突如飛来し一瞬にして街を破壊した謎の光が、巨鳥リドリアスに取り憑き凶暴化させた。宇宙開発センターのパイロット候補生ムサシはリドリアス保護の為街へと向かった。そこで彼はウルトラマンコスモスに出会う。

リドリアス保護での活躍を認められたムサシはＴＥＡＭ　ＥＹＥＳに入隊する。謎の光「カオスヘッダー」の影響で、怪獣ゴルメデが出現した。ＥＹＥＳは怪獣の捕獲を試みるが失敗。怪獣を処分しようとするが……。

怪獣スピットルが航空機を狙って出現。本来はおとなしい怪獣が凶暴になった原因をムサシは解明しようとする。だが、先走った行動をとったたムサシは任務をはずされてしまう。

河原で遊ぶ子供たちの前に、空から巨大な物体が降ってきた。それは、地球によく似たビビン星で製造されている玩具のロボットだった。イゴマスと名乗るそのロボットは子供達と仲良くなるが、意外な事実が判明し……。

フブキの故郷・蛍が村で、蛍のような光が自動車を襲い消失させる事件が相次ぐ。謎の光の正体は、村に不法投棄された大量の金属とカオスヘッダーが融合したものだった。光はやがて巨大な怪獣へと変貌する。

街で大地震が発生した。地質調査の電磁波で眠りを妨げられた怪獣モグルドンが地震を引き起こしたようだ。長い尻尾を持つモグルドン捕獲のためドイガキ隊員は「怪獣一本釣り作戦」を提案する！

街に飛来した隕石を発見し持ち帰った惣介少年。隕石の中からは珍獣ミーニンが誕生した。一方、ミーニンによく似た巨大な怪獣ガモランも出現する。惣介とその友達は、ガモランをミーニンの親だと思い接近するが。

ある夜、アヤノ隊員は空にオーロラを発見する。急激な睡魔に襲われたアヤノは眠り続け、過去の辛い出来事を夢で見せられていた。アヤノを救うため、ムサシは彼女の夢の中に入り込むことを決意する。

ヤマワラワ山脈近くの村で、祐一少年は伝説の妖怪ヤマワラワを目撃する。彼の父親は信じようとしないが、２人の前にヤマワラワが出現、祐一は行方不明になってしまう。一方、父にもヤマワラワに関する秘密があった。

遺跡から発見された青銅像がＥＹＥＳに持ち込まれると、隊員たちのストレスが吹き飛んでしまった。人間のストレスを吸収する作用がある青銅像は街に飛び出し、現代人の膨大なストレスを吸収し巨大化した！

待ちに待った夏休み。だが、取得は一人ずつ順番にとの話を聞き火花を散らすＥＹＥＳのメンバーたち。トンネル内に居座り続ける怪獣保護の任務で一番活躍した者が最初に休みを取ることにするが……。

怪獣の出現に出動するＥＹＥＳ。生まれたばかりの怪獣・イフェメラの寿命は、たった一日で寿命を終える生き物だった。ＥＹＥＳはその生命を全うさせてあげたいと願うが、防衛軍は付近の安全の為に攻撃を開始した。