怪獣被害の頻発する地球に、ついに50m級宇宙怪獣までもが現出した。怪獣の進攻を阻止するため特殊部隊を率いるヒルマゲントだったが、部隊は絶体絶命の危機に直面する。/部下を救うため単身飛び出したゲントの腕に現れるブレーザーブレス。光に導かれ、今、ウルトラマンへと変身する…！

バザンガを退けたゲントは、司令部参謀長・レツから新設の特殊怪獣対応分遣隊『SKaRD』の隊長に任命される。早速隊員たちに面会へ向かうゲント。/エミ、テルアキ、アンリ…合流したのはひとくせもふたくせもある隊員たち。/そんな折に飛び込んでくるゲードス現出の知らせ。人員も装備も整っていない中、SKaRDの初任務が始まろうとしていた…。

新戦力アースガロンの開発に携わっていたヤスノブを一員として迎え、ついに集結したSKaRD。対怪獣戦に向け訓練に励むことに。/そのさなか、新たなエネルギー源の貯蔵タンクが一夜にして空になるという怪現象が、世界各国で発生しているとの情報が…。/原因は怪獣であると踏んだSKaRDは、満を持してアースガロンを戦場に投入する。

3か月前に突如現出した怪獣レヴィ―ラ。その唯一の対処方は、大手化学企業ノヴァイオが開発した新型殺菌剤『FK1』で一時的に追い払うことであった。/だが、謎多きこの怪獣とノヴァイオ社との間には不可解な繋がりが…。/真相を探るべく、エミはノヴァイオ社社長の曾根崎のもとで潜入捜査を行う。

アンリの故郷で新型レールガン『メガショット』の演習が実施される。そこでアンリは幼馴染のミズホと思いがけぬ再会を果たす。/メガショットの設置工事で祠が撤去されたことにより、地元に伝わる守り神・ドルゴが目覚めてしまうと言って演習中止を訴えるミズホだが、アンリは信じることができない。/しかし演習中に大きな地動があり…？！

ヤスノブはコインランドリーの洗濯乾燥機『クルル』へ日頃の思いをぼやいていた。/そこに突如カナン星人・ハービーが現れる。ハービーは、『オーロラ光線』で機械を操ることができ、世間で頻発する自動車や飛行機の暴走事故を引き起こした張本人であった。さらに『オーロラ光線』をアースガロンに照射済みだった！それを知ったヤスノブは…

雨が降る前触れとされる『逆さ虹』が日本各地で発生。怪獣との関連を疑うゲントは、怪獣研究の第一人者であり、恩師でもある横峯教授のもとへ。/そこで横峯から、ときに恵みの雨をもたらし、ときに荒神となりすべてを奪い去るという神のような存在、ニジカガチについて語られる。/その時、ゲントのもとに巨大怪獣現出の知らせが届く。

ニジカガチが作り出した強大な台風により、文明の洗い流しが行われようとしていた。/ニジカガチ撃破のため、アースガロンの新装備”Mod.2”の実戦投入を決めるゲント。そして、今回の首謀者である横峯のもとへは、彼を心から尊敬していたテルアキが説得に向かう。

アンリのもとに届いた1枚の手紙。それは、かつて音楽を通じて親交を深めたツクシホウイチが率いる楽団のコンサートチケットであった。/そのさなか、宇宙より飛来した隕石から、ロボット怪獣ガラモンが姿を現す。/ガラモンが謎の音波により行動をコントロールされていると気づいたアンリは、その音波に思い当たる節があって…。

息子ジュンの希望で謎の卵を見に訪れたヒルマ一家は、ベビーデマーガ誕生の瞬間に遭遇する。防衛隊による捕獲活動のさなか、デマーガが現れる。子の元へ歩を進める親怪獣へ、防衛隊は攻撃を開始。/避難の道中、身を挺して子を守るデマーガを複雑な心境で見つめるゲントの左腕に突如ブレーザーブレスが出現する。

デマーガとの闘いにおけるブレーザーの行動を受けて、ゲントは自らの身体に宿るもう一つの意思に戸惑いを隠せずにいた。/その折、宇宙より飛来する隕石。防衛隊の迎撃をかいくぐり地球に降り立ち、怪獣ゲバルガへと姿を変える。アースガロンでの格闘は優勢に思われたが、ゲバルガには驚くべき能力が隠されていた。

ゲバルガによるネットワーク汚染が拡大する中、SKaRDは新たな作戦を立案。/ゲントは、ゲバルガとの戦いでまたしても自身の意と反する行動をとったブレーザーに対し、不信感を覚え、ストーンを自身のロッカーに置いて作戦に挑むことに。/そうしてSKaRDは、開発部や特殊部隊と協力した一大作戦を決行する。