ちびうさは、一本の角と美しい翼を持つ白馬・ペガサスの夢を見た。そしてペガサスの呼びかける声に、ちびうさはなぜか心を揺さぶられた。その頃、数世紀ぶりに東京で皆既日食が観測された。うさぎたちセーラー戦士も、つかの間の平和の中で奇跡の天体ショーを満喫していた。しかし、それはやがて始まる戦いの予兆に過ぎなかった。東京が暗闇に閉ざされたその隙に、新たな敵デッドムーン・サーカスのテントが出現していたのだ。

新たな敵、デッドムーンは世界征服の野望のために、美しい夢の中に住むペガサスを探していた。アマゾン・トリオのタイガーズ・アイが狙う次のターゲットは、元基の恋人のレイカだった。レイカはこれまでの研究が認められて、ヨーロッパに行くことを勧められていた。しかし、行ってしまえば元基と10年以上離ればなれになるかもしれない。うさぎと美奈子は、2人のことを心配して元基に直接話を聞きにいった。

うさぎとちびうさが、育子ママの作ったレモンパイを巡って大ゲンカ。ちびうさに甘い育子ママに、うさぎは怒って家を飛び出してしまう。その頃、デッドムーンでは新たなターゲットを選んでいた。ホークス・アイが狙うのは、なんと育子ママだった。ホークス・アイに捕らえられて絶対絶命の育子ママ。うさぎとちびうさは変身してホークス・アイに立ち向かう。しかし、ホークス・アイにはセーラームーンの必殺技が効かなかった。

失敗続きのアマゾン・トリオは焦っていた。タイガーズ・アイは、なるを次のターゲットにした。しかし、なるはタイガーズ・アイには目もくれなかった。プライドを傷つけられたタイガーズ・アイは、ペガサスをおびき出すためになるを利用することにした。余命3ヶ月と偽って、なるに近づくタイガーズ・アイ。なるに迫る危機にセーラームーンが駆けつけた。そして、ちびうさの呼びかけにペガサスが現われて…。

衛の高校時代からの同級生、沙織と後輩の小林が衛のマンションを訪ねてきた。衛はうさぎを恋人だと紹介するが、人前でもちびうさとケンカする子供じみたうさぎの様子に、沙織たちは本気にしなかった。しかし、ちびうさは沙織の様子から、沙織が衛のことが好きなのではないかと疑う。もし、衛がうさぎと結ばれなかったら、自分の存在が消えてしまう。そんなちびうさの不安が的中した。沙織が衛をショッピングに誘い出したのだ。

アルテミスの元気がない。原因は、アルテミスが十番教会のシスターに見とれていたと、ルナに言われてしまったからだ。落ち込むアルテミスの前に、突然しゃべる子猫のダイアナが出現。ダイアナから「お父さま」と呼ばれたところをルナに見られてしまったアルテミスは、すっかりルナに嫌われてしまった。その頃、アマゾン・トリオは次なるターゲットを狙っていた。それはアルテミスが見とれていた十番教会のシスター・マリアだった。

ベストセラー小説『月夜の天馬』の作者はまことの親友、高瀬智子だった。昔、まことが勧めて出版社に投稿した小説が大ヒットしたのだ。うさぎたちは、智子のサインをもらうために智子の家に向かう。しかし、智子はスランプで小説が書けなくなっていた。好きだった先輩が、ほかの女の子とデートしているのを見て、すっかり自信をなくして、夢を見失ってしまったのだ。そんな智子のところに、タイガーズ・アイが現われた。

ペガサスの宿主を見つけることができず、デッドムーンは焦っていた。そこでタイガーズ・アイは、誰の影の中にも入ることのできるレムレスを使って、ペガサスを宿主から追い出して捕まえるという計画を立てる。そこでタイガーズ・アイが狙ったのは、ちびうさの学校の美術教師の森野だった。ちびうさは、タイガーズ・アイに襲われた森野先生を助けるためペガサスを呼ぶ。しかし、そのときペガサスの影にレムレスが進入した。

衛の部屋で勉強するうさぎたち。しかしダイアナがマンションの別の部屋で火事が起きたと勘違いしたことで、パニックを起こして衛の部屋が使用不能になってしまった。大学のレポートを仕上げなければならない衛は、レイの家に行くことになる。うさぎは、衛とレイが昔つき合っていたことを心配して、忍者の姿でレイの家に忍び込む。その頃、アマゾン・トリオが次のターゲットを選んでいた。それは、なんとレイだった。

ちびうさは、美しい妖精のイラストが描かれた本に夢中になって、ひとりの青年と正面衝突。その青年こそが、その本の作者の北方だった。その夜、ちびうさはペガサスから、本に描かれた花がペガサスの世界の植物に似ていると聞かされる。翌日、森に北方を訪ねたちびうさは、不思議な女の子と遊ぶ北方を目撃する。しかし、その少女と出会ってから、北方は人が違ったようになってしまった。その少女がフィッシュ・アイとも知らずに…。

亜美は、衛がキレイな女性と一緒にいるところを見かけて、浮気したと勘違い。しかし、その女性は小さな自動車修理工場のオーナーのなつみで、修理に出していた衛の自動車を届けにきただけだった。なつみの夢は、若くして亡くなった夫との想い出のクラシックカーを修理して走らせること。そんななつみの夢を叶えるため、亜美はなつみの工場で働きはじめる。しかし、そんななつみの夢をホークス・アイが狙っていた。

天下一刀流の秋山チハルは、鉄橋下の川原にテントを張り、日本一の剣士になるために修行を続けていた。もっと強くなりたいと思っているちびうさは、ミハルをうさぎの部屋に下宿させることにする。翌日、ミハルが川原でひとりの女性に打ちのめされていた。その女性はミハルの母、冬美だった。うさぎとちびうさは、冬美に文句を言うために秋山家へ向かう。その頃、ミハルのもとへタイガーズ・アイが現われ、勝負を挑んできた。