メリーランド州で暮らすアマンダ・ワイルは６歳の娘ハーパーがある日突然、空想の友達「ドリル」と話をするようになったと気づく。ハーパーはドリルに言われるままアマンダをツリーハウスに誘い込み、Ｘ(エックス)印の上に立たせる。そのとき床が抜けアマンダは落下、意識不明の重体に。

３ヶ月前、サハラ砂漠。遊牧民の少年が遊んでいると、空から燃えた物体が落ちてくる。墜落現場へ近づいた少年の顔には驚きの表情。 現在。容疑者の似顔絵がショーンに似ていることに気づいたクレアは、ウェスを待ち伏せて疑問をぶつけるが、ウェスは国家機密なので詳しいことは言えないと言う。

３か月前、ウェスとの不倫が発覚し、クレアとショーンの夫婦仲は悪化、ショーンは勝手に極秘任務に志願し旅立つ。 　現在、ショーンが生きていることを知ったクレアは母ウィリーにそのことを伝えショーンの身に何が起きたか突き止めると言う。ショーンの私物の中にあったレシートに記されたベーカリーを訪ねるがそこはイスラム社会の闇銀行だった。店主の妻からショーンが前日と１か月前にカネを受け取りに来ていたことを聞き出す。

突然ミンクスがヘンリーを訪ね、秘密の宝探しゲームを持ちかける。願いを叶えたいならドリルに協力しろと言うのだ。ミンクスがウィリーの気をひいている間にヘンリーは自転車に乗り、ドリルからの指示通りに進んでゆく。

検査の結果、クレアもヘンリーもまったく被曝していないことが判明。国防総省では原子力発電所の爆発が消えてしまった謎を究明するため、ショーンへの尋問を行う。だがショーンは何も知らないと言い続けるのみ。一方、クレアはこの件の担当から外されるが、ドリルの正体が人間ではないと感じていた。ウェスに頼んでショーンと面会したクレアは、幸せだった頃の写真を見せ、ショーンとの出会いを語るが、ショーンの記憶は戻らない。ショーンは事故に遭ったあと、頭になにかの映像が浮かぶようになったと言う。

再びマリへ向かったウェスはフルグライトと思われていた巨大な岩をアメリカに輸送する。基地内の秘密施設内に保管する。国防総省は宇宙研究の学者タリーに岩について調べさせる。岩の気配を感じ取るショーン。

ショーンはウィンターズ大統領や軍、ＮＳＡの幹部たちの前で報告を行う。青く光る岩の危険性を知るショーンは、岩を破壊すべきと進言するが、ウェスは敵を知るために調べるのが先だと主張。大統領はウェスの意見に同意する。フロマーはショーンに秘密施設での調査協力を命じる。

青い岩の爆破に成功したクレアたちはウェスの助けを借り逃走。フロマーはジェサップにヘンリーを誘拐させるがジェサップはクレアたちの元へ届ける。爆発後の秘密施設を訪れたフロマーはウェスたちの勝手な行動に怒るが脅威を排除したというウェスの言葉を信じ処分を保留する。

ショーンとクレアはレナに撃たれたトーマスを病院へ運ぶ。ショーンを見てうろたえるマリアだったが、記憶を取り戻したことを聞き、トーマスの救命に集中する。ウェスは動揺するレナをなだめ、地元警察官に「自分が発砲した」と名乗り出る。

ミンクスとヘンリーを思いどおりに動かせなくなったドリルが次に選んだのはニコラス・ブルースターという少年だったが、接近する際に怯えさせてしまう。 　ミンクスに再び接触しようとしたドリルは「時間がない」と言っていた。ウェスの部下がドリルは思うようにエネルギーを摂取できず弱っていることを突き止め、ウェスはエネルギーが切れればドリルが死ぬはずだと推測する。

レナの葬儀の直後、ミンクスが頭痛などの体調不良で倒れる。ウェスが病院に担ぎ込むと、そこにはおおぜいの子供たちが診察を待っており、みな同じ症状だと言う。その中にはドリルとつながる子たちも複数いた。みな脳に異変があり、それが原因と思われた。

隔離された子供たちの話から、ミンクスがドリルだということが分かるがウェスは信じない。クレアがミンクスと話をしても真相は分からない。ヘンリーやサイラスはミンクスがドリルだと主張する。また、殺されたベナビデス医師のパソコンデータを復旧してみると、あるファイルが変更されていたことが分かり、それはミンクスに関する物だった。最終的にクレアはミンクスがドリルだという結論を出す。ショックを受けるウェスだったがミンクスが幼い頃に覚えていた詩を言えないことからドリルではないかと疑う。