ある夜の事、人知れず世界が変わろうとしていた。/寝静まった一軒の家、高校生の泉新一のもとに人間の脳を食べ、寄生するパラサイトの卵が降ってきた。/パラサイトは寝ていた新一を襲うが抵抗され脳への侵入に失敗、拍子で右腕に宿ってしまう。/右腕を食われた泉新一と右腕に寄生したパラサイトとの奇妙な生活が始まる。

泉新一と右腕に寄生したパラサイト。/共に意に沿わない形での共生生活を過ごす中、右腕のパラサイトは自ら「ミギー」と名乗った。/新一は友人の裕子から世界各地で「ミンチ殺人」が起きている事を聞きパラサイトが関わっている事を察する。/自分だけが知っている状況にもどかしく思う中、新たなパラサイトの影が迫る。

日に日に「ミンチ殺人」の被害者の数が増えていく中、真相を知る新一は葛藤に頭を悩ませていた。/通学中、突如ミギーから仲間が近くにいると聞かされ、向かった先で新一は愕然とする!新一が通う「西高」であったのだ。/全校集会で新一が警戒する中、一人の美麗な女性教師が壇上に立ち、新一はそれと目を合わせてしまう。

殺人鬼A事件のその後、普段の生活を取り戻すが新一に元気が戻らない。/心配に思った母、信子が新一に話をかけるが誤魔化す様な態度をとる新一。/新一の様子がおかしい事を信子は夫の一之に打ち明けると、昔の事故が原因ではと諭される。/思わず見る信子の手には古い火傷の傷痕。幼少期の新一との過去が思い出される。

遅刻で道を急ぐ新一は、不良グループに絡まれている長井と遭遇する。/長井を庇う新一。そこに現れる一人の女子高生、君嶋加奈。/新一は里美の手当てを受け、二人は良い雰囲気になるも、旅行先では新一の両親の身に・・・。/鳴り響く父からの一本の電話、ここから新一の過酷な物語が動き出す。

パラサイトと化した母・信子に胸を貫かれた新一。ミギーの懸命な処置のおかげで一命を取り留める。/目覚めた新一は一連の出来事が夢ではなかった事に呆然とする・・・。そこへ病院から連絡が入り、父・一之が重傷で入院していることを知る。父の身を守るため!そして母の仇の為、桜崎へと向かう。

母の仇であるパラサイトを発見したと思いきや、その正体はなんと自分と同じ様な境遇に置かれた宇田守であった。/お互いに自分の境遇を語り合う二人。宇田は新一の置かれた現状を不憫に思い、協力することを提案する。/そしてついに決着をつける為、断崖絶壁の崖の上にはパラサイトと対峙する新一の姿が・・・!

両親の件も一応は落ち着き、日常生活に戻った新一。ミギーの細胞が全身に散らばった状態の新一は、身体能力も飛躍的にUPし、ミツオをも軽くあしらってしまう。だがその一方で心も変化しているのではないかと苦悩する。/そしてまた平穏を取り戻しつつあった学校に忍び寄る新たなパラサイトの影が!

島田秀雄に惹かれていく裕子だったが、彼の顔に次第に違和感を覚える。裕子は島田を追っていく中で刑事の兄が関わっている事件と島田とを結びつける。一方で、島田の行動に翻弄されまた一つ人間性を見失い始める新一。そして裕子は踏み入ってはならない核心に迫る。

暴走するパラサイト・島田秀雄。猛獣と化した島田には理性や思考の欠片も残されてはいなかった。逃げ遅れた里美のクラスが島田の餌食となり、校内は一変して凄惨な殺人現場へと化す。血と死体の山を越え、里美を救出するため廊下の先へと進む新一。

日に日に新一の存在は加奈の中で大きくなる。そんな加奈の能力を危惧するが、真実を打ち明けられない新一。再び訪れる当たり前の日常の中で新一への不信感に葛藤する里美。また一方で、暴力団事務所に乗り込む一匹のパラサイト。腕試しの名目で殺される組員達。また新しいパラサイトが新一達の日常を脅かす・・・。

加奈の特殊な能力は日に日にその力を増していく。これ以上ほおっておくことは彼女自身の身に危険が及ぶかもしれないと考えた新一は、加奈にパラサイトのことを全て打ち明ける。加奈を助けたい新一・・・。嘘をつき、はぐらかされていると思い込む加奈・・・二人の気持ちはすれ違う。