ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまい…。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュは、謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れ…。

第三皇子クロヴィスのもとからアッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこでルルーシュと対面したカレンは、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主が彼ではないかと疑っていた。そんな彼女に対してルルーシュは、ギアスの力で欺くことに成功する。その頃、クロヴィス皇子殺害の犯人として、スザクが捕らえられていた。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。ブリタニア人たちの見守る中、ゼロはクロヴィス皇子殺害の犯人であると自ら名乗り出て…。

学園内の自室で、ギアスの能力を与えた少女・C.C.と再会したルルーシュ。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.は彼の自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれてしまう。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しなかった。そのような中、ルルーシュが自室に隠していたゼロの仮面を奪われてしまう。ルルーシュは仮面を奪った犯人を追うが…。

サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取したルルーシュは、ブリタニア軍を後退させるが…。

河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かうが…。

弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。

日本解放戦線の本拠地がある成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山に向かう。コーネリアの攻撃に壊滅していく日本解放戦線の部隊。ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言し、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだったが、C.C.の未知なる能力によって行動を封じられてしまう。

思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。