小学6年生の進藤ヒカルは、ある日、祖父の家の蔵で古い碁盤を見つける。その瞬間、碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士・藤原佐為の魂がヒカルの意識に入り込んだ。碁を打ちたいという佐為の強い願いに応え碁会所へ足を運んだヒカルは、同じ年頃の少年・塔矢アキラと出会う。そして、ヒカルとアキラとの対局が始まった。

ヒカルとの対局に衝撃を受けるアキラ。 今まで同じ年頃のライバルらしき存在がいなかったアキラは、ヒカルの繰り出した一手の事が頭を離れず、その存在を強く意識するようになる。一方、佐為のために囲碁教室に通い出すヒカル。そんなある日、子供囲碁大会に顔を出したヒカルは、佐為の言葉を聞き、対局中に思わず口をはさんでしまうが……。

ヒカルとの一局で負けて以来ずっとそのことが頭から離れなかったアキラは、子供の囲碁大会にヒカルが出ているかもしれないと聞きつけ大会の会場に駆けつける。ところが、囲碁にそれほど興味がないヒカルにアキラの真剣な気持ちが理解できるはずもなく、碁に対して不用意な言葉を吐いてしまう。

なりゆきでアキラの父・塔矢行洋名人と対局することになったヒカルは、名人の輝くような碁石の打ち方に圧倒されつつも、自分もあんな打ち方ができたらと思うようになる。そんな中、ヒカルが打った一手は自分でも信じられないほどの輝きを放つ。しかしヒカルは、この一手は佐為が自分のからだを乗っ取って打ったものと思い込み、思わず対局から逃げ出してしまうのだった。

加賀との冬のプール飛び込みを賭けての対局中、通りかかったあかりに気を取られたヒカルは、佐為の指示とは違う場所に石を打ってしまう。気を取り直して対局を続けるヒカルだが、あと半目差で加賀に負けてしまうのだった。しかし加賀と筒井はヒカルの怒涛(どとう)の追撃に驚き、加賀が筒井に囲碁大会の団体戦メンバーが決まったと告げる。そのメンバーとは加賀、筒井、そしてまだ小学生のヒカルだった。

囲碁大会一回戦、葉瀬中は何とか勝ち上がり二回戦に駒を進める。二回戦、大将の加賀は勝ちをおさめるが、副将の筒井は負け。1勝1敗で勝負の行方は三将のヒカルにゆだねられた。だがここで、加賀がヒカルにこの大会で優勝できないと囲碁部は認めてもらえないということを告げる。それを聞いたヒカルは、今の自分の実力では勝てないくやしさに耐えつつ佐為に打ってくれと頼むのだった。

春になりヒカルとあかりは葉瀬中に入学した。ヒカルは、早速筒井のいる囲碁部に入部し勧誘活動を開始するが、地味な囲碁部は他の部の妨害を受け勧誘活動の成果を挙げるのは難しい状況に追い込まれる。しかし、理科担当のタマ子先生から古い碁盤と碁石をもらい、おまけに理科室の使用許可も得て、何とか部らしくなってきた。そんな中、海王中に入学したアキラが葉瀬中を訪れる。

ヒカルと対局するために、海王中の囲碁部に入部したアキラ。だが、その実力ゆえに部内に不協和音が生じる。アキラが入部したことで団体戦のメンバーからはずされる可能性のある青木は、アキラと対局し自ら進退を決する。そんな時、一年生の奥村がアキラに対局を申し込んだ。彼には負けない秘策があるというが……。

どんな手を使ってでもアキラを負かしてやろうと企む伊藤・小島・奥村の三人。二年生の伊藤はアキラを旧囲碁部控え室に呼び出し、部室の掃除をさせながら「目隠し碁」を打たせる。盤面の見えない状況下で伊藤と対局するアキラ。しかし、伊藤の思惑とは裏腹にアキラは圧倒的な強さで勝ちを収めるのだった。そして今度は小島と奥村の二人と同時に対局することになるが、奥村の繰り出す素人の打ち筋が思わぬ伏兵となってアキラを苦しめる。

ヒカルと筒井以外まったく部員の集まらない葉瀬中囲碁部。このままでは今度の大会には、メンバーが足りず出場できない。そんなとき、部員募集のポスターに書いた上級者向けの難しい詰め碁をといた生徒がいた。それを見て大会出場の光が見えたと喜ぶヒカルと筒井は、その生徒・三谷を誘おうと盛り上がる。

対局中に三谷がズルをした。そんな三谷を追って碁会所へ向かったヒカルは、ダケという大人と賭け碁を打つ三谷の姿を見つける。薄暗がりの中、三谷優勢で対局は進んでいたが、突然ダケの反撃が始まった。その圧倒的な強さに唖然とするヒカル。そのときダケの手が不審な動きをする!!

佐為の力を貸りダケから取り返した賭け金をダシに、三谷を囲碁部に入部させるヒカル。だが、筒井は三谷に対する不信感をぬぐえない。一方、海王中囲碁部にいるアキラは、顧問の尹(ユン)先生から葉瀬中の三将がヒカルになった聞き、ヒカルと対局するため自分も三将にしてほしいと訴える。しかし、尹が出したメンバー構成は「大将・塔矢」だった!