ウルトラマントリガーが地球の危機を救ってから数年後、人類の目は宇宙へと向けられていた—。/そんな時、謎の球体・スフィアが襲来！地球への進撃が始まる。煎餅店の息子・アスミ カナタが、目の前で繰り広げられる惨状に、人々を守ることを決意した時、光に包まれる！！/そして現れた姿は、新たなウルトラマン！？

TPU訓練校に入学したカナタは、イチカ、リュウモンたちと共に 行軍訓練を行うことになるのだが、カナタは考えの違いからリュウモンと衝突してしまう…。/そんな時、3人の目の前にデスドラゴが出現する！！/果たして、カナタはこの危機を乗り越えられるのか！？そして、3人は無事GUTS-SELECTの隊員になれるのか！？

GUTS-SELECTに配備された新型機・GUTSホーク。その威力を発揮するためにはパイロットであるAI「HANE2」との連携が不可欠だ！ってことなのだが、彼とのコミュニケーションの取り方に四苦八苦のカナタたち…。さらには、出現したゴモラにも苦戦してしまう。/負けるなデッカー！　新たな力で乗り越えるぞ！

さびれた温泉街に突如謎の巨大カプセルが出現！町長は写真撮りまくりで喜んじゃってるけど…？/そんな中でモンスアーガーまで出現して、町もGUTS-SELECTも大混乱！！　事態を収めるため、期待の新装備・GUTSグリフォン合体へのカナタたちの奮闘が始まる！

街に突如現れたエレキング！　その現場でイチカが出会った謎の少女ユウコ。最近エレキングが電気を盗み食いして回っているが、果たして両者に何か関係があるのだろうか？ /そしてユウコと出会ったイチカの様子も何だかおかしい。彼女のまっすぐな想いはどこに向かうのか！？

天変地異の前触れと言われるササメダケの花が咲いた！　そして空には金色の虹が現れる！　更には、それに呼応するように地底怪獣までもが動き出す！　/未曽有の事態の中で負傷してしまうリュウモン。カナタは彼を励まそうとするが…/果たしてリュウモンが見つめる先にあるものとは？

地下で観測された謎のエネルギー。その正体は、まさか！　10年前に倒されたはずの闇の存在！？　/衝撃の事実に困惑するカナタたちGUTS-SELECTの前に、空からあの伝説の巨人・ウルトラマントリガーが舞い降りる！　デッカーとトリガー、2体の光の巨人と闇との戦いが今始まる！！

花粉をまき散らし人々を夢の世界へ誘う謎の巨大植物が発生！　その姿はマナカ ケンゴが皆を笑顔にするため育てたはずのルルイエだった…！？/事態を収拾しようとするカナタやケンゴたちの前に懐かしい顔も現れ、GUTS-SELECT総動員の駆除作戦の幕が開ける！

カナタの前に現れた少女・ミカ。彼女は自分の父とカナタ＝ウルトラマンデッカーを勝負させたいと言う！？　ミカの父は、宇宙最強の格闘チャンピオン・グレースであるというのだが…。/デッカーVSグレースは無事実現するのか？果たしてその結末は！？

街に現れては様々な怪獣を倒して去る、という行動を繰り返す謎の怪獣・ネオメガス。カイザキ副隊長は、その真相を究明しようと奮闘するのだが、その中でかつての恩師の言葉を思い出す。/その言葉に秘められた恐るべき真実がカナタたちGUTS-SELECT、そしてウルトラマンデッカーの前に立ちはだかる！！

遂に！　遂に！！　GUTS-SELECTに新装備としてロボットが配備されることになった！　その名は「テラフェイザー」！！/皆が憧れていたロボット装備に沸き立つカナタたちだったが、なぜか起動テストを行おうとするテラフェイザーの前に次々と怪獣が現れる！！　ウルトラマンデッカーが怪獣と戦う最中、無事にテラフェイザーは出撃できるのか！？

残存していたネオメガスの細胞からスフィアネオメガスが誕生する。その圧倒的なパワーに、ウルトラマンデッカーとGUTS-SELECTは苦戦を強いられる。/成す術ない状況に打ちひしがれるカナタたちだったが、互いに励ましあいテラフェイザーを中心とし総力を結集した反撃作戦を開始する！