす。その数日後、予選２試合を快勝したニコガク野球部は、否応なしにマスコミから注目されることに。記者からは「本当の実力で３連勝をしたの？」「相手選手を脅して勝ったというウワサがあるけど」などという、下世話な質問ばかりが飛び交う。一方、控え室から出てきた川藤は、モーニングスポーツの記者・吉田実（渡部篤郎）に呼び止められて…。

スポーツ紙に生徒を殴り辞職した過去を取りざたされた川藤（佐藤隆太）は、甲子園予選大会中のベンチに座ることができなくなった。そんな時、安仁屋（市原隼人）、若菜（高岡蒼甫）、関川（中尾明慶）が、不良グループに襲われて負傷してしまう。しかもその騒ぎの責を負い、予選で負けた時点で１年間の公式試合出場停止処分が下されるという。崖っぷちに立たされたニコガクの相手は、あの江夏（上地雄輔）が率いる目黒川高校。「道を切り開くものは自信と勇気だ」という川藤の言葉で、御子柴（小出恵介）がナインにげきを飛ばし、試合は始まった。負傷した脇腹の痛みをこらえてマウンドに臨んだ安仁屋だったが、３回目の守備を迎えた頃には、早くも限界が来ていた。それを御子柴が察し指摘すると、「自分自身で使い物にならないと思ったら自分でマウンドを降りる」と安仁屋。御子柴は、安仁屋の言葉を信じるしかなかった。スタジアムの外でナインを応援する川藤も安仁屋のケガの具合を知り、愕然とするが…。