警視庁捜査一課強行班１係長の香坂真一郎（長谷川博己）は、今年３度目の捜査本部事件を解決する活躍をみせていた。その祝勝会と称して、前捜査一課長の三笠洋平（春風亭昇太）と料亭で会食していると、どこで聞きつけたのか現捜査一課長・小野田義信（香川照之）が現れる。三笠と小野田は優秀な部下の香坂を評価しているという共通点はあるが、互いの捜査理論の違いから腹の底ではいがみあっていた。会食を終えた香坂は、料亭の前で中小企業の社長・中田隆一（加藤晴彦）の飲酒運転を疑い、取り調べた際に隆一の車を傷付けてしまう。すると翌朝、大手ニュースサイト・ゴーンバンクの見出しに“飲酒状態の刑事、車を破損”と記事が掲載される。香坂は、警察官による不正を調査する監察官・柳沢肇（手塚とおる）に呼び出され、宴席の直後に取り調べをしたのではないかと問いただされる。黙秘を続けるが、上司にあたる小野田が呼び出され、日本酒を飲んだことを打ち明けられてしまい、警察の名誉を傷付けたとして所轄への異動を命じられてしまう。香坂が所轄にやってくると、日本経済のトップに立つIT企業ゴーンバンク社の社長・中田和正（桂文枝）が誘拐される事件が発生する。捜査一課の時と同様に捜査をしようとする香坂だが、これまで部下だった警視庁捜査一課長付運転担当・山田春彦（岡田将生）に「所轄は後方支援。現場は本庁に任せてください」と釘を刺される。香坂のもとに残されたのは、問題だらけの所轄刑事のみ。彼は窮地を脱し、捜査一課に返り咲くことはできるのか！？

所轄刑事として捜査一課長の小野田（香川照之）と戦う覚悟を宣言した香坂（長谷川博己）。ゴーンバンク社社長・中田（桂文枝）誘拐事件にはまだ裏があると感じた香坂は、風見京子（富永沙織）の自殺について捜査をするため渡部久志（安田顕）と共に、現場となったビルを訪れる。そこは、京子の元恋人で、中田の息子・隆一（加藤晴彦）が経営するナカタエレクトロニクスのビルであり、ゴーンバンク社が新たに開発した防犯カメラが使用されていた。香坂は、ビルの防犯管理担当・池沢菜穂（吉田羊）から話を聞くも、新たな情報を得ることができずにいた。そこで、小野田の指示で共に捜査をしていた山田（岡田将生）にあることを頼む。

香坂（長谷川博己）は、渡部（安田顕）と共に捜査を続け、山田（岡田将生）の助けもあり、京子（富永沙織）を殺害した真犯人を菜穂（吉田羊）から聞き出そうとする。しかし、供述を一転されてしまい、捜査一課と所轄は深い痛手を負った。そんな中、小野田（香川照之）は事件を解決するためなら、なんでも使うと所轄との合同捜査本部を設置する。一方、この事件の最重要人物とされる隆一（加藤晴彦）は、バーのオーナー・山本アリサ（佐々木希）の証言からアリバイが成立していた。だが、アリサの写真を見た香坂は、左遷させられた一件の時に、隆一とアリサが一緒にいたことを思い出す。２人の関係次第ではアリバイを崩せると考え、指示に逆らって捜査をするため、一課に合流した中村俊哉（竜星涼）から情報を得てアリサの店に向かうが…。

香坂（長谷川博己）は、山田（岡田将生）と手を組み京子（富永沙織）殺害事件の真相を突き止めるため、鍵となるアリサ（佐々木希）の身柄を押さえようとするが、寸前の所で取り逃がしてしまう。そんな中、警察の内部に内通者がいることに気付き、この事件の背後には小野田（香川照之）がいると悟った香坂は、小野田が警察の情報を外部に流しているのならばこちらも、と供述を変えた菜穂（吉田羊）の一件を新聞社にリークする。その狙いは、記事を見た中田（桂文枝）が憤慨し、小野田と接触する様子を押さえるためだ。予想通りの動きを見せた中田と小野田。「チャンスはこの一度きりだ」と渡部（安田顕）ら芝署員と共に２人が会合する店に潜む香坂だが…。

香坂（長谷川博己）は、山田（岡田将生）と共に内通者を暴き出すために罠を張る。そこに現れたのは、三笠署長（春風亭昇太）だった！だが、１００％となる確証がないため逮捕までには至らない。すべての真相を暴こうとするが、小野田捜査一課長（香川照之）から「内通者が所轄のトップにいるのであれば、捜査情報が漏れる恐れもある。所轄は指示があるまで待機」と言い渡されてしまう。そんな中、香坂は待機の間でもできることはあると渡部（安田顕）ら芝署員と資料に目を通す。すると、自首してきたアリサ（佐々木希）が隆一（加藤晴彦）から預かった京子（富永沙織）のUSBを警察に提出していたことを知る。USBが少し曲がって端が欠けていたのは、京子が飛び降りたときの衝撃のせいではないかと仮説を立て現場に向かうが、破片は見つからない。さらに、鑑識の報告にもなかった。だが長年、三笠の下で働いていた香坂は、鑑識が入る前に三笠が証拠を持ち去っている可能性がある、と捜査を始める。

捜査情報を新聞社にリークした処分として豊洲署に異動となった香坂（長谷川博己）は、横沢亜美（中村アン）から、失踪した夫・裕一（井上芳雄）を捜して欲しいと相談される。裕一が事務局で経理課長を務める早明学園の専務・富永拓三（梅沢富美男）は、元警視庁捜査一課長で刑事部参事官にまでなった男で、退任後に天下りでこの職に就いていた。また、富永は小野田（香川照之）を一課長の座に引き上げた人間であると同時に、捜査一課で勤務していた香坂の父・敦史（木場勝己）を所轄へ異動させた過去を持つ。香坂は、共に豊洲署に異動してきた山田（岡田将生）や三島祐里（芳根京子）と捜査のために早明学園に出向く。新人警察官時代に世話になった富永と久々の再会を果たすと、そこで理事長の金崎玲子（和田アキ子）を紹介される。２人から失踪事件について聴取をすると、富永から「横沢は横領していたが、長年学園の成長を支えてくれた。一大プロジェクトが始まった大事な時期に公にしたくないから示談にする」と言われる。しかし、この横沢の失踪騒ぎは、のちに日本警察を大きく揺るがす大事件へと発展していく…。

金崎理事長（和田アキ子）と富永専務（梅沢富美男）が経営する早明学園の不正を暴くため、矢部貴志と名乗って内偵捜査をしていた元捜査二課の刑事・江口和夫（ユースケ・サンタマリア）が殺害された。そして、その現場から走り去った山田（岡田将生）が容疑者として、捜査一課の藤倉良一（駿河太郎）らに拘束される。一方、山田から詳細を報告されていた香坂（長谷川博己）は、祐里（芳根京子）らと独自に捜査を始め、ある有力な情報を手に入れる。しかし、小野田一課長（香川照之）から忠告された渡部（安田顕）に妨害されてしまい…。

香坂（長谷川博己）は、元捜査二課の江口警部（ユースケ・サンタマリア）を殺害したのは早明学園の富永専務（梅沢富美男）だと確証を掴む。だが任意同行させたものの、小野田捜査一課長（香川照之）は、富永をあっさりと釈放してしまう。その理由は、富永を取り調べる中で新たな証拠が提出されたからだというが…。現場に残された証拠からも横沢（井上芳雄）が犯人だとして、捜査一課の藤倉（駿河太郎）らは捜査を再開。香坂は、横沢が事件の鍵を握っているとにらみ捜査一課に協力する。そして、横沢が妻・亜美（中村アン）に接触する可能性が高いため、亜美に信頼されている祐里（芳根京子）が見張り役を担うことに。そんな中、横沢から亜美に連絡があり…。

香坂（長谷川博己）ら豊洲署員たちは、苦労の末に元捜査二課の刑事・江口（ユースケ・サンタマリア）を殺害したとして、容疑者・横沢裕一（井上芳雄）の身柄を確保した。だが、山田（岡田将生）が横沢と共に姿を消してしまった。香坂は山田と共犯の疑いがあるとして自宅謹慎を言い渡されてしまう。一方、山田は父親で内閣官房副長官の勲（高橋英樹）の家に乗り込むが…。

江口（ユースケ・サンタマリア）殺害事件の鍵を握る横沢（井上芳雄）の身柄と早明学園の裏帳簿を、小野田捜査一課長（香川照之）率いる捜査一課に奪われてしまった香坂（長谷川博己）ら豊洲署員たち。香坂は、この事件と１７年前の事件に関係していると疑う小野田を問い詰めると、１７年前に金崎理事長（和田アキ子）から賄賂を受け取り、裏帳簿に名前を記されているのは父親の敦史（木場勝己）だと打ち明けられる。香坂は愕然とする中、留置場に入れられ、山田（岡田将生）も逮捕されてしまう絶体絶命の状況に追い込まれる。だが、藤倉（駿河太郎）が事件の夜に富永専務（梅沢富美男）が電話をしていた相手を調べ上げると…。