警視庁は、未解決事件の捜査強化のため捜査一課弐係（通称：ケイゾク）に加え、特殊な事件を主に扱う未詳事件特別対策係（通称：ミショウ）を設立した。/ミショウの係長はのらりくらりの天才狸と言われた男、野々村光太郎（竜雷太）。/そんな野々村の下に、トラブルを起こして飛ばされてきた２人の部下がつけられた。/１人は、当麻紗綾（戸田恵梨香）。IQ２０１と頭が異常によく、京大在学中にFBIにもぐりこみX-FILEの研究をしてきた変わり者。/もう１人は瀬文焚流（加瀬亮）。警視庁の花形である警視庁特殊部隊（SIT）に大抜擢され２７才の若さで小隊長まで上り詰めた凄腕だが、ある事件で部下を誤射しミショウに飛ばされた。/そんな強者揃いのミショウに、正義党代議士の五木谷春樹（金子賢）とその秘書である脇知宏（上川隆也）が相談にやってきた。占い師・冷泉俊明（田中哲司）に、五木谷グループ創立１５周年記念パーティーの際に五木谷が殺されると予言され、さらに殺されたくなければ２億円を払えと要求されたと言うのだ。/強引にパーティー当日の護衛を頼まれた野々村だが、警備部には取り合ってもらえず。仕方なく、ミショウの面々が五木谷のSPをすることになるが…。

警視庁公安部公安第五課、未詳事件特別対策係。通称・ミショウの刑事、瀬文焚流（加瀬亮）と当麻紗綾（戸田恵梨香）は共に追っていた事件で左腕を負傷。犯人に銃を奪われ撃たれたと警視庁の聴聞委員会で発言するが、瀬文が犯人を射殺したのに嘘をついていると聴聞委員は怒り心頭。一方の当麻は、聴聞委員会をわざとサボっていた。目の前で起きた事実を話したとしても、警察の上層部から目をつけられるだけだと分かっているのだ。/そんなある日、ミショウに神父の大島（佐野史郎）が相談にやって来る。/その神父はボランティアで死刑囚の話を聞く教誨師（きょうかいし）もやっていて、桂小次郎（山内圭哉）という死刑囚が「警察に挑戦する」「自分には神の力が宿った」と語っているのだと言う。神父が語る神の力をもつ死刑囚の話に興味津々の当麻は、１０年前に起きた未解決事件「青山華道家死体なき殺人事件」の再捜査を行うことに。/桂からの挑戦「２４時間以内に事件を解決しなければ、自分が犯人に裁きを下す」に真っ向勝負するつもりだ。当麻と瀬文は、死刑囚より先に真犯人を確保すべく動き出す。

ある夜、瀬文（加瀬亮）は海野（安田顕）から植物状態の志村（伊藤毅）を治せる医者がいるかもしれないと言われる。その人物は“神の手”と呼ばれる細胞を再生する能力を持っていると言うのだが…。/そんな中、当麻（戸田恵梨香）と瀬文は公安の上層部から張り込みを命じられる。事件の詳細は説明されず、ただ「見ていれば分かる」とガソリンスタンドの地図を渡される。２人が指定された時間にガソリンスタンドに向かうと、アルバイトの武藤（清水優）が突然ガソリンをバイクにかけ始めた。さらには、他の店員や駆けつけた当麻にもガソリンをかけ、火をつけようとする。間一髪、瀬文が武藤を押さえ込み大惨事は免れたのだが…。/武藤はなぜか京都弁で「このバイト君には罪はないんよ。わたしが憑依してイタズラしてるだけやねんから」と言う。誰かが武藤に憑依して事件を起こしたらしいが、もちろん警察は全く信じない。すると今度は、林実巡査（正名僕蔵）に憑依してみせる。さらには、自分の能力を証明するために、日本中の林実に片っ端から憑依して見せると宣言し、姿を消してしまう。その後、宣言通り林実という人物ばかりが憑依される事件が多発。そして、ついに林実（村杉蝉之介）による殺人事件が起こってしまう。殺されたのはIPS細胞研究の第一人者・中山教授（山浦栄）で、林は中山教授の愛弟子だった。林は「何かに、取り付かれた時間があったような気がする」と言うのだが、果たして！？

ある日、警視庁公安部公安第五課、未詳事件特別対策係、通称“未詳”に相談者がやって来た。捜査一課弐係、近藤係長（徳井優）に連れられた相談者は古戸久子（奥貫薫）。自殺者遺族ネットワークの会長を務める人物で、昨夜、１年前に自殺した娘から「幹事に殺される。助けて」とのメールが届いたのだと言う。/久子によると娘・美智花（三浦由衣）は、自殺サークル“パーフェクト・スーサイド”に入っていて、１年前の１０月３０日に自殺すると言い残し家を飛び出した。その３日後、美智花の遺書と遺品が送られてきたが、死体は見つかっていない。/実はこの自殺サークル、「死体をこの世に残さない」のが掟。美智花の死を納得できずにいた久子は娘から届いたメールを見て、娘がどこかで生き延びていると確信。そして、自分に助けを求めているのだと…。/当麻（戸田恵梨香）は久子に届いた「死者からのメール」に興奮し、そのサークルの参加者を調べ始める。あっという間に手がかりを見つけた当麻は、瀬文（加瀬亮）、近藤、そして久子と共に、“パーフェクト・スーサイド”で家族を失った遺族への聞き込みを開始する。

当麻（戸田恵梨香）と瀬文（加瀬亮）が念動力のスペックを持った犯人と格闘していると、何者かが未詳にやって来て当麻と瀬文を攻撃。犯人をさらって行く。意識が戻った当麻は瀬文に「あたしたち、気をつけないと消されるかも」と伝える。/ある夜、瀬文はSIT時代の先輩で元刑事の里中（大森南朋）に呼び出され、久しぶりの再会を楽しむ。結婚して１人娘をもった里中は、瀬文に警察ではない普通の人生、普通の家庭の幸せを勧めるが、瀬文は「どうしても決着をつけたい事件がある」と言葉を濁す。/翌朝、未詳に公安部公安第五課の秋元課長代理がやって来た。ここ１ヶ月の間に公安の刑事５人が次々と亡くなった事を調べて欲しいというのだ。実は、５人とも優秀な潜入捜査官。死因はあくまでも病死だが、もし計画的な犯行となれば公安への挑戦とも取れる。早速、当麻と瀬文が捜査を始めると５人が健康診断を１ヶ月以内に受けていたことが分かる。/そんな中、再び秋元が未詳にやって来た。瀬文が公安の超高度機密データベースに侵入した痕跡があるため取調べに来たのだ。野々村（竜雷太）は瀬文に「IDカードをコピーした相手に心当たりあるだろう」と問う。/強い覚悟を持った瀬文と当麻は、里中のマンションを訪ねる。しかし、里中は南アフリカに出張中で留守だと妻・小百合（西原亜希）に告げられ…。

瀬文（加瀬亮）が慕っていた里中（大森南朋）が何者かに撃たれ命を落とした。公安の現役潜入捜査官だった里中の死は、出張先の南アフリカで火災に遭い焼死したと妻の小百合（西原亜希）に告げられた。/里中の初七日の日。当麻（戸田恵梨香）と瀬文は小百合から「夫の死が、腑に落ちない」と相談を持ち掛けられる。出張の前日、里中の本棚や荷物が整理されていたのが気になるのだという。瀬文は事故だと言い切るが、小百合の言葉が気になる当麻は、里中の部屋を調べることに。すると、部屋が何者かによって片付けられた事が判明。里中に何かしらの証拠やメッセージを残されると困る集団の存在を感じた当麻は、その証拠を探すため小百合の手荷物を調べ始める。/ついに、里中が遺したメッセージを発見した２人はその内容を見て驚愕する。彼が命をかけてまで遺そうとしたのは、公安の機密データベースから盗んだ情報で、公安の保護施設、そしてスペックホルダーのリストだった…。

ある夜、瀬文（加瀬亮）は美鈴（福田沙紀）から志村（伊藤毅）が強制尊厳死を宣告されたと聞かされる。瀬文の元部下である志村は、長い間植物状態が続いており、警察病院からついに宣告されてしまったのだ。/瀬文は以前、海野（安田顕）から聞いた“病を治す能力”を持った男なら志村を救えると思い、男の居場所を突き止めるために当麻（戸田恵梨香）と共に、スペックホルダーのデータを調べ始める。そして、予知能力者・冷泉（田中哲司）ならば、予言で病を治す人間の居場所が分かるだろうと予想。冷泉の居場所を探し出し、話を聞こうとする。/その矢先、未詳に「新宿のシンデレラ」ことサトリ（真野恵里菜）と名乗るギャルがやって来た。サトリは人気の占い師で、人の心を読む能力があると言う。そのサトリが、「公安に匿われている冷泉の身柄を奪還する」と宣言に来たのだ。サトリは瀬文の心から、冷泉が保護されている場所を読み取り、姿を消す。/冷泉の居場所を絞り込んだ当麻は、サトリに勝つ為にサトリの能力を封じる手段を必死に考える。そしてついに、サトリの攻略法を思いつくのだが…。

当麻（戸田恵梨香）は、冷泉（田中哲司）から得た情報を元に、ようやくニノマエ（神木隆之介）の自宅にたどり着く。/一方、瀬文（加瀬亮）は、どんな怪我や病気も治せるヒーラーを探し、ある部屋を訪れていた。するとそこには、１人の野球少年の姿が。少年はその容姿とは似ても似つかぬ声で「我々の条件をクリアしろ！」と指示する。その条件とは、公安の裏の特殊部隊を率いる津田（椎名桔平）を見つけ出し、引き渡せというもの。瀬文は、要求を受け入れる代わりに、そのヒーラーの能力が本物かどうかを確認させろと詰め寄る。植物状態の志村（伊藤毅）を救うため、瀬文は警察を裏切る覚悟なのだ。その頃ずっと追い続けていたニノマエと対面した当麻は、ニノマエの意外な言葉に驚愕。一瞬の隙をみせ、返り討ちにあってしまう。

当麻（戸田恵梨香）と瀬文（加瀬亮）は、特殊能力者対策特務班、警視庁公安部公安零課の存在を突き止める。その囮であった未詳がそれに気付いたことで、上層部は未詳の取り潰しを決定する。ところが、当麻と野々村（竜雷太）は、電気も水道も止められた未詳で、じっと瀬文の帰りを待っていた。/その頃、瀬文は美鈴（福田沙紀）のアパートを訪れていた。スペックホルダーに翻弄され命を落とした志村（伊藤毅）の位牌に線香をあげに来たのだ。「兄の為にも自分の人生を歩く」と言う美鈴は、瀬文に「兄の敵は考えずに、生きてください」と頼む。しかし、瀬文は志村の敵討ちを心に誓っていた。そんな瀬文の前に津田（椎名桔平）と名乗る男が現れ、瀬文にある取引を持ちかける。津田の話を聞いた瀬文は、志村を殺した犯人、そして当麻の腕を奪ったニノマエ（神木隆之介）と決着をつける覚悟を決める。/一方、仲間に裏切られたニノマエは、逆らう人間に虐殺と威嚇を繰り返していた。そして、ついに野々村に「ニノマエを逮捕せよ」との命が下り、当麻も決意する。人間の可能性を信じる者と閉ざそうとする者の戦いが、ついに始まる。

瀬文（加瀬亮）は、１人でニノマエ（神木隆之介）に戦いを挑むが、ニノマエのスペックを前に満身創痍。絶体絶命のピンチに陥る。/そこへ、当麻（戸田恵梨香）が現れた！！当麻の命を懸けた作戦は、ニノマエのスペックを逆手に取り、追い詰めることに成功する。しかし、当麻は瀬文、ニノマエと共に生死の境を彷徨うことになる。３日間眠り続け、ようやく目を覚ました当麻。祖母の葉子（大森暁美）や地居（城田優）をほっとさせ、手厚く看病されるが、瀬文はまだ眠りについたまま。ニノマエも瀕死の状態だ。/そんな中、瀬文の見舞いに訪れた美鈴（福田沙紀）は、こん睡状態の瀬文からあるビジョンを読み取る。そのビジョンに愕然とする美鈴は、当麻に真偽を確かめるのだが…。/全ての記憶を振り絞り、巨大な敵に立ち向かう当麻。果たして、当麻にSPECは現れるのか！？