12歳のゴンは父と同じハンターになるため、育ての親であるミトさんとのある約束を果たし、ハンター試験の旅へと出た。試験会場へと向かう船で、ゴンは同じハンター志願者のレオリオとクラピカに出会う。彼らはお互いを良く思わず、いざこざが始まってしまい・・・。

試験会場のある街に着いたゴン、レオリオ、クラピカの3人は、船長のアドバイス通り、試験会場への近道を目指す。途中にあるスラム街に入ったところに、3人を老婆たちが待ち構えていた。老婆は3人へ、答えられなければ試験に即失格のクイズを出す。

キリコに連れられて、ついに試験会場の中に入った3人。会場にはすでに多数の受験生たちがひしめいていた。試験のベテランだと語るトンパ、不気味な雰囲気をだすヒソカ、おしゃべりな忍者のハンゾー、そしてスケボーを手にした少年キルア。いよいよ1次試験が始まる。

1次試験は、2次試験会場まで試験官サトツについて行くこと。ゴールの見えない単調なコースに数名の脱落者が出始めていた。クラピカと共に走るレオリオにも余裕がなくなっていたが、ハンターへの執念からなんとかついていく。80キロ地点をこえたところで目の前には階段、さらにはサトツのペースも上がり・・・。

長い地下トンネルを抜けた受験者に待ち受けたのは、霧の濃い湿原地帯だった。見晴らしが良くないことで、様々なモンスターに襲われる受験者たち。ゴンとキルアは前の方へと走っていたが、後ろを走るレオリオとクラピカの目の前では、ヒソカが受験者たちに囲まれていた。

ヒソカとの対峙の後、ゴンたちは2次試験会場に無事たどり着くことができた。2次試験を担当する試験官はメンチとブハラ。彼女たちが出す課題は、料理をつくることだった。美食ハンターのメンチを満足させる料理を作るため奮闘する受験生たち。はたして、メンチを満足させる料理は出てくるのか・・・。

2次試験を無事に終えたゴンたちは3次試験会場へ向かうため飛行船に乗っていた。飛行船の中を探検していたゴンとキルア。二人は探検中にでくわしたネテロとゲーム対決をすることになった。しかも、ネテロが持っている球を奪うという単純なゲームなのに、勝てばハンターの資格をもらえるという。

飛行船がついた先は3次試験会場トリックタワーの屋上、制限時間72時間以内に地上に生きてたどりつけば合格。なんとかタワー内に入ることができたゴン、キルア、クラピカ、レオリオ。しかし、それ以上は5人のメンバーが揃わないと前へ進めないようになっていた。あと1人は誰が来るのか・・・。

4試合中3勝しなければならないゴンたち。2試合目はローソクの火が先に消えると負けの勝負にゴンが挑んだ。しかし、ゴンのローソクには仕掛けがされていた―。続くクラピカは連続殺人犯のマジタニとデスマッチをすることに。勝負を受け入れたクラピカだが、マジタニの背に幻影旅団の証であるクモの刺青を発見し・・・。

ゴンとクラピカが勝利し、2勝1敗になったかと思われたが、マジタニは気絶しているだけでクラピカの勝負は決着がついていないと敵に主張される。とどめを刺さないクラピカに対して焦りから苛立ちを募らせるレオリオ。5人の間に不穏な空気が流れ始め、時間ばかりが過ぎていく・・・。

レオリオが制限時間をチップに行っている賭け勝負。気付けばレオリオの残りチップは10時間になっていた。窮地に立たされたレオリオが選んだ賭け勝負はジャンケン。自信満々のレオリオだったが、まんまと相手の心理作戦に負けてしまう。2勝2敗、後がない状況で勝負の行方はキルアに託された。

50時間の待機時間を5人はそれぞれに過ごしていた。やっと再スタートを切り幾度と無く多数決で難関を切り抜け残り1時間のときに2つの扉の前にたどり着く。一つは5人で行けるが長く困難な道。もう一つは3人しか行けないが短く簡単な道。再び多数決で行く道決めなくてはならない5人が進んだ道とは・・・。