樺太で再会を果たした杉元とアシ(リ)パ。キロランケの死や尾形の逃亡を経て相棒の契約を更新した二人は、他の先遣隊メンバーや白石と共に国境を越えてロシア領を後にする。北海道への帰還を目指してさらに移動を続ける中、鶴見中尉に状況を伝える電報を打つため敷香の街に立ち寄ることにした一行。ところが杉元が味噌を調達している間に、仲間たちが何者かの銃撃を受ける事態が発生ッ！　正確無比な射撃を行う狙撃手の正体とは……!?

土方と牛山は関谷に与えられた毒を飲み、仮死状態で地中に埋められていた。だが、覚醒した牛山が外にはい出し、朦朧とした意識のまま徘徊。そこに居合わせたいじめられっ子の少年・チヨタロウと奇妙な関係を築く。一方、捜索を続ける門倉とキラウ(シ)は関谷から脅迫状を受け取っていた。関谷の要求は、刺青人皮と土方を埋めた場所の交換。しかし、折しも刺青人皮を持つ永倉は不在で、受け渡しまで時間はない。二人はどう動くッ!?

第七師団御用達の登別温泉を訪れた宇佐美と二階堂は、そこで療養生活を送っていた菊田特務曹長と有古一等卒に接触する。同地には情報収集のために按摩に扮した都丹とその仲間たちが出入りしており、菊田と有古は雪山を行き来する不審者の存在から彼らの正体に迫りつつあった。そのことを知った都丹は、自分たちのほうから打って出ることを決断。不審者の捜索に出掛けた菊田と有古を待ち伏せ、夜の暗闇に紛れて襲撃を掛けるッ！

昔日の鹿児島。十四歳の鯉登は、問題行動の多い「ボンボン」として腫れ物のように扱われる毎日を過ごしていた。そこに訪れた鶴見中尉との出会い。鶴見中尉は食って掛かる鯉登の頬を張り、心を許した彼の言葉に耳を傾ける。そして二人は一緒に月寒あんぱんを食べ、いつか再会できた日には友人になろうと約束するのだった。/　それから2年後の函館。海軍兵学校への受験を控えた十六歳の鯉登が、何者かに誘拐される事件が発生するッ！

鶴見中尉が大泊まで来るとの知らせを受け、豊原で待機することになった杉元一行。山でクズリを獲ると意気込むアシ(リ)パは、その前にお祈りをすると言い出す。“新しいアイヌの女”でありながら儀式を大切にする姿を不思議に思う杉元に対し、自分なりの考えを述べるアシ(リ)パだが、どうすればアイヌの文化を残せるのか答えを見出せずにいた。そんな二人の前に活動写真を撮影中という男たちが現れた矢先、樹上からクズリが襲いかかるッ！

大泊に向かう前に登別を訪れた鶴見中尉は、有古が持ち帰った都丹のものとされる刺青人皮を受け取る。だが、翌日になって有古が鶴見中尉の刺青人皮を奪って逃走。向かった先で、彼は死んだと思われていた都丹と合流する。一見、有古の裏切りに見えるこの行動には裏があった。有古と土方陣営の関係を見抜いた鶴見中尉が彼を脅迫し、わざと刺青人皮を持たせて二重スパイとして潜り込ませたのだ。巧妙な罠に対し、土方はどう動くッ!?

大泊で鶴見中尉と対面した杉元一行。もっともらしい口実でアシ(リ)パを杉元たちから引き離そうとする鶴見中尉だが、その魂胆に気づいたアシ(リ)パはアイヌの未来についての考えを問い、アイヌのために金塊が使われないのなら協力を拒むと言い放つ。彼女の態度に対し、額から髄液を垂らしながら笑い出す鶴見中尉。異様な光景を前に周囲の者がたじろぐ中、アシ(リ)パが空に向けて矢を放ち、彼女の意図を感じ取った杉元も行動を起こすッ！

北海道に到着後、宗谷地方にあるアイヌコタンで世話になった杉元たちは、雨竜川で砂金が採れるとの情報を得る。だが付近には人を殺した熊・ウェンカムイも出没しており、何人もの砂金掘り師が犠牲になっているという。当座の路銀を稼ぐため現地に向かった杉元たちは、そこで遭遇した砂金掘り師の平太の教えを頼りに砂金掘りを開始する。そんな折、ウェンカムイが近くにいると言い出した平太がひとりで姿を消す事態が起こり……!?

平太の死で杉元たちの砂金掘りは頓挫した。だが、平太が持っていた砂金の標本から金塊の産地となった川に脱獄囚の海賊房太郎がいるとわかり、次の標的に定める。同じ頃、土方のもとには樺太で杉元たちの前から姿を消した尾形が姿を現していた。尾形は土方に、網走監獄潜入後の出来事に加えてソフィアの存在とアシ(リ)パが暗号を解く鍵を思い出したことを報告。そんな中、札幌で脱獄囚の犯行と思われる連続娼婦殺人事件が発生するッ！

大泊で杉元たちと行動を共にすることができなかった谷垣。彼は鶴見中尉からインカ(ラ)マッが自分の子を宿していると知らされ、解放する代わりにアシ(リ)パを連れ戻すよう命じられていた。だが北海道に戻った谷垣は、インカ(ラ)マッとこれから生まれてくる子の傍にいる道を選択。彼女が入院している病院を突き止め、ついに二人は再会を果たす。しかしそこに見張り役の月島が現れ、鶴見中尉の命令を反故にした谷垣に銃口を突きつけるッ！

土方と鶴見中尉の両陣営が札幌で起きた殺人事件を調べている頃、杉元たちは空知川流域にあるアイヌコタンを訪れていた。そこで変な刺青をした男を見たとの情報を入手し、目撃場所の歌志内へと向かった一行。しかし聞き込みの末に見つけたのは顔中に刺青を入れた男で、杉元たちは脱獄囚でないと判断。別れ際にアシ(リ)パが脱獄囚しか知り得ない内容の言葉をその男が発したのを耳にするも、姿を見失ってしまう。男の正体は一体……!?

房太郎が客室にいる間、彼と手を組むかどうかで杉元と白石の意見は分かれていた。難色を示す杉元に対し、提案に乗ることに前向きな白石。だが杉元の荷物を見て自分が標的だと気づいた房太郎は、戻るなり二人を始末しようとする。アシ(リ)パがそれを防ぎ、再び戦闘状態となる杉元と房太郎。木の枝にぶつかって川に落下したあとも戦いは続き、房太郎は杉元を川底に引きずり込む。水中での活動に長けた房太郎を相手に杉元の勝機はッ!?