若き科学者で天才レーサーの本郷猛は、世界征服を企む悪の秘密結社・ショッカーに誘拐され改造手術を施されてしまう。だが、脳改造手術の直前、ショッカーに捕えられていた緑川博士の機転により脱出に成功するも、二人を追ってきた蜘蛛男の手によって博士を殺されてしまった。

選手権で優勝した本郷に花束を渡そうとしたモデルが突然牙を剥いて襲いかかってきた。不審を抱いた本郷が彼女の部屋を調査すると、そこはショッカーの人体実験室と化していた。一方、本郷が父・緑川博士を殺した犯人と信じて追って来たルリ子は蝙蝠男の毒牙にかかってしまう。

ショッカーは怪人さそり男の実験台として強制労働者たちを解放した。10分間逃げ延びれば自由の身になると知らされた労働者たちだが、さそり男の手によって次々と抹殺されてしまう。だが、ショッカーは本郷を罠にかけるため一人の老人をわざと取り逃がした。

遊園地の植物園で行方不明者が続出。姉の雪江をさらわれた健二少年は、姉が巨大なキングサラセニアンに襲われたと訴える。少年の言葉を信じて現場の調査を開始した本郷はショッカーの襲撃を受ける。

謎の地震が多発する中、本郷は幼なじみの地震学者・雨宮ちか子から「大地震を起こそうと企むものがいる」との連絡を受ける。久しぶりにちか子と再会した本郷を怪人かまきり男が襲った。本郷はちか子を守ろうするが、ショッカーに操られているちか子は、遂に核爆発による人工地震計画を完成させてしまった。

元海軍中佐の砂田がカメレオン男に襲われた。目的は砂田が所有する潜水艦の模型。そこにはナチスの秘宝に関する秘密が隠されていたのだ。だが、危機に気付いた本郷はこれを阻止し、隠されていた地図を手がかりにナチスの鉄箱を手に入れる。

落し穴に落ちた仮面ライダーは無風の密室の中でパワーを失い、本郷の姿に戻ってしまった。危機に瀕した本郷だが、ショッカーが奪った鉄箱がニセ物であることを告げ、本物のありかと引き換えに辛くも窮地を脱した。本物の鉄箱を追ってカメレオン男は大阪へ急行する。

影村めがね店でめがねを作った人が次々と行方不明になる事件を知った本郷は調査を開始。だが、囮となってめがねを作ったルリ子までもが行方不明になってしまう。めがね店の車を追跡し、ショッカーのアジトに辿り着いた本郷は、めがねをかけた人間を超音波で操り、毒ガス工場の奴隷に変えてしまう蜂女の企みを知る。

金の保管庫を襲撃したコブラ男は、ガードマン・近藤の飼い犬に吼えられ、キバを落としてしまった。キバを求めるコブラ男は近藤を襲撃、近藤の息子・武彦も人質に取られてしまったことで、本郷もショッカーの手に落ちてしまう。本郷に再度の脳改造の危機が迫る。だがその時、本郷を追って立花藤兵衛が現れた。

ショッカーの協力者である綾小路生物研究所の綾小路律子は、「動物買います」という広告で動物の血を集め、さらには動物を持ち込む人々を捕らえていた。犬を失って悲しむ少年から事件を知った本郷は、綾小路研究所へ急行する。一方、コブラ男は、用済みとなった律子を始末し、研究所の金を狙って暗躍を始める。

ショッカーはこれまでの怪人の長所を集め、怪人ゲバコンドルを作り出した。だが、ゲバコンドルには若い女の生き血が必要であり、ショッカーは教会に罠を張り巡らせると結婚式を挙げる新婦を狙った。本郷のライバルであるレーサー・滝和也は、教会での挙式の最中にショッカーによって新婦をさらわれてしまう。

殺人光線を発明してしまった白川博士は、この発明を封印しようとしていた。だが、助手の柴田が怪人ヤモゲラスに改造され、殺人光線を狙って暗躍を始める。博士は秘密を隠すために事情を明かさず、妹のペンダントに秘密を隠す。だが、ショッカーはペンダントを奪い、殺人光線デンジャーライトを完成させてしまう。