ある日、三門市で異世界への"門(ゲート)"が開いた。その"門"から、後にネイバーと呼ばれる侵略者が現れ街を蹂躙、人々は恐怖に包まれた。しかし突如現れた謎の一団が侵略者を撃退し、こう言った「こいつらのことは任せてほしい。我々はこの日のためにずっと備えてきた」と。

大型ネイバー出現を受けて駆けつけた三輪隊は、すでに何者かに撃破され、凄まじい有様になった残骸を目撃。三輪隊が困惑する一方、三雲修は自らネイバーを名乗る空閑遊真に振り回されていた。遊真が無防備に百万円の札束を取り出したせいで、不良グループに囲まれてしまうが…。

基地内誘導装置がゲートの開く位置を基地周辺に限定しているにもかかわらず、警戒区域外の三雲修たちのいる学校にゲートが開き、戦闘用のトリオン兵が襲撃を開始する。修は止める遊真を振りきり、生徒たちを救うため、自らの非力を承知で戦闘用トリオン兵モールモッドと戦おうとするが…。

ネイバーである空閑遊真をかばうため、トリオン兵モールモッドを倒したのは三雲修ということになった。C級隊員である修は、訓練以外でのトリガー使用を認められていない。A級隊員の木虎にルール違反を批判されてしまう。冷ややかな態度とは裏腹にエリート意識の強い木虎は、修がモールモッドを倒したのを信じられず…。

市街地上空をゆっくり旋回しつつ爆弾を投下する、新種のトリオン兵イルガー。果敢にイルガーの大きな背中に乗りこむ木虎。イルガーの口部分上下の歯が突然噛み合い閉じた途端、その背の左右脇に不気味な突起物が現れて光りだす。イルガーは自爆モードに入り市街地へ向かう。想定外の事態に直面した木虎は…。

イレギュラーゲートの原因究明を指示された迅。修は自分の処遇を上層部にかけあってくれた迅の存在を心強く思いつつ、時間が無いミッションに不安を隠しきれずにいた。一方、遊真はレプリカの助言に従い、深夜の学校で、イレギュラーゲートの原因を調べてまわっていた。翌朝、三人は引き寄せられるように出会う。

修によると、千佳はネイバーを引き寄せる人間らしい。彼女は他人を巻き込みたくない思いが強く、これまで誰にも頼れずにいたのだ。遊真から何故ネイバーがこっちの世界にくるのか、どんな人間が狙われるか、理由を知らされる千佳と修。その時、人型ネイバーを追っていたA級隊員の三輪と米屋に見つかってしまう。

問答無用で遊真を攻撃する三輪と米屋。スナイパー2人も加わり、遊真は4人と同時に戦うことになる。A級7位の部隊である三輪隊の攻撃は凄まじく、遊真が苦戦しているとみた修は、迅に連絡して助けを求める。だが、迅は「遊真は特別」だから安心して見ていろと答えるだけ。その時、三輪隊が…!

三輪隊を一人で撃破した遊真のブラックトリガーを巡って、ボーダー上層部の意見は割れる。「そのネイバーを始末して、ブラックトリガーを回収しろ」と、迅にブラックトリガーの捕獲を命じる城戸司令。遊真と迅の衝突を案じる修。そして遊真は…隠された謎が次第に明らかになっていく。

ネイバーである遊真をボーダーに入れる、それも玉狛支部へ来ないかと誘う迅。遊真は修と千佳が一緒ならと、前向きな答えを返す。迅に率いられて三人は水上に建つ玉狛支部へ案内される。隊員全員が実力者揃い、少数精鋭の集団である玉狛支部に緊張を隠せない修だったが…。

異世界からこちら側に来た理由を明かした遊真。向こう側の世界に兄と友人を捜しに行くため、ボーダー入隊の意思を固めた千佳。遊真に隠された秘密と千佳の真意を知った修が取った行動とは…。

玉狛支部に加わった修、遊真、千佳は、遠征部隊に選ばれるためA級昇格を目指すことになった。しかし昇格のためには、ボーダー内部で行われるランク戦を勝ち抜かねばならない。迅の取りなしで、玉狛支部の先輩であるA級隊員・木崎レイジ、烏丸京介、小南桐絵を師匠に、厳しいトレーニングが始まる。