密貿易であぶく銭を稼ぐホ･ジュンは、ある日、中国商人と漢方薬の取り引きをするが、条件をめぐって緊迫の駆け引きがつづいた末、一歩も引こうとしない商人の目の前で品物に火をつける。あわてた商人はホ･ジュンの条件にさらに上乗せして支払い、ホ･ジュンの腕に感服する。ひと儲けしたホ･ジュンと仲間たちは、ある時は酒と女遊びに更けり、ある時は賭博場にいり浸って、その日暮らしのならず者生活を送る。ホ･ジュンの母親はそんな息子の姿を見かね、郡守である父親のためにもまともになれと言い聞かせるが、父親にとって忘れられた存在である自分などどう生きようと関係ない、と投げやりに答える。ところが、ある日、密貿易の現場で両班の娘と知り合い、父親のために男装をしてまで危険な密貿易に手を染めようとする彼女のことが忘れられなくなる。仲間に女の居所を探させ、訪ねて行ってみると…。

密貿易の現場で知り合った女性は、役所が血眼になって探す反逆者の娘だった。ホ･ジュンは彼女のために再び密貿易を試みるが、厳重な取り締まりのなか、ついに捕まってしまう。役所に連行されたホ･ジュンは、密貿易の仲間と反逆者親娘の居所を問い詰められ、拷問を受ける。あくまでシラを切るホ･ジュンに対し、義州の兵馬都尉ペ･チョンスはホ･ジュンが自分が尊敬するホ･リュン郡守の息子であると知り、その処遇を彼に一任する。放蕩三昧の生活を送ったうえ、重罪人として目の前に引き出された息子に失望するホ･リュンだったが、息子の代わりに自分を殺してくれと嘆願する母親、そして身分のくびきに苦しむ息子の言葉を思い出し、彼に最後のチャンスを与えようと一枚の書状を差し出した―。

ミン･ジャホンの手下たちによってダヒと引き裂かれたホ･ジュンは、隙をついて彼らから逃げ出し、役所に行ってミン･ジャホンこそが反逆の中心人物であり、濡れ衣を着せられたイ･ジョンチャンの娘ダヒがミン･ジュホンの家に捕らわれていると告発した。これにより、ミン･ジャホンは捕らえられ、ダヒは汚名を返上して両班の身分を回復する。助けることはできたものの、ホ･ジュンにとっては雲の上の存在となったダヒをホ･ジュンは木の陰から見送るしかなかった。失意のなか、ホ･ジュンは母親と2人、慶尚道 山陰へとたどり着く。ところが、父親が紹介してくれた山陰の県監はすでに辞職しており、生活の術どころか身分の保証の道すら絶たれた2人は、知り合い一人いない異郷の地で途方に暮れてしまう。そんな2人をそっと尾行していた男がいた。山陰のならず者ク･イルソで、彼はホ･ジュン母子がどこかの流れ者に違いないと目をつけ、「俺が助けてやる」と言い寄ってくるが…。

「医員にならねば人殺しになるかも」というユ･ウィテの言葉で晴れてユ医院の門下に入ったホ･ジュン。喜び勇んで医院に向かうが、ホ･ジュンの存在が気に入らない古株の下働きたちはホ･ジュンに嫌がらせばかりする。水汲み場も教えてもらえないまま、とりあえず水を汲んできたホ･ジュンだが、それを飲んだユ･ウィテは「死んだ水を汲んできた」と怒り、場所を知らなかったと言い訳するホ･ジュンを「患者を死なせても言い訳する気か」と厳しく叱り付ける。自分の過ちがわからないホ･ジュンは、眠りにつけないまま朝を迎え、医院の敷地を歩いていたところでイェジンに出くわす。切羽詰ったホ･ジュンはイェジンをつかまえて事情を話し、自分を過ちを教えてほしいと嘆願する。そこでイェジンは、医術に使う水は使い道によって33種類あり、汲む場所、汲む時間によって水の質が変わることを教える。別の日、出かけるユ･ウィテの前を水汲み帰りのホ･ジュンが通りかかる。ユ･ウィテは水桶を降ろせと言い、桶の水をひと口飲んで…。

生活の足しにしようと、ク･イルソの妻ハマンに仕事の斡旋を頼むホ･ジュンの母。早速、連れて行かれたのはホ･ジュンが働くユ医院だった。金や名誉に関心のないユ･ウィテに対し、妻は富と権力に強く執着し、高価な品物をどんどん買い入れる一方、息子のドジを何とか内医院に入れようと必死だった。夫の留守をいいことに、病舎を弟子たちに任せて息子を勉強に専念させ、さらには貧しい患者を追い出せと命ずる妻。担ぎ込まれた重症の子供も追い返せと言われ、ホ･ジュンが困っていたところへユ･ウィテが帰宅。重症患者を追い返すとは何事かと叱りつける。ユ･ウィテは、科挙を受験しようとするドジを呼び、まだ未熟で無理だと反対するが、そんな父親の反対を押し切って科挙を受けに行くドジ。その情熱の裏には、兄妹のように育ったイェジンと結婚し、幸せにしてやりたいという思いがあった。科挙を受けに漢陽に旅立つドジを送り出すユ･ウィテは、ドジのお供にホ･ジュンを指名した。仲間たちの嫉妬のなか、漢陽に行けると喜び浮き立つホ･ジュンだが、彼には旅に必要な号牌がなかった――。

御医ヤン･イェスに答案をほめられたドジは合格を確信するが、合格者の名簿に彼の名はなかった。何かの間違いだと試官に詰め寄るドジに内医院のキム･ウンタクが話して聞かせたのは、ドジが落第したのは父親のユ･ウィテがかつて内医院を受験した時、御医ヤン･イェスにこの上ない屈辱を与えたため、その恨みで落とされたという衝撃の内容だった。一方、ホ･ジュンとドジが漢陽に発った後、ホ･ジュンを訪ねて山陰にやって来た人物がいた。漢陽で離れ離れになったダヒと龍川でホ･ジュンの子分だったヤンテである。ヤンテはク･イルソにホ･ジュンを探すよう頼むが、ヤンテを怪しい人物と思い込んだイルソは、ホ･ジュンはすでに山陰を去ってしまったとウソをつく。これを聞いたダヒはショックと長旅の疲れが重なって倒れてしまい、ユ医院に担ぎ込まれる――。

ク･イルソから自分を探す人間がいると聞き、不吉な予感がするホ･ジュンだが、身を隠せという忠告は聞き入れず、ユ医院の仕事を続ける。ドジの推薦で薬草採りになり、仲間たちと一緒に山に入るが、彼をうとましく思う仲間にはめられ、山中で道に迷ってしまう。数日間、さまよった後、空腹のあまり採った薬草を食べて気を失ってしまうホ･ジュン。気がついた時には目の前にライ病患者（ハンセン病患者）がおり、恐怖におびえていると、そんな彼を叱責する声が聞こえて来た。見ると、そこにはサムジョク大師がいた。一方、イェジンの親身な診療で気力を取り戻したダヒだが、まだしばらく療養を言い渡される。そんなダヒのため、1人ホ･ジュンを探し回るヤンテは、ユ医院でホ･ジュンの母を見かけ、喜んで駆け寄っていく。ホ･ジュンを探して山陰まで来たというダヒの話を聞き、ホ･ジュンの母は心痛な面持ちでダヒに会いに行くが――。

イェジンに教えられ、ホ･ジュンに会うことなく山陰を去ろうとするダヒと、寸前のところで再会を果たしたホ･ジュン。２人の思いを確かめ合い、母に結婚の許しを乞うが、2人の将来に待ち受ける苦しみが痛いほどわかる母は決して許そうとしない。しかし、2人の思い、そして自分が歩んできた道を振り返り、ついにダヒを迎え入れる覚悟を決めるのだった。ささやかながら結婚式を挙げ、ダヒとヤンテという心強い家族を迎えたホ･ジュンは、医院での仕事に一層精を出す。ところが、そんなホ･ジュンの決意を試すかのように、新たな事件がホ･ジュンを襲う。治療を受けに来た患者の保護者が、ホ･ジュンが患者から金をせびり取っていると騒ぎだしたのだ。いくら誤解と訴えても聞き入れてもらえず、ユ･ウィテにも疑われたまま、ホ･ジュンはまた水汲みに戻されてしまった。

ク･イルソの家から空家を見つけて引っ越したホ･ジュン一家。ホ･ジュンがいればどんな苦労も耐えられるというダヒのためにも優れた名医になることを改めて心に誓う。しかし、そんなホ･ジュンの決意を試すかのように新たな事件がホ･ジュンを襲う。患者の家族がホ･ジュンに金を要求されたと騒ぎだしたのだ。誤解と訴えても認めてもらず、結局、水汲みに逆戻りとなり、病舎への出入りも禁じられてしまう。一方、ヤンテを連れて山に狩りに出かけたク･イルソは、ワナにかかった動物が見事な刃物さばきで解体されているのを発見する。驚いたク･イルソは途中で出会ったホ･ジュンと手分けして探し始め、やがてホ･ジュンの目の前に一人の怪しい人物が現れる。正体を突き止めようと、あとをつけて行くホ･ジュンが目にしたのは――。

老師のもとで医術を学び始めたホ･ジュンは、仕事が終わると山へ入り、明け方に家に戻る生活を送っていた。言われなき汚名を着せられ、医員の道から遠ざけられたホ･ジュンは、悔しさを誰にも言えないぬまま一層執念を燃やし、取りつかれたように老師の教えに耳を傾ける。一方、ドジとの仲を引き裂こうとするドジの母は、イェジンに年の離れた男との縁談を強要し、いづらくなったイェジンは家を出る決心をする。やがて老師から卒業を言い渡され、何かお礼がしたいというホ･ジュンに対し、老師は「一度でいいから人間の腹の中を見てみたい」と言う。それを聞いたホ･ジュンは――。

深夜、ホ･ジュンの家を見知らぬ親子が訪ねて来た。自殺未遂をして意識を失った娘を助けてほしいというのだ。仕方なく受け入れたホ･ジュンは、悪戦苦闘の末、無事に娘を生き返らせる。初めて自分の力で人の命を救い、満足感に浸るホ･ジュンだが、やがて困ったことが起きた。助けた家族がホ･ジュンの噂を町中に言いふらし、みんなが診療を受けにホ･ジュンを訪ねて来るようになったのだ。断り切れないまま診療を行うことにしたホ･ジュンだが、やがて“ホ医員”の噂はユ医院にも届き、ホ･ジュンは仲間たちにさんざん痛めつけられた挙句、ユ･ウィテの前に引き出され…。

ユ･ウィテからじきじきに倉庫番に任命されたホ･ジュン。喜び勇んで家に帰ると、ダヒがお産中で、元気な息子がホ･ジュンを迎えてくれた。初めてユ･ウィテから認められ、医員に一歩近づいたホ･ジュン。しかし、自分を差し置いて倉庫番になったことが許せない仲間たちは何かとホ･ジュンに楯突き、苦労が絶えない。なかでも、一番の古株だったプサンポはどうにも我慢がならず、仲間からユ家に代々伝わる「秘伝書」があると聞くと、それを手に入れようと刃物を手にユ･ウィテの寝室に忍び込む。