人類が謎の現象により石化して数千年――。文明が滅びた石の世界(ストーンワールド)で一人目覚めた千空は、超人的な頭脳と科学の力で、ゼロから文明を作り出していく。そんな中、武力で科学を制圧しようとする獅子王司に対抗する為、千空は科学王国の仲間と共に、情報戦の最強武器“携帯電話”を完成させた!新たな科学クラフトも投入し、司帝国との決戦準備を進める千空に、ゲンはある極秘の作戦を持ち掛ける……!

ついにストーンウォーズ開戦の火蓋が切られた!完成したケータイを密かに司帝国に設置する為、まずは司軍の監視役・ほむらの捕獲作戦を実行する。音爆弾でほむらを誘導し、科学のびっくりドッキリアイテム〝閃光玉〟を炸裂させる千空!しかし、体操選手の様な素早い動きのほむらを、あと一歩の所で逃がしてしまう。ケータイを運ぶクロム達に追い付かれる前に、千空は科学の追跡システムでほむらを追いかける!

司軍の監視役・ほむらを捕まえ、ついに科学王国と司帝国を繋ぐ〝ホットライン〟が開通!司帝国にスパイとして潜入していた大樹と杠とも、1年ぶりに電話越しの再会を果たした千空。一方、司帝国で弓使いの見張り役・羽京に見つかってしまったクロム達。なんとか科学王国に舞い戻ったゲンは、早速、極秘の偽リリアン大作戦をスタート。まずは大樹達の監視役・ニッキーを仲間にしようと試みる!

千空とゲンの極秘作戦で、まずは司軍の監視役・ニッキーを仲間に引き入れた。リリアンのガチファン・ニッキーによるスパルタ特訓で、更に仲間を増やそうと企む千空達。しかし、村に戻ったマグマから、クロムが司軍に捕まったと聞き、救出の準備を急ぐ!一方、羽京に捕まり、奇跡の洞窟へと連行されたクロム。そこでついに、石神村の科学使いと武力帝国のリーダーが顔を合わせる……!!

大量の科学グッズを司帝国に運ぶ為、“自動車”を作る!と宣言した千空。蒸気機関を完成させ、竹製のタイヤを装着、科学の怪力モンスター“スチームゴリラ号”が誕生した!村に残る老人達に、必ず勝利して帰る事を約束し、司帝国へ出発する千空達。名探偵スイカの偵察により、クロムが竹の牢に幽閉されていると知った千空は、クロム奪還の為に、スチームゴリラ号の更なる大改造パワーアップを発案する!

司軍との戦闘に備え、スチームゴリラ号を自動車から防御力最強の“戦車”へ、大改造する千空達。一方、司帝国に幽閉中のクロムは、千空達の助けを待たず、自力での脱獄を企てる。元警察官の牢屋番・陽が監視する中、クロムは脱獄への手がかりとなりそうな材料集めを開始。科学使いのプライドを賭けた、決死の脱獄劇を決行する……!

科学の知識で司軍の牢屋番・陽を出し抜き、見事自力での脱獄を果たしたクロム。一方、ケータイを使った偽リリアン大作戦で、着々と仲間を増やすゲン達。しかし、耳が異常に良い羽京にレコードの歌を聞きつけられ、その声がゲンによる偽物とバレてしまう。絶対絶命の千空達に、羽京は杠の〝極秘のミッション〟を目撃した事から、ある取引を持ち掛ける。

大樹・杠とも合流を果たし、ついに、VS司帝国の最終決戦に臨む千空達。火薬や復活液の材料、硝酸が取れる〝奇跡の洞窟〟を攻め落とす為に、与えられた時間はわずか、20秒!誰一人死なない無血開城をルールに、パワーアップしたスチームゴリラ号で一気に突撃!音響兵器・ショックキャノンも投入し、奇跡の洞窟・完全制圧に挑む!!

奇跡の洞窟を制圧した千空達。しかし、作戦に気づいた司と氷月の登場で、形勢逆転。切り札だった火薬作りの薬品も破壊され、二人の圧倒的な武力の前に成す術がない科学王国軍。それでもコハク達は、千空が作り出す勝利の道を信じて戦い続ける。そして、千空は残された最後の希望から、最強の科学武器を作り出し、空へと放つ……!!

残された材料から〝ダイナマイト〟を作り出し、司軍との戦いに勝利した科学王国。千空は、一時停戦を条件に、脳死状態の司の妹・未来を復活させると約束する。石像を見つけ出し、復活液により命を吹き返した未来と、数千年ぶりの再会を果たす司。そんな中、クロムはダイナマイトが何者かによって、一つ盗まれていることに気がつく。捕らえていたほむらも脱走し、司帝国に緊張が走る。

突如反旗を翻した氷月の手により、重傷を負った司。それでも最後の力を振り絞り、千空との最強タッグで氷月を撃退!長い戦いに終わりを告げた。今度こそ、全員の力で一から科学王国を作り上げると宣言する千空。しかし、槍で胸を貫かれた司の傷は深く、助ける治療の手立てはない。千空は、司の命を救う唯一の手段のために、ある決意をする!