34歳・童貞・無職の引きこもりだった男は車に撥ねられ、その一生を終える……はずだった。しかし、男が次に目を覚ましたとき、そこは剣と魔法の異世界であった。少年・ルーデウスとして転生した男は考える、この世界ならば、自分も本気で生きていくことができるかもしれない……と。

3歳という幼さで魔術の才を見せたルーデウスに、家庭教師が付くことになった。無愛想でジト目のロリっ娘なロキシー師匠による魔術の授業で、めきめきと成長するルーデウス。そして月日が流れ、ルーデウスはロキシーにある試験を課される。しかし、その試験のためにはルーデウスは前世のトラウマを乗り越える必要があった。

村はずれでいじめの現場を目撃したルーデウス。その光景に前世の苦い記憶を思い出しながらも、いじめられていた子供・シルフを助ける。前世でできなかったことを少しずつ“やり直す”と決めていたルーデウスはシルフと友達に。この世界で初めての友達に魔術を教え始めるのだが……。

ルーデウスの母・ゼニスの懐妊に、喜びに沸くグレイラット家。だがそのひと月後、メイドのリーリャまで妊娠していることが発覚する。しかもその父親はあろうことか…。修羅場必至、一家の一大事に直面したルーデウスは機転を利かせて……。

パウロによってロアの町に送られたルーデウスは、パウロの知り合いであるギレーヌに連れられ、ボレアス家の息女・エリスの家庭教師を務めることになった。しかし、そのエリスは一筋縄ではいかない暴れん坊お嬢様で、ルーデウスは傍若無人なエリスを躾けるため、ある計画を実行するのだが……。

誘拐事件が幕を閉じ、正式にエリスの家庭教師として働くことになったルーデウス。エリスとギレーヌに算術や魔術を教える傍ら、ギレーヌから剣術を教わるというハードながらも平穏で充実した毎日が続いていた。しかしある日、休みのない授業のストレスでエリスが再び狂暴になってしまい……。

10歳の誕生日を迎えるエリス。その日には盛大なパーティーが開かれる予定だが、エリスはダンスが大の苦手。そんな彼女のために、ルーデウスは練習に付き合う。その甲斐あってエリスは次第に上達していく。そして誕生日当日が近づくある日、ルーデウスのもとにロキシーから手紙が届き…。

ルーデウスがボレアス家に来て3年が経ち、エリスたちはルーデウスの10歳の誕生日を祝うためにこっそりとパーティーの準備を進めていた。ルーデウスはエリスたちのサプライズに気づきながらも知らないふり。そんな穏やかな日々に、ルーデウスは幸せを感じていた。そして誕生日当日、ルーデウスの自室には意外な人物の姿が…!?

謎の光に包まれたルーデウスの前に、神を自称する存在“ヒトガミ”が姿を見せる。ヒトガミとの邂逅を終え、次にルーデウスが目覚めると、そこは魔大陸の荒野だった。さらにそこにはひとりの男の姿が。その男は、かつてロキシーから「絶対に近づかないように」と教えられたスペルド族の特徴である緑色の髪と額に宝石のような石が付いていて―!

ルーデウスたちはミグルド族の村を離れ、リカリスの町へと向かう。町の検問で、ルイジェルドが“デッドエンド”として恐れられていることを実感したルーデウスは、スペルド族汚名返上の作戦を思いつく。

ルーデウス、エリス、ルイジェルドがギルドの魔物調査の依頼で石化の森へ向かうと、そこには同じ依頼を受けた2組の冒険者がいた。早い物勝ちで依頼を遂行しようとする中、ルーデウスはある判断を迫られる。一方、ロキシーは転移事件が起きたフィットア領にあるルーデウスの家を訪れるが…。

魔大陸最南端の港町・ウェンポートに到着したルーデウスたち。3人は船でミリス大陸へ渡ろうとするが、スペルド族がいるという理由で途方もない渡航費用を請求されてしまう。その夜、資金不足に悩むルーデウスの夢にヒトガミが姿を現すと、彼に助言を残していく。翌日、ルーデウスが町の中を散策していると、お腹をすかせた謎の少女と出会う。