江戸の街で万事屋を営む坂田銀時のもとに、依頼人である加藤健が現れた。なくした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だと言う。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた…。

依頼人の加藤は修行に耐えられずに去っていた。銀時は酒をあおる加藤を見つけると一緒に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意して…。

侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、バイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時だった…。

新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔し始めていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出してきた。その少女は、ある理由でヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが…。

スナックお登勢に突っ込んだ飛脚から、大事な小包を届けてくれるように頼まれた銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かった。しかし、その小包は爆弾で、はずみで爆発。銀時たちはテロリストと間違えられてしまう。その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった…。

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。ようやく釈放されて警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われて来た。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させて逃走を図るが…。

央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。そのペットの捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たちだが…。

真選組が治安を守るために奮闘している傍らで、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。ダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、お妙に熱烈なアピールを繰り返し…。

局長が女を賭けた決闘で負け、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない…。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らない銀時に、真選組の刃が迫る…。

ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、可愛いペットを得ようと江戸市中の動物園を巡る。一方、神楽は万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいと言って…。

入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。そんな銀時たちは向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの想い出の女性を捜し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが…。

お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる天人のキャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気が付く彼女をお登勢は気に入る。そして、店の売り上げを何者かに奪われる事件が頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねて来て…。