アフリカにそびえるAEUの軌道エレベーター付近にある軍事演習場では、最新鋭のMS・イナクトのデモンストレーションが行われていた。そこに、刹那の駆るガンダムエクシアが現れる。一方、パーティーが催されている人類革新連盟の軌道エレベーターの高軌道ステーションには、テロリストのMSが近付いていた!

突然、全世界に対する武力介入を宣言したソレスタルビーイング。それを受けた超大国家群の首脳陣は半信半疑のまま、他勢力の行動ではないかとも考え、その存在や応対についての議論を繰り返していた。そんな中、刹那たちは世界に自分たちの存在を示すべく、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移して…。

ソレスタルビーイングによるセカンドミッションが終了し、ますます混乱する世界。そんな中、ソレスタルビーイングを名乗る老紳士の正体を突き止めたジャーナリストの絹江だったが、深まる謎に考えをめぐらせる。そして、人類革新連盟の指揮官・セルゲイは、ガンダムに破壊された跡地を確かめるべくセイロン島に向かい…。

人革連領地で軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子をモニタリングするプトレマイオスのクルーたち。そして、世界がガンダムに対して徐々に動きを見せる中、ユニオンに属する南米の国・タリビアがエネルギー供給権を主張し、独立宣言をする。それを牽制するため、軍を派遣するユニオン。さらにガンダムも動き出し…。

アザディスタン王国の皇女・マリナは各国へ援助要請をしようと、アザディスタンを後にした。その頃、日本の学生・沙慈とルイスは、研修旅行のために人革連の低軌道ステーションへと向かっていた。リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ2人。一方、アレルヤは次の任務のために宇宙へと戻っていて…。

ヨーロッパ南部の一国・モラリアは、ソレスタルビーイングの活動で経済が破綻しかけていた。そのため、モラリアの技術や軍事力を必要とするAEUは、合同軍事演習を行うことにする。その情報をキャッチしたソレスタルビーイングが、それに対して介入行動に移る。大規模なミッションを前に、ガンダムたちは集結して…。

モラリア軍、PMCとの交戦時の最中、かつて刹那の行動を管理していた傭兵・サーシェスの乗るイナクトと対峙したエクシア。サーシェスの操縦に翻弄され、刹那はままならない攻撃を続ける。自分の攻撃パターンを読まれているようなその動きに、少年兵だった過去の記憶を呼び起こした刹那は、思わぬ行動に出て…。

ソレスタルビーイングの行動が世界に変化をもたらす。それは紛争が減少するだけでなく、新たなる争いの火種ともなりえていた。そんな中、外交旅行中だったマリナの宿泊先近くでテロ活動が起こった。郊外へと非難する際、彼女は自国の出で立ちをした少年を垣間見る。それは情報を掴み、テロリストを追っていた刹那だった。

度重なるソレスタルビーイングの軍事介入に、ユニオン、AEUがほぼ静観の態度を示す中、人類革新連盟は対立の姿勢を崩さずにいた。探査装置を大量投入し、物量にものを言わせた索敵ミッションを遂行するセルゲイ。その真の目的は、ガンダムを捕らえることにあって…。

執拗な人類革新連盟の追撃に苦戦する刹那たちガンダムマイスター。悪化していく状況に、プトレマイオスの戦術予報士であるスメラギは苦悩して…。

辛くもガンダム鹵獲作戦を退けたソレスタルビーイング。その戦闘中、敵パイロットの超兵・ピーリスと共鳴する何かを感じたアレルヤは、人革連の施設にいた頃の自分と、それが発端で現れたもう1人の自分「ハレルヤ」のことを顧みる。そして、ピーリスとの接触で未だ超兵の実験が行われていることを確信したアレルヤは…。

アザディスタンは保守派と改革派とに分かれ、情勢が不安定になっていた。そんな中、保守派の筆頭であるマスード・ラフマディが拉致されてしまう。ユニオンの要請により、アザディスタンへと出兵する任務に就くグラハムたち。ソレスタルビーイングも、アザディスタンへの紛争介入を見越し、刹那を偵察に向かわせて…。